Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,749,770 – 11,749,880 |
Length | 110 |
Max. P | 0.882651 |
Location | 11,749,770 – 11,749,880 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.06 |
Mean single sequence MFE | -34.68 |
Consensus MFE | -27.70 |
Energy contribution | -28.12 |
Covariance contribution | 0.42 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.93 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.92 |
SVM RNA-class probability | 0.882651 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11749770 110 - 22407834 ---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUUAGCGUAAUUACAACUGCCUAGUAUUCUCGCCUAGUGCGG-AUAU ---------.((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))(((((...)))))..........((((((((.........)))).))))-.... ( -34.90) >DroSec_CAF1 8110 110 - 1 ---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUUAGCGUAAUUACAACUGCCUAAUAUUCUUGCCUAGUGCGG-AUAU ---------.((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))((.((.((((((.(((........))))))))).))..)).........-.... ( -32.30) >DroSim_CAF1 6959 110 - 1 ---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUUAGCGUAAUUACAACUGCCUAGUAUUCUCGCCUAGUGCGG-AUAU ---------.((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))(((((...)))))..........((((((((.........)))).))))-.... ( -34.90) >DroEre_CAF1 15234 105 - 1 ---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCACUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUAAGCGUAAUUACAACUGCCUAGCAUGCUCGCAUAGUGCG------ ---------((((..(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).)))))).....(((((.(.((((((......))))))).))..)))..))))((.....)).------ ( -34.80) >DroYak_CAF1 8449 110 - 1 ---------GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUAAGCGUAAUUACAACUGCCUAGGAUUCUCGCAUAGUGCGC-ACAU ---------.((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))((...((((((......))))))..(((((...........))).))))-.... ( -31.40) >DroAna_CAF1 9994 120 - 1 AAGGCCAUAGAGCUUUACGCUUUAAGCAGUAGUUGCGUUUAAUUGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUCAGCAUAAUUACAUUUGCCUAAGCCAGCCAAAUAGUUCGGCUUAU .((((.....((((.((.(((((((((((((((((....)))))))))).))))))).))..))))((((.....))))............))))((((((((......))).))))).. ( -39.80) >consensus _________GAGCUUAACGCUUUAAGCAGUCAUUGCAUUUAAUGGCUGCUUUGAGGUUUAUUAGCUGCUGAUUGUUAGCGUAAUUACAACUGCCUAGUAUUCUCGCAUAGUGCGG_AUAU ..........((((.(((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))....))))((((.....))))..........(((((((...........))).))))..... (-27.70 = -28.12 + 0.42)
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