Locus 4300

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	12,298,892 – 12,299,116
Length	224
Max. P	0.921559

overview

Window 7

Location	12,298,892 – 12,299,012
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.83
Mean single sequence MFE	-42.18
Consensus MFE	-26.88
Energy contribution	-26.97
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.678651
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12298892 120 - 22407834
GCUGCGGCGGAUUGGGCAGGAUGGGCGUGGUCACGCUGGUGGCCGUUUGGCCCAGAGGUAUGUUGAUGUUGCUGGCCAGGUUCCAGAGAUUGGCCUGAAUUUGCUGAAUCUUCUUCUGCU
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>DroVir_CAF1 147450 120 - 1
GUUGCGGUGGGUUUGGCAGUAUCGGUGUGGAUACAGUGGUCGGCGUCUGGCCUAGCGGUAUGUUAAUAUUGGUCGCCAGAUUCCAUAGAUUCGCCUGAAUUUGCUGUAUCUUCUUCUGUU
..(((((..((((((((.(((((......))))).......((.(((((((..(.((((((....)))))).).))))))).))........))).)))))..)))))............ ( -40.50)
>DroGri_CAF1 154728 120 - 1
GUUGCGGUGGGUUUGGCAGUAUCGGUGUGGACACUGUGGUUGCCGUUUGGCCCAGUGGUAUAUUUAUGUUUGUGGCCAGAUUCCACAAAUUCGCCUGAAUUUGCUGGAUCUUCUUCUGUU
...((((.(((((..((((..((((.(((((...(((((.....(((((((((((..(((....)))..))).)))))))).)))))..)))))))))..))))..)))))....)))). ( -44.30)
>DroWil_CAF1 142872 120 - 1
GUUGCGGUGGGUUUGGCAAUAUAGACGUGGAAACACUUGUCGGCGUUUGGCCCAAUGGUAUGUUUAUAUUAGUGGCCAAGUUCCAUAGAUUUGCCUGUAUCUGUUGAAUCUUCUUUUGCU
...((((.(((((..(((((((((..(((....))).....((..(((((((...((((((....))))))..)))))))..))..........)))))).)))..)))))....)))). ( -39.40)
>DroMoj_CAF1 156027 120 - 1
GUUGCGGUGGGUUUGGCAGUAUCGGUGUGGAAACUGUGGUUGGCGUCUGGCCGAGUGGUAUAUUAAUAUUGGUCGCCAGAUUCCAUAGAUUCGCCUGUAUUUGCUGUAUCUUCUUCUGUU
...((((.(((....((((((.(((.(((((..((((((.....(((((((.((.((((((....)))))).))))))))).)))))).))))))))....))))))....))).)))). ( -41.40)
>DroPer_CAF1 189684 120 - 1
GCUGCGGUGGGUUCGGCAGUAUCGGUGUGGACACACUCUGGGCCGUCUGUCCCAAGGGGAUGUUGAUAUUGCUGGCCAGGUUCCAGAGAUUCGCCUGGAUCUGCUGGAUCUUCUUUUGUU
.........(((.(((((((((((((.((((.....)))).)))....(((((...)))))...)))))))))))))(((.(((((((((((....)))))).))))).)))........ ( -44.20)
>consensus
GUUGCGGUGGGUUUGGCAGUAUCGGUGUGGACACACUGGUCGCCGUCUGGCCCAGUGGUAUGUUAAUAUUGGUGGCCAGAUUCCAUAGAUUCGCCUGAAUUUGCUGAAUCUUCUUCUGUU
...((((.(((((((((((...(((.(((((....((((.....(((((((.((..(((((....)))))..))))))))).))))...))))))))...)))))))))))....)))). (-26.88 = -26.97 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	12,298,972 – 12,299,092
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.56
Mean single sequence MFE	-54.88
Consensus MFE	-36.52
Energy contribution	-36.33
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.905551
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12298972 120 - 22407834
CAGUCCCACCGCCUGCAGCUGCUGCAGCAGUUGAAUGGAGGCCGGGGUAAUGGCAUCUGCGCCGAGAACCGGCGAAGGCUGCUGCGGCGGAUUGGGCAGGAUGGGCGUGGUCACGCUGGU
.....(((((((((((..((((((((((((((....(((.((((......)))).))).(((((.....)))))..)))))))))))))).....))))).)))((((....))))))). ( -61.80)
>DroPse_CAF1 184240 120 - 1
CAGGCCCACGGCCUGCAACUGUUGCAGCAAUUGUAUGGAGGCCGGUGUCAGUGCAUCGGCGCCCAGAACGGGCGACUGCUGCUGCGGUGGGUUCGGCAGUAUCGGUGUGGACACACUCUG
