Locus 4068

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	11,750,117 – 11,750,240
Length	123
Max. P	0.958097

overview

Window 8

Location	11,750,117 – 11,750,217
Length	100
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.31
Mean single sequence MFE	-33.64
Consensus MFE	-31.22
Energy contribution	-31.66
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.754982
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11750117 100 - 22407834
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCAUGUCCUUCGUUCUUCGU--------------CCUUC
...(((.(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))(((((.....))))).......)))......--------------..... ( -34.20)
>DroSec_CAF1 8460 79 - 1
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUUCUGCCCAU-----------------------------------
.......(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))(((((.....)))))----------------------------------- ( -33.90)
>DroSim_CAF1 7317 92 - 1
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUGCCCAUGUCCUUCGUCCAU----------------------
.......(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))(((((.....))))).............---------------------- ( -34.60)
>DroEre_CAF1 15595 93 - 1
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGAUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGCGGGUCCUUGCCAUGUCCUUCGU---------------------CCUUC
....(((.(((.(((..(((((....)))))..))).))))))(((((..((((((((..(((.....)))..))))))))..)).))---------------------).... ( -29.40)
>DroYak_CAF1 8833 114 - 1
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCACGUCCUUCGUCCUUCGUCCUUCGUCCUUCGUCCUUC
.......(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))(((((.....)))))......((.....((.....)).....))...... ( -36.10)
>consensus
CCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCAUGUCCUUCGU_C_U_________________CCUUC
.......(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))(((((.....)))))................................... (-31.22 = -31.66 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	11,750,138 – 11,750,240
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.06
Mean single sequence MFE	-38.04
Consensus MFE	-36.90
Energy contribution	-36.98
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.49
SVM RNA-class probability	0.958097
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11750138 102 + 22407834
AUGGGAAGGACCCACCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAGCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGCUGGGGGUAAAU
..(((.....)))(((.((((.((.(((((((((............))))))((((((((((((......).)))).)))))))..)))))))))))).... ( -38.90)
>DroSec_CAF1 8460 102 + 1
AUGGGCAGAACCCACCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAGCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGCUGGGGGUAAAU
..(((.....)))(((.((((.((.(((((((((............))))))((((((((((((......).)))).)))))))..)))))))))))).... ( -38.90)
>DroSim_CAF1 7330 102 + 1
AUGGGCAGGACCCACCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAGCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGCUGGGGGUAAAU
..(((.....)))(((.((((.((.(((((((((............))))))((((((((((((......).)))).)))))))..)))))))))))).... ( -38.90)
>DroEre_CAF1 15609 102 + 1
AUGGCAAGGACCCGCCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAUCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGCUGGGGGUAAAU
..(((........)))(((((((((...((((((............)))))))))))((((((.((((....)))).(((....))).)))))))))).... ( -34.50)
>DroYak_CAF1 8868 102 + 1
GUGGGAAGGACCCACCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAGCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGUUGGGGGUAAAU
(((((.....))))).((((....((((((((((............))))))((((((((((((......).)))).)))))))..))))....)))).... ( -39.00)
>consensus
AUGGGAAGGACCCACCGCCUAUGCCACGCGGCUGUCACAGCUAAUUUAGCCGGGCAGCCAGCAGAACAAACGUGUUAGGUUGCCACCGUGCUGGGGGUAAAU
..(((.....)))(((.((((.((.(((((((((............))))))((((((((((((......).)))).)))))))..)))))))))))).... (-36.90 = -36.98 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	11,750,138 – 11,750,240
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.06
Mean single sequence MFE	-38.12
Consensus MFE	-35.40
Energy contribution	-35.60
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.31
SVM RNA-class probability	0.940093
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11750138 102 - 22407834
AUUUACCCCCAGCACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCAU
...............((..(..(((((...(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).))))))).)))))..)..)).. ( -37.10)
>DroSec_CAF1 8460 102 - 1
AUUUACCCCCAGCACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUUCUGCCCAU
...............((..(.((((((...(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).))))))).)))))))..))... ( -41.20)
>DroSim_CAF1 7330 102 - 1
AUUUACCCCCAGCACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUGCCCAU
....(((........)))(((((((((...(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).))))))).)))))..))))... ( -39.90)
>DroEre_CAF1 15609 102 - 1
AUUUACCCCCAGCACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGAUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGCGGGUCCUUGCCAU
................((((((((((..((((((.(((..(((((....)))))..))).))).)))...(((((.((...)).)))))))))...)))))) ( -35.30)
>DroYak_CAF1 8868 102 - 1
AUUUACCCCCAACACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCAC
...............((..(..(((((...(((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).))))))).)))))..)..)).. ( -37.10)
>consensus
AUUUACCCCCAGCACGGUGGCAACCUAACACGUUUGUUCUGCUGGCUGCCCGGCUAAAUUAGCUGUGACAGCCGCGUGGCAUAGGCGGUGGGUCCUUCCCAU
....((((((.....(((....)))......((((((.(..((((((((.((((((...)))))).).)))))).)..).)))))))).))))......... (-35.40 = -35.60 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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