Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,749,929 – 11,750,049 |
Length | 120 |
Max. P | 0.996127 |
Location | 11,749,929 – 11,750,049 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.22 |
Mean single sequence MFE | -31.15 |
Consensus MFE | -28.80 |
Energy contribution | -28.97 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.01 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.66 |
SVM RNA-class probability | 0.996127 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11749929 120 + 22407834 CCUUUGUUGUUAUUGCCAUUGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....(((((((((((((..(......)..))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....))))......))))))))).. ( -30.10) >DroSec_CAF1 8269 120 + 1 CCUUUGUUGUUAUUGCCAGGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....((((((((((((((((......)))))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....))))......))))))))).. ( -33.40) >DroSim_CAF1 7126 120 + 1 CCUUUGUUGUUAUUGCCAGGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....((((((((((((((((......)))))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....))))......))))))))).. ( -33.40) >DroEre_CAF1 15408 120 + 1 CCUUUGUUGUUAUCGCCAGCGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU ........(((((((((((.(......).)))))..((((.(((((((...((((((.((((.(((.......))).))))))))))))))))).....)))).........)))))).. ( -29.30) >DroYak_CAF1 8638 120 + 1 CCUUUGUUGUUAUUGCCAGUGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGUGCCAUGUUCAACAGGCCAUAGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....(((((((((...(((((.....((.(((((..((.(((((......))))))).((.....))))))).))(((((.........)))))......)))))...))))))))).. ( -31.10) >DroAna_CAF1 10158 120 + 1 CCUUUGUUGUUAUUACUGCGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....(((((((((.......((((..(..(((((..(((((((......)))).))).((.....)))))))..).....))))......((((((......))))))))))))))).. ( -29.60) >consensus CCUUUGUUGUUAUUGCCAGGGACGCUCCUUUGGCCAGGGUCACAUUUAAUUGUGCGCCAUGUUCAACAGGCCAUUGUACAUGCGUAUUAAAUGUAAUUAACUCAUUAUAAAUGAUAACGU .....(((((((((.......((((..(..(((((..(((((((......)))).))).((.....)))))))..).....))))......((((((......))))))))))))))).. (-28.80 = -28.97 + 0.17)
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