Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,697,330 – 11,697,448 |
Length | 118 |
Max. P | 0.963077 |
Location | 11,697,330 – 11,697,448 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.31 |
Mean single sequence MFE | -30.23 |
Consensus MFE | -26.77 |
Energy contribution | -26.50 |
Covariance contribution | -0.27 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -1.95 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.55 |
SVM RNA-class probability | 0.963077 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11697330 118 - 22407834 GGAAUGCG--UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGAUGGAAGUUUUACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((.--.((((((((((....(((((((..(((((((..(......)..))))))))))))))....))))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -28.90) >DroSec_CAF1 158832 118 - 1 GGAAUGCG--UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUAUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((.--.((((((((((....(((((((..(((((((..(......)..))))))))))))))....))))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -30.20) >DroSim_CAF1 156405 118 - 1 GGAAUGCG--UACAGUCGCUCCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((.--.((((((((((.(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))..))))............(((((........)))))...))))))...)))))))..... ( -29.90) >DroEre_CAF1 181833 118 - 1 GGAAUGCG--UACAGUCGCUACUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACACAAGCAGUGGUGGCGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((.--.(((((((((..(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))...))).....(((.(((((.(((....)))))))))))))))))...)))))))..... ( -34.10) >DroYak_CAF1 155566 118 - 1 GGAAUGCG--UACAGUCGCUCCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCAGUGGUGGUUGAAGUUUGACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((.--....((.((((.(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))..)))).)).((((((((.(.(((..(...)..)))..).)))))))))))))))..... ( -29.00) >DroAna_CAF1 163054 119 - 1 AGAAUGCGUGUACAUUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAGCAGCU-UGGUAGCUGAAAUUUGGCUCUUGAUUGUUUAGCAUUUUGUUUG (((((((....(((.((.....(((((..(((((((((....)))))..))))..)))))((((((.....(((((-....))))).......)))))))).)))...)))))))..... ( -29.30) >consensus GGAAUGCG__UACAGUCGCUUCUAAUGUUUUUAAUAGCAAAAGUUAUAAUGAAUUUGUUAAAGAGCAACAUAAGCUGUGGUGGUGGAAGUUUCACUCUUGAUUGUUUAGCGUUCUGUUUG (((((((....(((((((((.....(((((((..(((((((..(......)..)))))))))))))).....)))...(((((........)))))...))))))...)))))))..... (-26.77 = -26.50 + -0.27)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:07:40 2006