((((....((((((.((((.((((...)))).)).)).))))))(((((...((((((((((((.....)))))(((((((..((.....)).))))))).))))))).)))))..)))) ( -52.80)
>DroGri_CAF1 154808 120 - 1
CAGUCCAACUGUUUGCAGCUGCUGCAGCAAUUGAAUGCUGGCUGGUGUCAGAGCAUCGGCUCCCAACACUGGCGACGGCUGUUGCGGUGGGUUUGGCAGUAUCGGUGUGGACACUGUGGU
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>DroWil_CAF1 142952 120 - 1
CAAUCCCACUGCCUGCAACUGUUGCAGCAAUUGAAUGGAGGCGGGUGUUAAGGCAUCUGCUCCCAAAACUGGCGACGGUUGUUGCGGUGGGUUUGGCAAUAUAGACGUGGAAACACUUGU
(((.((((((((..(((((((((((..((.((...(((..((((((((....))))))))..))).)).))))))))))))).)))))))).)))...........(((....))).... ( -56.00)
>DroAna_CAF1 110201 120 - 1
CAACCCAACCGCCUGCAACUGCUGCAACAGUUGGAUGGAGGCCGGGGUUAUGGCAUCGGCUCCUAGGACUGGUGACGGCUGCUGCGGCGGAUUGGGCAGUAUCGGUGUGGCCACACUGGU
...((((((((((.(((.(.((((((.(((((...(((..((((..((....))..))))..))).))))).)).)))).).)))))))).)))))....((((((((....)))))))) ( -56.20)
>DroPer_CAF1 189764 120 - 1
CAGGCCCACGGCCUGCAACUGUUGCAGCAAUUGUAUGGAGGCCGGUGUCAGUGCAUCGGCGCCCAGAACGGGCGACUGCUGCUGCGGUGGGUUCGGCAGUAUCGGUGUGGACACACUCUG
((((....((((((.((((.((((...)))).)).)).))))))(((((...((((((((((((.....)))))(((((((..((.....)).))))))).))))))).)))))..)))) ( -52.80)
>consensus
CAGUCCCACCGCCUGCAACUGCUGCAGCAAUUGAAUGGAGGCCGGUGUCAGGGCAUCGGCGCCCAGAACUGGCGACGGCUGCUGCGGUGGGUUCGGCAGUAUCGGUGUGGACACACUGGU
..........(((.....(((((((((((......(((..((((((((....))))))))..)))...(((....))).)))))))))))....)))......(((((....)))))... (-36.52 = -36.33 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,299,012 – 12,299,116
Length	104
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.23
Mean single sequence MFE	-41.87
Consensus MFE	-31.09
Energy contribution	-29.32
Covariance contribution	-1.77
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.79
SVM RNA-class probability	0.851948
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12299012 104 + 22407834
AGCCUUCGCCGGUUCUCGGCGCAGAUGCCAUUACCCCGGCCUCCAUUCAACUGCUGCAGCAGCUGCAGGCGGUGGGACUGCAGCACCAGUUGUUGCAAGGUAAG----------
.(((((.((((.....))))(((((.(((........))).))....(((((((((((((.((((....))))..).)))))))...))))).))))))))...---------- ( -40.30)
>DroGri_CAF1 154848 113 + 1
AGCCGUCGCCAGUGUUGGGAGCCGAUGCUCUGACACCAGCCAGCAUUCAAUUGCUGCAGCAGCUGCAAACAGUUGGACUGCAGCAGCAGCUGUUGCAAGGUAAGUG-GUCCACA
....((.((((((((..(.(((....))))..))))..(((((((......))))(((((((((((...(((.....))).....)))))))))))..)))...))-).).)). ( -44.40)
>DroEre_CAF1 119766 113 + 1
AGCCUUCGCCGGUCCUCGGCGCCGAUGCCAUCACCCCGGCCUCCAUCCAGCUGCUGCAGCAACUGCAGGCGGUUGGCUUGCAGCAGCAGUUGCUGCAAGGUGAGCGG-AGCAAA
.......(((((.....((((....))))......)))))((((...((((((((((((...))))).)))))))(((..(.(((((....)))))...)..)))))-)).... ( -51.60)
>DroWil_CAF1 142992 106 + 1
AACCGUCGCCAGUUUUGGGAGCAGAUGCCUUAACACCCGCCUCCAUUCAAUUGCUGCAACAGUUGCAGGCAGUGGGAUUGCAACAGCAAUUGCUGCAAGGUAAAUU--------
.(((.....(((((.(((..((.(.((......)).).))..)))...)))))(((((.....)))))(((((..((((((....)))))))))))..))).....-------- ( -30.40)
>DroYak_CAF1 126103 113 + 1
AGCCUUCGCCGGUGCUCGGCGCCGAUGCCAUCACCCCGGCCUCCAUCCAACUGCUGCAGCAACUGCAGGCGGUUGGGCUGCAGCAGCAGUUGCUGCAAGGUGAGUAG-UUCGUA
