Locus 4309

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	12,323,883 – 12,324,020
Length	137
Max. P	0.901734

overview

Window 4

Location	12,323,883 – 12,323,980
Length	97
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.03
Mean single sequence MFE	-24.75
Consensus MFE	-13.42
Energy contribution	-13.53
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.560056
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12323883 97 - 22407834
CUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAA----UUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGUGUCGCUUUGC---CUUAAUGGUUUAAAUUUUGAAUGAUUGCU
(((((...(((((((((.((....----.)))))))))))))))).(((((.((((..(((((......)))---))...)))).))))).............. ( -24.70)
>DroSec_CAF1 146762 95 - 1
CUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAA----UUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGU--CGCUCUUC---CCUAAUGGGUUACAUUUUGAAUGAUUGCU
....(((((((((((((.((....----.))))))))))..((((((....)))))).))))--)((....(---((....)))...(((.....)))...)). ( -25.90)
>DroSim_CAF1 150946 92 - 1
CUGAGAUUCACGGGUUGUGAAAAA----UUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGU--CGCUCUUU---CCUAUU---UUCCAUUUUGAAUGAUUGCU
(((((...(((((((((.((....----.))))))))))))))))((((((((..((((((.--........---))))))---...)))...)))))...... ( -23.00)
>DroEre_CAF1 144191 85 - 1
CUGAGAUUCGCUAGUUGUGAGAAA----UUCCAGCUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUG-GU--CGC------------AUGGGUUGCAUUUUGAAUGAUUGCU
.........((.(((..(..((((----(..((((((((((((((((....))))))..-..--.))------------)))))))).)))))..)..))))). ( -25.90)
>DroYak_CAF1 151968 94 - 1
CUAAGAUUCGCGAGUUGUGAAAAA----UUCCAACUCGUGCUCAGUAUUUGUGCCGAAG-GU--CACUUUUG---GCUAAUGGGUUAAAUCUUAAACGAUUGCU
....((..(((((((((.((....----.))))))))))).))((((.(((((((((((-(.--..))))))---))...((((......)))).)))).)))) ( -27.70)
>DroAna_CAF1 135239 98 - 1
CCGAGAUUCCAUAGUUGUAAAAAAUAAAUGGCACUUCGUGCUUAGCAUUGGCGCUAAUG-GU--GGCUCCUUGGUGGUAAUGGGUAGUAUUUUUAAUGAUU---
............(((..(.(((((((...(((((...)))))...(((((.((((((.(-(.--....)))))))).))))).....))))))).)..)))--- ( -21.30)
>consensus
CUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAA____UUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUG_GU__CGCUCUUC___CCUAAUGGGUUACAUUUUGAAUGAUUGCU
..(((((.(((((((((.(((.......)))))))))))).((((((....))))))...............................)))))........... (-13.42 = -13.53 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	12,323,907 – 12,324,020
Length	113
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.34
Mean single sequence MFE	-33.27
Consensus MFE	-22.80
Energy contribution	-23.53
Covariance contribution	0.73
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.901734
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12323907 113 - 22407834
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGCUGGUCAUAAAUUCAGCUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAAUUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGUGUCGCUUUGCCUUAA
....(((.........(((((.((((.(((((((((...((((((...(((((((((.((.....))))))))))))))))))))))))...)).))))))))).)))..... ( -34.50)
>DroSec_CAF1 146786 111 - 1
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGCUGGUCAUAAAUUCAGCUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAAUUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGU--CGCUCUUCCCUAA
....((((((.........))))))(((.(((((((...((((((...(((((((((.((.....)))))))))))))))))))))))))))..(((.--.......)))... ( -33.90)
>DroSim_CAF1 150967 111 - 1
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGCUGGUCAUAAAUUCAGCUGAGAUUCACGGGUUGUGAAAAAUUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUGGGU--CGCUCUUUCCUAU
.....((((....))))..(((((((.(((((((((...((((((...(((((((((.((.....))))))))))))))))))))))))...)).)).--)))))........ ( -32.70)
>DroEre_CAF1 144215 101 - 1
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGUUGGUCAUAAAUUCAGCUGAGAUUCGCUAGUUGUGAGAAAUUCCAGCUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUG-GU--CGC---------A
.....((((....))))((((.((((((.(((((((...((((((...(((.(((((..(....)..))))).))))))))))))))))))))))-.)--)))---------. ( -34.40)
>DroYak_CAF1 151992 110 - 1
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGUUGGUCAUAAAUUCAGCUAAGAUUCGCGAGUUGUGAAAAAUUCCAACUCGUGCUCAGUAUUUGUGCCGAAG-GU--CACUUUUGGCUAA
....(((...(((...(((((((.(((((..........))))).))))((((((((.((.....)))))))))))))..)))..)))(((((((-(.--..))))))))... ( -34.10)
>DroPer_CAF1 224858 96 - 1
AUUUGCAUUUUAUGGCGGCGACUGAUGAUCAUAAAUUUGGCUGAGAUUCGCG--------------CCAUCUCAUGCUCAGCAUUUCUGUUUAUG-GU--CGCAGUUUCGCAA
..............((((.(((((.(((((((((((...((((((.......--------------..........))))))......)))))))-))--))))))))))).. ( -30.03)
>consensus
AUUUGCAUUUUACGAUGGCGAGUGCUGGUCAUAAAUUCAGCUGAGAUUCACGAGUUGUGAAAAAUUCCAACUCGUGCUUAGCAUUUGUGCUAAUG_GU__CGCUCUUCCCUAA
((((((...........))))))..(((.(((((((...((((((...(((((((((.(((...))))))))))))))))))))))))))))..................... (-22.80 = -23.53 +   0.73)

alignment

secondary structure

dotplot

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