Locus 4105

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	11,797,817 – 11,798,016
Length	199
Max. P	0.999951

overview

Window 1

Location	11,797,817 – 11,797,936
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.54
Mean single sequence MFE	-44.97
Consensus MFE	-41.41
Energy contribution	-41.72
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972780
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11797817 119 + 22407834
-UGCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCU
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>DroGri_CAF1 6011 120 + 1
UGUCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGGGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCU
...((((.(((....)))))))..((((((..(((((((.....(((.((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))))))).))).))))...))))))....... ( -44.70)
>DroSec_CAF1 5222 119 + 1
-UGCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGGCCGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUUAUCU
-.(((((.(((....)))))))).((((((..(((((((..(((....((.(((((.(((((((((((....)))))).))))).))))))).)))))).))))...))))))....... ( -46.80)
>DroWil_CAF1 8927 119 + 1
-UGCCGACUCACUUAUAAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGUGUCAGCACACCGGCUGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACUGGUGGUGGCGGCAUCAUGGCAUCCGGAUGGUUCAUCU
-(((((.(.(((........((........))((((.(((....)))))))((((((...((((((((....)))))))).)))))))))))))))...........(((((...))))) ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 6120 120 + 1
UGUCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGGGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCU
...((((.(((....)))))))..((((((..(((((((.....(((.((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))))))).))).))))...))))))....... ( -44.70)
>DroAna_CAF1 9764 119 + 1
-CGCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACCUCCUGCUUGACUUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGUGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCU
-.(((((.(((....)))))))).((((((..(((((((..(((....((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).))))))).)))))).))))...))))))....... ( -48.40)
>consensus
_UGCCGACUCACUUAUGAUCGGUUUCACUUCCUGCUUGACUUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCU
..(((((.(((....)))))))).((((((..((((((((....))))((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))))........))))...))))))....... (-41.41 = -41.72 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,797,817 – 11,797,936
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.54
Mean single sequence MFE	-39.90
Consensus MFE	-36.96
Energy contribution	-37.18
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.84
SVM RNA-class probability	0.979417
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11797817 119 - 22407834
AGAUGAAUCACCCGGAUGCUAUGAUGCCGCCACCACCCGUGCAUCCGCAUCCGCAAAUACCGGCUGGUGUGCUGACGCAAGUCAAGCAGGAAGUGAAACCGAUCAUAAGUGAGUCGGCA-
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>DroGri_CAF1 6011 120 - 1
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.......((((((((((((...(((((((........)).))))).))))))((..(((((....)))))..((((....)))).)).))..))))..(((((((....))).))))... ( -38.30)
>DroSec_CAF1 5222 119 - 1
AGAUAAAUCACCCGGAUGCUAUGAUGCCGCCACCACCCGGCCAUCCGCAUCCGCAAAUACCGGCUGGUGUGCUGACGCAAGUCAAGCAGGAAGUGAAACCGAUCAUAAGUGAGUCGGCA-
.......((((((((((((...(((((((........))).)))).))))))((..(((((....)))))..((((....)))).)).))..))))..(((((((....))).))))..- ( -41.80)
>DroWil_CAF1 8927 119 - 1
AGAUGAACCAUCCGGAUGCCAUGAUGCCGCCACCACCAGUGCAUCCGCAUCCGCAAAUACCAGCCGGUGUGCUGACACAAGUCAAGCAGGAAGUGAAACCGAUUAUAAGUGAGUCGGCA-
..........(((((((((...(((((.((........))))))).))))))((..(((((....)))))..((((....)))).)).))).......((((((.......))))))..- ( -35.40)
>DroMoj_CAF1 6120 120 - 1
AGAUGAAUCACCCGGAUGCUAUGAUGCCGCCACCACCCGUGCAUCCGCAUCCGCAAAUACCGGCUGGUGUGCUGACCCAAGUCAAGCAGGAAGUGAAACCGAUCAUAAGUGAGUCGGACA
.......((((((((((((...(((((((........)).))))).))))))((..(((((....)))))..((((....)))).)).))..))))..(((((((....))).))))... ( -38.30)
>DroAna_CAF1 9764 119 - 1
AGAUGAAUCACCCGGAUGCUAUGAUGCCGCCACCACCCGUGCAUCCGCAUCCACAAAUACCGGCUGGUGUGCUGACGCAAGUCAAGCAGGAGGUGAAACCGAUCAUAAGUGAGUCGGCG-
.......((((((((((((...(((((((........)).))))).))))))....(((((....)))))((((((....))).)))..).)))))..(((((((....))).))))..- ( -43.80)
>consensus
AGAUGAAUCACCCGGAUGCUAUGAUGCCGCCACCACCCGUGCAUCCGCAUCCGCAAAUACCGGCUGGUGUGCUGACGCAAGUCAAGCAGGAAGUGAAACCGAUCAUAAGUGAGUCGGCA_
.......((((((((((((...(((((((........)).))))).))))))....(((((....)))))((((((....))).))).))..))))..(((((((....))).))))... (-36.96 = -37.18 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,797,856 – 11,797,976
