Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,393,372 – 12,393,462 |
Length | 90 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 12,393,372 – 12,393,462 |
---|---|
Length | 90 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -32.80 |
Consensus MFE | -20.30 |
Energy contribution | -20.75 |
Covariance contribution | 0.45 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | -0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12393372 90 - 22407834 AUGCGCCGCCGAUGCCGG---GACUGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU ....((((((...(((((---((..(((((.((....)).)))))....))))))).))))))(((((.(((....))).))---)))........ ( -36.20) >DroPse_CAF1 299840 90 - 1 AUGUGGCGCCGCCCCCGGAUGGGCCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGAU---GGAAGUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAUUUAU ..(((....)))((((((((((.(.(((((.((....)).))))).))))))))).))((---(((((.(((....))).))---)))))...... ( -34.60) >DroEre_CAF1 215948 90 - 1 AUGCGGCGCCGAUGCUGG---GACUGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU ......((((...(((((---((..(((((.((....)).)))))....))))))).))))(((((((.(((....))).))---)))))...... ( -31.60) >DroWil_CAF1 278158 81 - 1 AAGCGG--CUGAUGC-------ACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGGU---GGAAAUUUAAUCCUGAUUUCAUUCCAUUUU--- ...(((--.(((((.-------...(((((.((....)).)))))))))).)))(((((.---.((((((.......))))))..)))))...--- ( -22.30) >DroAna_CAF1 204301 93 - 1 GUGCGGCGCCGCCGCCGGCGAUACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUUUCCGGUGGGUGGUGGAAAUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAGUUAU ....((((((((((((((.((.((.(((((.((....)).))))).)).))))))).))))))(((((.(((....))).))---)))...))).. ( -37.50) >DroPer_CAF1 302298 90 - 1 AUGUGGCGCCGCCCCCGGAUGGGCCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGAU---GGAAGUUUAGUCCUGAUUU---UCCAUAUUUAU ..(((....)))((((((((((.(.(((((.((....)).))))).))))))))).))((---(((((.(((....))).))---)))))...... ( -34.60) >consensus AUGCGGCGCCGACGCCGG___GACCGUGCUGGCUGUGGUGGGCACUGUUAUCCGGUGGGU___GGAAAUUUAGUCCUGAUUU___UCCAUAGUUAU ............((((((...(((.(((((.((....)).))))).)))..))))))......(((.....(((....)))....)))........ (-20.30 = -20.75 + 0.45)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:15:13 2006