....(((((((((((...)))))((.(((........))).))..((((((((((((((...))))).))))))))).((((((((...)))))))).))))))...-...... ( -48.30)
>DroAna_CAF1 110241 106 + 1
AGCCGUCACCAGUCCUAGGAGCCGAUGCCAUAACCCCGGCCUCCAUCCAACUGUUGCAGCAGUUGCAGGCGGUUGGGUUGCAGCAGCAGCUAUUGCAAGGUAAC--------UG
(((((((..........(((((((............))).))))...(((((((....)))))))..))))))).((((((.((((......))))...)))))--------). ( -36.20)
>consensus
AGCCGUCGCCAGUCCUCGGAGCCGAUGCCAUAACCCCGGCCUCCAUCCAACUGCUGCAGCAGCUGCAGGCGGUUGGACUGCAGCAGCAGUUGCUGCAAGGUAAGU________A
.(((...((.(((....((....((.(((........))).))...)).)))))((((((((((((..((((.....))))....)))))))))))).)))............. (-31.09 = -29.32 +  -1.77)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	12,299,012 – 12,299,116
Length	104
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.23
Mean single sequence MFE	-44.47
Consensus MFE	-30.34
Energy contribution	-30.24
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.921559
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12299012 104 - 22407834
----------CUUACCUUGCAACAACUGGUGCUGCAGUCCCACCGCCUGCAGCUGCUGCAGCAGUUGAAUGGAGGCCGGGGUAAUGGCAUCUGCGCCGAGAACCGGCGAAGGCU
----------....((((((..((((((.(((.(((((..((.....))..))))).))).))))))...(((.((((......)))).)))))((((.....)))).)))).. ( -42.30)
>DroGri_CAF1 154848 113 - 1
UGUGGAC-CACUUACCUUGCAACAGCUGCUGCUGCAGUCCAACUGUUUGCAGCUGCUGCAGCAAUUGAAUGCUGGCUGGUGUCAGAGCAUCGGCUCCCAACACUGGCGACGGCU
.......-........((((..((((.(((((.((((.....))))..))))).))))..))))......((((((..((((..((((....))))...))))..))..)))). ( -44.80)
>DroEre_CAF1 119766 113 - 1
UUUGCU-CCGCUCACCUUGCAGCAACUGCUGCUGCAAGCCAACCGCCUGCAGUUGCUGCAGCAGCUGGAUGGAGGCCGGGGUGAUGGCAUCGGCGCCGAGGACCGGCGAAGGCU
.(..((-(((..(..(((((((((.....)))))))))(((.((((((((((...))))))..)).)).))).)..)))))..).(((.....(((((.....)))))...))) ( -50.80)
>DroWil_CAF1 142992 106 - 1
--------AAUUUACCUUGCAGCAAUUGCUGUUGCAAUCCCACUGCCUGCAACUGUUGCAGCAAUUGAAUGGAGGCGGGUGUUAAGGCAUCUGCUCCCAAAACUGGCGACGGUU
--------.....(((((((..((((((((((.(((....((.....))....))).))))))))))..(((..((((((((....))))))))..)))......)))).))). ( -38.90)
>DroYak_CAF1 126103 113 - 1
UACGAA-CUACUCACCUUGCAGCAACUGCUGCUGCAGCCCAACCGCCUGCAGUUGCUGCAGCAGUUGGAUGGAGGCCGGGGUGAUGGCAUCGGCGCCGAGCACCGGCGAAGGCU
......-...(((...((((((((.....)))))))).(((((.((.(((((...))))))).)))))...)))(((((.((..((((......)))).)).)))))....... ( -47.30)
>DroAna_CAF1 110241 106 - 1
CA--------GUUACCUUGCAAUAGCUGCUGCUGCAACCCAACCGCCUGCAACUGCUGCAACAGUUGGAUGGAGGCCGGGGUUAUGGCAUCGGCUCCUAGGACUGGUGACGGCU
..--------((((((...(...(((((.((((..(((((..((.(((.((((((......)))))).).)).))...)))))..)))).))))).....)...)))))).... ( -42.70)
>consensus
U________ACUUACCUUGCAACAACUGCUGCUGCAAUCCAACCGCCUGCAGCUGCUGCAGCAGUUGAAUGGAGGCCGGGGUGAUGGCAUCGGCGCCGAGAACCGGCGAAGGCU
..............((((((..((((((((((.(((((.............))))).)))))))))).......(((((.((....)).)))))...........)))).)).. (-30.34 = -30.24 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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