Locus 4371

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	12,593,740 – 12,593,837
Length	97
Max. P	0.960850

overview

Window 4

Location	12,593,740 – 12,593,837
Length	97
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.63
Mean single sequence MFE	-35.22
Consensus MFE	-26.86
Energy contribution	-27.83
Covariance contribution	0.97
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-4.20
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.960850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12593740 97 + 22407834
UUCUUUGCU-----GUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCCGUAAACACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAGCAACUUCAGCAACGGCA-----------
.....((((-----(((((((....(((((.((((((.........)))))).)))))..((((((.((............))))))))..)))))))))))----------- ( -36.40)
>DroSec_CAF1 160698 97 + 1
CUCUAUGUU-----GUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCCGUAAACACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAGCAACUUCAGCAACGGCA-----------
.....((((-----(((((((....(((((.((((((.........)))))).)))))..((((((.((............))))))))..)))))))))))----------- ( -34.00)
>DroEre_CAF1 158781 97 + 1
CCCUGUGCU-----GUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCCGUACACACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACCACUAUCAGCAGCAACUUCAGCGACGGCA-----------
.....((((-----(((((((....(((((.((((((.........)))))).)))))..((((((.((............))))))))..)))))))))))----------- ( -36.10)
>DroYak_CAF1 164125 97 + 1
CUCUAUGCU-----GUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCCGUAAACACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAGCAACUUCAGCAACGGCA-----------
.....((((-----(((((((....(((((.((((((.........)))))).)))))..((((((.((............))))))))..)))))))))))----------- ( -36.50)
>DroAna_CAF1 159646 90 + 1
-------AU-----GUUGCUGCUGUUGGAACAGUUAGCUGUAAACAUUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAGCAACUACAGCAACAUCG-----------
-------..-----((((((((((.(((...((((.((((..((((.((.......)).))))..)))).)))).))).)))))))))).............----------- ( -30.20)
>DroPer_CAF1 209650 107 + 1
CUCUAUGCUGUUCUGUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCUGUAAGAACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAAC------AGCAACGGCACGGGAAACGGC
.((..((((((((((((((((....(((((.((((((.........)))))).)))))((((.....))))........)))))))------)).)))))))..))....... ( -38.10)
>consensus
CUCUAUGCU_____GUUGCUGCUGUUGGCACAGUUAGCCGUAAACACUGAUUAUGCCAUUGUUGCUAGCAAACUACUAUCAGCAGCAACUUCAGCAACGGCA___________
.....((((.....((((((((((.(((((.((((((.........)))))).)))))((((.....))))........))))))))))...))))................. (-26.86 = -27.83 +   0.97)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	12,593,740 – 12,593,837
Length	97
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.63
Mean single sequence MFE	-34.08
Consensus MFE	-26.59
Energy contribution	-27.62
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.25
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.11
SVM RNA-class probability	0.917080
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12593740 97 - 22407834
-----------UGCCGUUGCUGAAGUUGCUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUGUUUACGGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAAC-----AGCAAAGAA
-----------(((.(((((((..((((((((.(((....))).)).))))))..(((((((.(.(((.......))).).)))))))....)))))))-----.)))..... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 160698 97 - 1
-----------UGCCGUUGCUGAAGUUGCUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUGUUUACGGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAAC-----AACAUAGAG
-----------....(((((((..((((((((.(((....))).)).))))))..(((((((.(.(((.......))).).))))))).)))))))...-----......... ( -32.10)
>DroEre_CAF1 158781 97 - 1
-----------UGCCGUCGCUGAAGUUGCUGCUGAUAGUGGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUGUGUACGGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAAC-----AGCACAGGG
-----------..((((.(((...(((((((((((((.((((((((((.......))))).))))).)))((((((....))))))...))))))))))-----))))).)). ( -38.80)
>DroYak_CAF1 164125 97 - 1
-----------UGCCGUUGCUGAAGUUGCUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUGUUUACGGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAAC-----AGCAUAGAG
-----------(((.(((((((..((((((((.(((....))).)).))))))..(((((((.(.(((.......))).).)))))))....)))))))-----.)))..... ( -35.00)
>DroAna_CAF1 159646 90 - 1
-----------CGAUGUUGCUGUAGUUGCUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAAUGUUUACAGCUAACUGUUCCAACAGCAGCAAC-----AU-------
-----------..((((((((((.((((((((.(((....))).)).))))))..............((((.((((....))))...))))))))))))-----))------- ( -29.40)
>DroPer_CAF1 209650 107 - 1
GCCGUUUCCCGUGCCGUUGCU------GUUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUUCUUACAGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAACAGAACAGCAUAGAG
..........((((.(((.((------(((((((.((((.....)))).......(((((((.(.((((.....)))).).)))))))....)))))))))))).)))).... ( -34.00)
>consensus
___________UGCCGUUGCUGAAGUUGCUGCUGAUAGUAGUUUGCUAGCAACAAUGGCAUAAUCAGUGUUUACGGCUAACUGUGCCAACAGCAGCAAC_____AGCAUAGAG
...............(((((((..((((((((.(((....))).)).))))))..(((((((.(.(((.......))).).))))))).)))))))................. (-26.59 = -27.62 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:12 2006