Locus 4348

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,460,567 – 12,460,707
Length 140
Max. P 0.942083
window6848 window6849 window6850

overview

Window 8

Location 12,460,567 – 12,460,674
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.34
Mean single sequence MFE -32.13
Consensus MFE -21.66
Energy contribution -21.13
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.20
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590450
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12460567 107 + 22407834
GGU-------------UGUGCGAGGUAUACAUACUUUUGCAUUAGGCACCAUCACAUAGCAGGGGCUGUCGUAGCCCUUCUGCCAAAUCUCGUAUAGCCAAUUCUCUGGCUGGCGCAGCG
.((-------------((((((((((...........(((.....)))..........((((((((((...))))))..))))...)))))...((((((......))))))))))))). ( -38.40)
>DroVir_CAF1 38485 107 + 1
GGU-------------AACUCUUACGGUACAUACUUUGGCAUUUGGCACCAUAACAUAGCAGGGGCUAUCGUAGCCCUUCUGCCAGAUCUCGUAUAGCCAAUUCUCGGGCUGACGCAGCG
.((-------------(.((.....)))))....((((((...((....))......((.((((((((...)))))))))))))))).(((((.(((((........)))))))).)).. ( -27.80)
>DroGri_CAF1 34711 97 + 1
UGU-----------------------AUACGUACUUUGGCAUUGGGGACCAUUACAUAGCAGGGGCUGUCGUAGCCCUUCUGCCAAAUUUCGUAUAGCCAAUUUUCUGGCUGACGCAGCG
(((-----------------------.((((...(((((((..((((....(((((((((....))))).))))))))..)))))))...))))((((((......))))))..)))... ( -34.50)
>DroWil_CAF1 39317 102 + 1
---------------AUUUUUGA---GUACAUACUUUUGCAUUUGGCACCAUGACGUAGCAGGGGCUAUCGUAGCCCUUUUGCCAGAUCUCGUAUAGCCAAUUCUCGGGCUGACGUAGUG
---------------......((---((....))))....((((((((...((......))(((((((...)))))))..))))))))(((((.(((((........)))))))).)).. ( -26.60)
>DroMoj_CAF1 34584 105 + 1
CUU-------------UCUUCUU--UAUACAUACUUUGGCAUUUGGCACCAUCACAUAGCAGGGGCUGUCAUAGCCCUUCUGCCAAAUUUCGUAGAGCCAAUUUUCAGGCUGACGUAGAG
...-------------....(((--(((.....((.(((.((((((((..........(.((((((((...))))))))))))))))).))).))((((........))))...)))))) ( -27.80)
>DroAna_CAF1 39448 120 + 1
GUCUCUCAGGGAUAUAUCUUUGAGAUAUACAUACUUUUGCAUUGGGAACCAUCACAUAGCAGGGGCUGUCGCAGCCCUUCUGCCAGAUCUCGUAGAGCCAGUUCUCGGGCUGACGCAGCG
...(((((((((....))))))))).........((((((..((.((....)).))..))))))((((.((((((((((((((........))))))...(....))))))).)))))). ( -37.70)
>consensus
GGU_____________UCUUCGA__UAUACAUACUUUGGCAUUUGGCACCAUCACAUAGCAGGGGCUGUCGUAGCCCUUCUGCCAAAUCUCGUAUAGCCAAUUCUCGGGCUGACGCAGCG
......................................((..................((((((((((...))))))..))))........((.(((((........))))))))).... (-21.66 = -21.13 +  -0.52)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 12,460,567 – 12,460,674
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.34
Mean single sequence MFE -31.43
Consensus MFE -22.33
Energy contribution -22.30
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.752838
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12460567 107 - 22407834
CGCUGCGCCAGCCAGAGAAUUGGCUAUACGAGAUUUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCUAAUGCAAAAGUAUGUAUACCUCGCACA-------------ACC
.((.(((((((((((....))))))..........((((((..(((((.....)))))))))))......)))))...(((((......))))).....))...-------------... ( -34.10)
>DroVir_CAF1 38485 107 - 1
CGCUGCGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUACGAUAGCCCCUGCUAUGUUAUGGUGCCAAAUGCCAAAGUAUGUACCGUAAGAGUU-------------ACC
..((.(((.((((........))))..)))))...((((((..((((((...))))))))))))(.(((((((((...((((....))))))))))))).)...-------------... ( -33.50)
>DroGri_CAF1 34711 97 - 1
CGCUGCGUCAGCCAGAAAAUUGGCUAUACGAAAUUUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUAAUGGUCCCCAAUGCCAAAGUACGUAU-----------------------ACA
.........((((((....))))))(((((...(((((((...((((((..(((((....))..)))..))))))....)))))))...)))))-----------------------... ( -30.90)
>DroWil_CAF1 39317 102 - 1
CACUACGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAAAAGGGCUACGAUAGCCCCUGCUACGUCAUGGUGCCAAAUGCAAAAGUAUGUAC---UCAAAAAU---------------
..............(((..(((((....((.(((.(((((...((((((...)))))).))))).))).))..)))))((((....))))...)---))......--------------- ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 34584 105 - 1
CUCUACGUCAGCCUGAAAAUUGGCUCUACGAAAUUUGGCAGAAGGGCUAUGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCAAAUGCCAAAGUAUGUAUA--AAGAAGA-------------AAG
.(((.(((.((((........))))..)))...(((((((...(((((((.(((((....))..))).))))).))...))))))).........--.)))...-------------... ( -27.90)
>DroAna_CAF1 39448 120 - 1
CGCUGCGUCAGCCCGAGAACUGGCUCUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUGCGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUUCCCAAUGCAAAAGUAUGUAUAUCUCAAAGAUAUAUCCCUGAGAGAC
.((((((.((((((.....(..(.((.....)).)..).....)))))))).))))...((((.((((.(((...))).))))..))))......(((((..((....))..)))))... ( -33.80)
>consensus
CGCUGCGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCAAAUGCAAAAGUAUGUAUA__UCGAAGA_____________ACC
...((((((((((........))))...((..((.((((((..(((((.....))))))))))).))..))...............).)))))........................... (-22.33 = -22.30 +  -0.03)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 12,460,594 – 12,460,707
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.14
Mean single sequence MFE -36.90
Consensus MFE -31.08
Energy contribution -31.75
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.32
SVM RNA-class probability 0.942083
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12460594 113 - 22407834
-AAAACCCAA--AGCCAA----AUAUGAUGGGCACUAUGUCGCUGCGCCAGCCAGAGAAUUGGCUAUACGAGAUUUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCUAAU
-.........--......----......((((((((..(((((..((..((((((....))))))...)).....((((((..(((((.....))))))))))).))))))))))))).. ( -38.70)
>DroVir_CAF1 38512 112 - 1
AAAAAACA----ACAUAA----AUAUGAUGGGCACCAUGUCGCUGCGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUACGAUAGCCCCUGCUAUGUUAUGGUGCCAAAU
......((----.(((..----..))).))(((((((((.((((.(((.((((........))))..)))))...((((((..((((((...)))))))))))))).))))))))).... ( -39.30)
>DroGri_CAF1 34728 112 - 1
-CAAACAC-C--AGUGAA----AAAUGAUGGGCACAAUGUCGCUGCGUCAGCCAGAAAAUUGGCUAUACGAAAUUUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUAAUGGUCCCCAAU
-.....((-(--((((..----....(((((((........))).))))((((((....)))))).)))......((((((..(((((.....))))))))))).....))))....... ( -31.80)
>DroWil_CAF1 39339 119 - 1
-AAAAACCAACCACACAAAUCAUAAUGAUGGGCACUAUGUCACUACGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAAAAGGGCUACGAUAGCCCCUGCUACGUCAUGGUGCCAAAU
-.................(((.....))).(((((((((.(.((.(((.((((........))))..)))))...(((((...((((((...)))))).))))).).))))))))).... ( -37.00)
>DroMoj_CAF1 34609 111 - 1
-UAAAUAU----AUACAA----AAAUGAUGGGCACCAUGUCUCUACGUCAGCCUGAAAAUUGGCUCUACGAAAUUUGGCAGAAGGGCUAUGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCAAAU
-.......----......----........((((((((.......(((.((((........))))..))).....((((((..(((((.....)))))))))))....)))))))).... ( -37.90)
>DroAna_CAF1 39488 113 - 1
-AAAAGCCAA--AGCAUA----UAAUGAUGGGCACUAUGUCGCUGCGUCAGCCCGAGAACUGGCUCUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUGCGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUUCCCAAU
-....((...--.))...----......((((.(((((.(((..(.(((((........))))).)..))).((.((((((..((((((...)))))))))))).)).))))).)))).. ( -36.70)
>consensus
_AAAAACC_A__AGACAA____AAAUGAUGGGCACUAUGUCGCUGCGUCAGCCCGAGAAUUGGCUAUACGAGAUCUGGCAGAAGGGCUACGACAGCCCCUGCUAUGUGAUGGUGCCAAAU
..............................((((((((.......(((.((((........))))..))).....((((((..(((((.....)))))))))))....)))))))).... (-31.08 = -31.75 +   0.67)

alignment

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