Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,083,247 – 12,083,357 |
Length | 110 |
Max. P | 0.507284 |
Location | 12,083,247 – 12,083,357 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.76 |
Mean single sequence MFE | -43.59 |
Consensus MFE | -24.18 |
Energy contribution | -26.93 |
Covariance contribution | 2.75 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.507284 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12083247 110 + 22407834 -CAUGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCCCUUUGAUUCUAGUACCAUGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU -((((((((((....(((((((((((.(...--.).))))))))))).))))))))----))((((((((..........)).))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -46.40) >DroSec_CAF1 19599 110 + 1 -CAUGGAUCUGGUGACACCUGCCCCUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU -((((((((((....)....(((((((((((--....)))))))).))))))))))----))(((((((.............)))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -44.92) >DroSim_CAF1 19908 109 + 1 -CAUGGAUCUGCUGACACCUGCU-CUGCUCC--UGGAGGAGUAGGUGGUGGAUCCG----UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU -((((((((..(...((((((((-((.(...--..).)))))))))))..))))))----))(((((((.............)))))))((.(((((.(((....)))))))).)). ( -43.12) >DroEre_CAF1 19737 107 + 1 -CAGGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCG--CGGAGGAGGAGGUGCAGGAUCCG----AGUUUCUCCGAUUCUAGUACCAG---UGGUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU -(((((((((..((.(((((.(((((.(...--.).))))).))))))))))))).----.......(((.(((((.((....---)).)))))))))))..(((((...))))).. ( -40.40) >DroYak_CAF1 20567 101 + 1 --------------ACACCUGCUCCUGCUCC--UGGAGGAGGAGGUGGAGGAUCCGUAGGAGGAUCUCCGAUUCUAGUACCAGGUGGGGUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU --------------(((((((((((....((--(((...((((..(((((.((((......))))))))).))))....))))).)))))))(((((.(((....)))))))))))) ( -41.60) >DroAna_CAF1 21271 103 + 1 UCUAGGAUAUGGUGACACCUGCUCCUGCUGGGGAGGAGGUGGAGGCGGGAGAUCCC--------UCCU------CAGUACCAGGAGUGGUAGAACGGCUGCGGCGGCAUCGCUGUGU ((((..((.(((((.(((((.(((((....))))).)))))((((.(((....)))--------.)))------)..)))))...))..))))......((((((....)))))).. ( -45.10) >consensus _CAUGGAUCUGGUGACACCUGCUCCUGCUCC__UGGAGGAGGAGGUGGUGGAUCCG____UGUCUCUUCGAUUCUAGUACCAGGAGGGAUAGAACGGCUGUGGCGGCAUCGUUGUGU ....((((((.....(((((.(((((.(......).))))).)))))..)))))).................((((...((....))..))))(((((.(((....))).))))).. (-24.18 = -26.93 + 2.75)
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