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.61
Mean single sequence MFE	-53.72
Consensus MFE	-51.04
Energy contribution	-50.85
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.95
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	4.80
SVM RNA-class probability	0.999951
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11797856 120 + 22407834
UUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUU
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>DroVir_CAF1 5460 120 + 1
UUGGGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAAAGCCUU
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>DroSec_CAF1 5261 120 + 1
UUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGGCCGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUUAUCUUCAUGUGGGGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUU
...(((((((.(((((.(((((((((((....)))))).))))).)))))((((((....(((.((((.((((.......)))).)))))))......))))))))).))))........ ( -58.20)
>DroWil_CAF1 8966 120 + 1
UUGUGUCAGCACACCGGCUGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACUGGUGGUGGCGGCAUCAUGGCAUCCGGAUGGUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCAACGAACGCCUU
((((...(((.((((((...((((((((....)))))))).))))))...((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......)))))))))..))))....... ( -44.60)
>DroMoj_CAF1 6160 120 + 1
UUGGGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAAAGCCUU
....((((((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......))))))))).)))......... ( -54.20)
>DroAna_CAF1 9803 120 + 1
UUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGUGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUU
...(((((((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......))))))))).))))........ ( -54.90)
>consensus
UUGCGUCAGCACACCAGCCGGUAUUUGCGGAUGCGGAUGCACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUU
....((((((.(((((.(((((((((((....)))))))).))).)))))((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......))))))))).)))......... (-51.04 = -50.85 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	11,797,896 – 11,798,016
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.39
Mean single sequence MFE	-45.87
Consensus MFE	-45.64
Energy contribution	-45.03
Covariance contribution	-0.61
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-0.73
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.732374
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11797896 120 + 22407834
ACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUUGCUGCACAGUGUGCACGCGUGUGGUUUCUCACCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......)))))).......(((.(((.((((((((...))))).)))...)))))))))))))..... ( -46.90)
>DroPse_CAF1 9524 120 + 1
ACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAAAGCCUUGCUGCACAGAGUGCACGCGUGUGGUUUCUCGCCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......)))))).......((((.((.((((((((...))))).)))...)))))))))))))..... ( -46.50)
>DroSec_CAF1 5301 120 + 1
CCGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUUAUCUUCAUGUGGGGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUUGCUGCACUGUGUGCACGCGUGUGGUUUCUCACCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((.((((.((((.......)))).)))))))......)))))).......(((.(((.((((((((...))))).)))...)))))))))))))..... ( -48.70)
>DroWil_CAF1 9006 120 + 1
ACUGGUGGUGGCGGCAUCAUGGCAUCCGGAUGGUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCAACGAACGCCUUGCUGCACAGUGUGCACGCAUGCGGUUUCUCGCCCGAAUGG
.(.(((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......))))))..........(((..((((((((...))))).))).))).....))))).)..... ( -40.00)
>DroAna_CAF1 9843 120 + 1
ACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUUGCUGCACAGAGUGCACGCGUGCGGUUUCUCGCCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......))))))..........(((..((((((((...))))).))).))).....)))))))..... ( -46.60)
>DroPer_CAF1 9624 120 + 1
ACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAAAGCCUUGCUGCACAGAGUGCACGCGUGUGGUUUCUCGCCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......)))))).......((((.((.((((((((...))))).)))...)))))))))))))..... ( -46.50)
>consensus
ACGGGUGGUGGCGGCAUCAUAGCAUCCGGGUGAUUCAUCUUCAUGUGGCGCUUCAAAUUGCCGCGCUCGACGAACGCCUUGCUGCACAGAGUGCACGCGUGUGGUUUCUCGCCCGAAUGG
.(((((((..((((((....(((..(((.((((.......)))).))).)))......)))))).......(((.(((.((((((((...))))).)))...)))))))))))))..... (-45.64 = -45.03 +  -0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

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