Locus 4295

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	12,291,366 – 12,291,460
Length	94
Max. P	0.864835

overview

Window 8

Location	12,291,366 – 12,291,460
Length	94
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.48
Mean single sequence MFE	-35.12
Consensus MFE	-19.95
Energy contribution	-21.23
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.62
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.807998
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12291366 94 + 22407834
-GUGGGUGGUCCUGU-------------GAUCCUGGCCACAAACGCCAAAUAUAGCCUAUGGGCGUUAUGUGGGCAUGGCCCAGACUACAGGACCCGCAUAAAAUUAU
-(((.(.((((((((-------------(.((..(((((.....(((..(((..(((....)))..)))...))).)))))..)).)))))))))).)))........ ( -39.80)
>DroSec_CAF1 114128 93 + 1
GGUGGGUGGUCCUGU-------------GAUCCUGGCCACAAACGCCAAA--UAGCCUAUGGGCGGUAUGUGGGCAUGGCCCAGACUACUGGACCCGCAUAAAAUUAU
.(((.(.(((((.((-------------(.((..(((((.....(((..(--(((((....)))..)))...))).)))))..)).))).)))))).)))........ ( -34.10)
>DroSim_CAF1 117896 90 + 1
GGUGGGUGGUCCUGU-------------GAUCCUGGCCACAAACGCCAAA--UAGCCUAUGG---GUAUGUGGGCAUGGUCCAGACUACUGGACCCGCAUAAAAUUAU
((((.((((((..(.-------------...)..))))))...))))...--..((((((..---....))))))..(((((((....)))))))............. ( -34.60)
>DroEre_CAF1 112420 92 + 1
-GUGGGUGGUCCUGC-------------GAUCCUGGCCACAGACGCCACA--UCGCCUAUGGGCGGUGUGUGGGCAUGGCCUAGACUGCUGGACCCGCAUAAAAUUAU
-(((.(.(((((.((-------------(.((..(((((....(((.(((--(((((....)))))))))))....)))))..)).))).)))))).)))........ ( -45.80)
>DroYak_CAF1 118468 92 + 1
-GUGGGUGGUCCUGU-------------GAUCCUGGCCACAAACGCCAAA--UAGCCUAUGGGCGGUAUGUGGGCAUGGCCCAGACUACUGGACCCGCAUAAAAUGAU
-(((.(.(((((.((-------------(.((..(((((.....(((..(--(((((....)))..)))...))).)))))..)).))).)))))).)))........ ( -33.70)
>DroPer_CAF1 179905 94 + 1
-GGUCCUGGUCCUGCAUUCCGCCUCCUGAAUCCUGGCCACAAAAGCCACA--CUGCCUAUGGCC----------CCUGGCCUACAC-ACUGGACCCGCAUAAAAUUCU
-((((((((((..(.((((........)))).).))))).....((((..--..(((...))).----------..))))......-...)))))............. ( -22.70)
>consensus
_GUGGGUGGUCCUGU_____________GAUCCUGGCCACAAACGCCAAA__UAGCCUAUGGGCGGUAUGUGGGCAUGGCCCAGACUACUGGACCCGCAUAAAAUUAU
.(((.(.(((((.((..................((((.......))))...........(((((..((((....)))))))))....)).)))))).)))........ (-19.95 = -21.23 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,291,366 – 12,291,460
Length	94
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.48
Mean single sequence MFE	-34.83
Consensus MFE	-20.97
Energy contribution	-21.50
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.864835
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12291366 94 - 22407834
AUAAUUUUAUGCGGGUCCUGUAGUCUGGGCCAUGCCCACAUAACGCCCAUAGGCUAUAUUUGGCGUUUGUGGCCAGGAUC-------------ACAGGACCACCCAC-
.............((((((((.((((.(((((((((((.(((..(((....)))..))).))).))..)))))).)))).-------------))))))))......- ( -39.60)
>DroSec_CAF1 114128 93 - 1
AUAAUUUUAUGCGGGUCCAGUAGUCUGGGCCAUGCCCACAUACCGCCCAUAGGCUA--UUUGGCGUUUGUGGCCAGGAUC-------------ACAGGACCACCCACC
.............(((((.((.((((.(((((((((((.(((..(((....)))))--).))).))..)))))).)))).-------------)).)))))....... ( -33.70)
>DroSim_CAF1 117896 90 - 1
AUAAUUUUAUGCGGGUCCAGUAGUCUGGACCAUGCCCACAUAC---CCAUAGGCUA--UUUGGCGUUUGUGGCCAGGAUC-------------ACAGGACCACCCACC
.............(((((.((..(((((.(((((((((.((((---(....)).))--).))).))..)))))))))...-------------)).)))))....... ( -28.20)
>DroEre_CAF1 112420 92 - 1
AUAAUUUUAUGCGGGUCCAGCAGUCUAGGCCAUGCCCACACACCGCCCAUAGGCGA--UGUGGCGUCUGUGGCCAGGAUC-------------GCAGGACCACCCAC-
.............(((((.((.((((.(((((((((((((...((((....)))).--))))).))..)))))).)))).-------------)).)))))......- ( -41.40)
>DroYak_CAF1 118468 92 - 1
AUCAUUUUAUGCGGGUCCAGUAGUCUGGGCCAUGCCCACAUACCGCCCAUAGGCUA--UUUGGCGUUUGUGGCCAGGAUC-------------ACAGGACCACCCAC-
.............(((((.((.((((.(((((((((((.(((..(((....)))))--).))).))..)))))).)))).-------------)).)))))......- ( -33.70)
>DroPer_CAF1 179905 94 - 1
AGAAUUUUAUGCGGGUCCAGU-GUGUAGGCCAGG----------GGCCAUAGGCAG--UGUGGCUUUUGUGGCCAGGAUUCAGGAGGCGGAAUGCAGGACCAGGACC-
.............(((((...-.....(((((((----------(((((((.....--)))))))))..))))).(.((((........)))).).)))))......- ( -32.40)
>consensus
AUAAUUUUAUGCGGGUCCAGUAGUCUGGGCCAUGCCCACAUACCGCCCAUAGGCUA__UUUGGCGUUUGUGGCCAGGAUC_____________ACAGGACCACCCAC_
.............(((((.((.((((.(((((((((........(((....))).......))))....))))).))))..............)).)))))....... (-20.97 = -21.50 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:14:21 2006