| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,019,875 – 12,019,995 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.941050 |
| Location | 12,019,875 – 12,019,995 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.50 |
| Mean single sequence MFE | -51.82 |
| Consensus MFE | -28.22 |
| Energy contribution | -29.50 |
| Covariance contribution | 1.28 |
| Combinations/Pair | 1.43 |
| Mean z-score | -2.50 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 1.31 |
| SVM RNA-class probability | 0.941050 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12019875 120 - 22407834 GAUUCUGCAGCUGGCAAAGCAUCUCCAAGGACAGGGACUUUUUCUGGGUGAUCUGCGUCUGCAGGAUAUUGUGCUGCGCGAAAAUCUCUGGCUGCAAGUGCUUCCACGGCUGCAGUGUAA .((.(((((((((...((((((.....((..((((((..(((((..((....))((((..(((.(....).))).))))))))))))))).))....))))))...))))))))).)).. ( -41.50) >DroVir_CAF1 11475 120 - 1 GCUGUUGCAGGUGUCGCGGCAUUUGCAGGAUCAGGGCCUGUUCUUGGGUGAUCUGCGACUGCAGCACGUGCUGCUGCGCGAGAAUCUUUGGCUACAGGUGCUGCCGCGCCUGCAGUGCAA ((...(((((((((.(((((((((((((((.(((...))).)))))(((..((.(((...(((((....)))))..)))))..)))........)))))))))).)))))))))..)).. ( -57.70) >DroGri_CAF1 11747 120 - 1 ACUGUUGCAGCUGUCGAAACACUUGGAAGCCCAAGGCCUUUUUCUCGGCGAUCUGCGGCUGCAGCAUGUGAUGUUGCGUGAGAAUCUCUGGCUGCAGGUGAUGCCGCGCCUGCAGUGCAA ((((((((((((((.((....(((((....)))))(((........)))..)).)))))))))))).))....((((..(((...)))..((((((((((......)))))))))))))) ( -53.80) >DroYak_CAF1 12003 120 - 1 GAUCCUGCAGCUGGCCAAGCAUCUCCAGGGGCAGGGCCUUUUUCUGGGCGAUCUGCGUCUGCAGGACAUUGUGCUGCGAGAGAAUCUCUGGCUGCAGGUGCUGCCUCGGCUGCAGUGCAA ....((((((((((...((((((((((((((((((((((......))))..))))).(((((((.((...)).)))).)))....))))))....)))))))...))))))))))..... ( -55.30) >DroMoj_CAF1 13163 120 - 1 GCUGUUACAGCUAUCAAGGUAUUUGCAGUCGCAGGGCCUGUUUCUGGGUGAUCUGCGACUGCAGCACGUGAUGAUGCGCGAGAAUCUCUGGCUGCAGGUGCUGCCGCGCCUGCAGUGCAA ((((...))))(((((..((..(((((((((((((((((......))))..))))))))))))).)).))))).(((..(((...)))..(((((((((((....)))))))))))))). ( -57.60) >DroAna_CAF1 13516 120 - 1 AAUCAUGCAGCUGACGAAGCACGUGCAGGCUCAGGGACUCUUCCUCGGGGAUCUUCGGCUGCAACACAUCGUACUUCGUGAGAAUCUCUGGCUGCAGGUCUUGCCUCGGCUGCAGUGCAA .....(((((((((.((((.((.(((((.(.((((((.((((...(((((..(....).(((........)))))))).)))).)))))))))))).))))).).)))))))))...... ( -45.00) >consensus GAUGUUGCAGCUGUCGAAGCAUUUGCAGGCGCAGGGCCUUUUUCUGGGUGAUCUGCGACUGCAGCACAUGGUGCUGCGCGAGAAUCUCUGGCUGCAGGUGCUGCCGCGCCUGCAGUGCAA ....((((((((((...(((((((((((...(((((..((((.(...((.....))....((((.........))))).))))..))))).)))))))))))...))))))))))..... (-28.22 = -29.50 + 1.28)
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