Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,597,415 – 12,597,557 |
Length | 142 |
Max. P | 0.968315 |
Location | 12,597,415 – 12,597,533 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.69 |
Mean single sequence MFE | -38.62 |
Consensus MFE | -16.93 |
Energy contribution | -16.26 |
Covariance contribution | -0.66 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.44 |
SVM decision value | 1.62 |
SVM RNA-class probability | 0.968315 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12597415 118 - 22407834 C-AAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGACUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCAC-UUUGGCCGGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG (-((((..((((((((...(((..(..((((((.....))))))..)..)))..))))))))..)))))((((.((((((...((((.(-((.....))))))).)))))).)))).... ( -38.40) >DroPse_CAF1 216704 93 - 1 C-GGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGCUCCCC-------------CCUAAUGACUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCUGAUGAUCGUUUUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUA-------- (-(((((.(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))...((((((((((.(((........)))))))))))))))))))......-------- ( -33.61) >DroEre_CAF1 162378 118 - 1 C-GAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUUUGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC-UCUGGCCGGCGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG (-((((..((((((((...((((.((..(((((.....)))))...))))))..))))))))..)))))((((.((((((...((((((-(......))))))).)))))).)))).... ( -44.60) >DroYak_CAF1 167998 118 - 1 C-AAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUCUGGAUCCACUAGAUCUGCUGUGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC-CGUGGCCGGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG (-((((..((((((((...((((((..((((((.....))))))..))))))..))))))))..)))))((((.((((((...((((.(-((....))).)))).)))))).)))).... ( -49.60) >DroAna_CAF1 163297 102 - 1 UUUGGCUAAGUAGUGUGG----UAACUCGGA--------------UCGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAGUGGCUGAUGAUCGUCCGUGGCCACGGAUUUGGUUACAUGAGAAUG .(((((((((((((....----..)).(((.--------------.(((((....)))))))))))))))))))(((((..(.....((((((....)))))))..)))))......... ( -34.80) >DroPer_CAF1 213839 93 - 1 C-GGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGUUCCCC-------------CCUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCUGAUGAUCGUUUUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUA-------- (-(((((.(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))...((((((((((.(((........)))))))))))))))))))......-------- ( -30.71) >consensus C_GAGUUAAGUAGUUAGA_GA_CACCCCGGAUCCAC_________UGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCUGAUGAUCGC_UUUGGCCAGGGAUUUGGUUAUAUGGCAAUG ...(((..((((((((......................................))))))))..)))(((((((((((((.............)))))....)))))))).......... (-16.93 = -16.26 + -0.66)
Location | 12,597,454 – 12,597,557 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.32 |
Mean single sequence MFE | -34.65 |
Consensus MFE | -25.42 |
Energy contribution | -26.93 |
Covariance contribution | 1.52 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.41 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.55 |
SVM RNA-class probability | 0.776896 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12597454 103 - 22407834 ------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGACUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU ------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...(((..(..((((((.....))))))..)..)))..))))))))..)))))(((....))). ( -32.40) >DroPse_CAF1 216736 85 - 1 ------------UGGUUG--GACUCGCAGACGGAGUCCCGGGUUAAGUAGUUGG--GA---GCCCGGCUCCCC-------------CCUAAUGACUGCUGUACUUGGCCGAAUGGCU ------------.....(--(((((.......))))))(((((..(((((((((--((---((...)))))).-------------......)))))))..)))))(((....))). ( -32.31) >DroSec_CAF1 164470 103 - 1 ------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU ------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). ( -34.60) >DroSim_CAF1 167856 103 - 1 ------------CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU ------------......((((((.....)))))).--(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). ( -34.60) >DroEre_CAF1 162417 115 - 1 AGGUUUCGGUUUCGGUUUCUUUUUCGCUCGAGCAGU--CGAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUUUGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU (((..(((....)))..))).....(((......((--(((((..((((((((...((((.((..(((((.....)))))...))))))..))))))))..))))))).....))). ( -32.60) >DroYak_CAF1 168037 114 - 1 -GGGUUCGGGUUCGGUUUCUGUUUCGUUCGAGCAGU--CAAGUUAAGUAGUUAGAGGAGCACUCUGGAUCCACUAGAUCUGCUGUGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU -..((((((...(((........))).))))))...--(((((..((((((((...((((((..((((((.....))))))..))))))..))))))))..)))))(((....))). ( -41.40) >consensus ____________CGGUUUCUGUUUCGCUCGAGCAGU__CAAGUUAAGUAGUUAGAGAAGCACUCCGGAUCCACUAGAUCUGCUGGGCUUAAUGGCUGCUGUACUUGGCCAAAUGGCU ..................((((((.....))))))...(((((..((((((((...((((.(..((((((.....))))))..).))))..))))))))..)))))(((....))). (-25.42 = -26.93 + 1.52)
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