Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,953,387 – 11,953,500 |
Length | 113 |
Max. P | 0.979494 |
Location | 11,953,387 – 11,953,500 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.06 |
Mean single sequence MFE | -33.77 |
Consensus MFE | -26.24 |
Energy contribution | -26.10 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -3.12 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 1.46 |
SVM RNA-class probability | 0.955770 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11953387 113 + 22407834 AUUUCGUUUCAUUUUGGAUGUUUUAUUCUCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGUUGUAUAAAAAUUACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAU------- ..........................((((((((....((((.(((((((((.(((((((..(((.......)))))))))).)))))..)))).))))....))).))))).------- ( -33.10) >DroVir_CAF1 156887 106 + 1 ------------GUUGUACGUAAUAU-CCCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGC-GUGUUAUAAAAACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAUGCAGAGC ------------...........(((-((.((((....((((.(((((((((.(((((((.-((.........))))))))).)))))..)))).))))....)))).).))))...... ( -32.00) >DroGri_CAF1 156051 106 + 1 ------------UCUGCACGUAAUAU-CCCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGC-GUGUUAAAAUAACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAUGCAGAAC ------------((((((.......(-((.((((....((((.(((((((((.(((((((.-((.........))))))))).)))))..)))).))))....)))).).)))))))).. ( -36.41) >DroSec_CAF1 172722 113 + 1 AUUUCGUUUCACUUUGGAUGUUUUAUUCUCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGUUGUAUAAAAAUUACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGUCGAGAU------- ..........................((((((((....((((.(((((((((.(((((((..(((.......)))))))))).)))))..)))).))))....))).))))).------- ( -33.10) >DroEre_CAF1 147731 112 + 1 AUUUCGUUUCAU-UCGGAUGUUUUAUUCUCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGUUGUAUCAAAAGUACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAU------- ..((((......-.))))........((((((((....((((.(((((((((.(((((((..((((.....))))))))))).)))))..)))).))))....))).))))).------- ( -35.00) >DroMoj_CAF1 165410 106 + 1 ------------GUUGAACGUAAUAU-CCCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGC-GUGUUAGAAAAACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAUGCGAAAC ------------......(((...((-((.((((....((((.(((((((((.(((((((.-((.........))))))))).)))))..)))).))))....)))).).)))))).... ( -33.00) >consensus ____________UUUGGACGUAAUAU_CCCGCACCAUAGAUGCCACUAAGAGAUCACGGGC_GUAUUAAAAUAACCCCGUGAAUUCUUCCAGUGCCAUUAACUGUGCCGAGAU_______ ..............................((((....((((.(((((((((.(((((((..((.........))))))))).)))))..)))).))))....))))............. (-26.24 = -26.10 + -0.14)
Location | 11,953,387 – 11,953,500 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.06 |
Mean single sequence MFE | -37.05 |
Consensus MFE | -33.21 |
Energy contribution | -32.96 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -3.34 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.84 |
SVM RNA-class probability | 0.979494 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11953387 113 - 22407834 -------AUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUAAUUUUUAUACAACCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGAGAAUAAAACAUCCAAAAUGAAACGAAAU -------.(((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((...............))))))))))..))))).)))..)).)))))))).......................... ( -36.26) >DroVir_CAF1 156887 106 - 1 GCUCUGCAUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUUUUUAUAACAC-GCCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGGG-AUAUUACGUACAAC------------ .......((((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((((.........))-.))))))))))..))))).)))..)).)))))))-))............------------ ( -36.30) >DroGri_CAF1 156051 106 - 1 GUUCUGCAUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUUAUUUUAACAC-GCCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGGG-AUAUUACGUGCAGA------------ ..(((((((((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((((.........))-.))))))))))..))))).)))..)).)))))))-).......))))))------------ ( -40.91) >DroSec_CAF1 172722 113 - 1 -------AUCUCGACACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUAAUUUUUAUACAACCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGAGAAUAAAACAUCCAAAGUGAAACGAAAU -------.(((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((...............))))))))))..))))).)))..)).)))))))).......................... ( -36.26) >DroEre_CAF1 147731 112 - 1 -------AUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUACUUUUGAUACAACCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGAGAAUAAAACAUCCGA-AUGAAACGAAAU -------.(((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((((((....).)))..))))))))))..))))).)))..)).)))))))).............-............ ( -36.30) >DroMoj_CAF1 165410 106 - 1 GUUUCGCAUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUUUUUCUAACAC-GCCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGGG-AUAUUACGUUCAAC------------ .......((((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((((.........))-.))))))))))..))))).)))..)).)))))))-))............------------ ( -36.30) >consensus _______AUCUCGGCACAGUUAAUGGCACUGGAAGAAUUCACGGGGUAAUUUUAACAC_ACCCGUGAUCUCUUAGUGGCAUCUAUGGUGCGAG_AUAAAACAUCCAAA____________ .........((((.(((.((..(((.(((((..(((..(((((((...............))))))))))..))))).)))..)).)))))))........................... (-33.21 = -32.96 + -0.25)
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