Locus 3911

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	11,421,810 – 11,421,928
Length	118
Max. P	0.839432

overview

Window 7

Location	11,421,810 – 11,421,928
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.29
Mean single sequence MFE	-37.72
Consensus MFE	-24.97
Energy contribution	-25.75
Covariance contribution	0.78
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.74
SVM RNA-class probability	0.839432
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11421810 118 + 22407834
UAUCGA-CCUGCCAUCGUCCGAAUUUUGGGCUUAGCUGCACGAAAUAUGAGCAAAAGUAUCUAUGAGAUACG-AUGCCGGAGAUAGCUCUGAUUUCUGCUCCUUGGCUUAUUUCGAUAAU
((((((-...((((..((((((...))))))..((..(((.(((((....(((...(((((.....))))).-.)))(((((....)))))))))))))..)))))).....)))))).. ( -35.90)
>DroPse_CAF1 169302 118 + 1
UAUCGAGCCAGCCAUUGUGCCAGGCCCCAGCUUAGCCGCACAAAAUAUGAGCGAAAGUAUCUAUGAGAUACGGAUGGGGGAGUGGG--AGUGGGGGAGAUCCCUGGCUUAUGUCGAUAAU
((((((((((.(((((...(((..((((.(((((.............)))))....(((((.....))))).....))))..))).--)))))(((....))))))).....)))))).. ( -41.22)
>DroSec_CAF1 139411 118 + 1
UAUCGA-CCUGCCAUCGUCCGAAUUUCGGACUUAGCUGCACGAAAUAUGAGUAAAAGUAUCUAUGAGAUACG-AUGCCGGAGAUAGCUCUGAUUUCUGCUCCGUGGCUUAUUUCGAUAAU
((((((-...(((((.(((((.....)))))...(..(((.(((((....(((...(((((.....))))).-.)))(((((....)))))))))))))..)))))).....)))))).. ( -37.90)
>DroEre_CAF1 147021 118 + 1
UAUCGG-CCUGCCAUCGUUUGGAAUUCGGGCUUAGCUACACGAAAUAUGAGCGAAAGUAUCUAUGAGAUACG-AUGCCAGAGAUAGCUCUGAUUUCUGCUCCUUGGCUUAUGUCGAUAAU
((((((-(..((((((((.(((.............))).)))).....(((((((((((((.....))))).-....(((((....))))).)))).))))..))))....))))))).. ( -35.52)
>DroYak_CAF1 144119 118 + 1
UAUCGA-CCUGCCAUCGUCCGAAAUUCGGGCUUAGCUACACGAAAUAUGAGCGAAAGUAUCUAUGAGAUACG-AUGCCAGAGAUAGCUCUGAUUUCUGCUCCUUGGCUUACUUCGAUUAU
.(((((-...((((..(((((.....))))).................(((((((((((((.....))))).-....(((((....))))).)))).))))..)))).....)))))... ( -35.30)
>DroAna_CAF1 124817 117 + 1
UAUCGA-CCUGCCGCUGUCUGAGGGCC-GGCUUAGCUGCACGAAAUAUGAGCGAAAGUAUCUAUGAGAUACG-AUACCCGAGAUAGGCCGUUCUCGGGCUGCCUGGCUUAUAUUGAUAAU
((((((-...(((((.((((((((((.-(((((((((.((.......)))))....(((((.....))))).-..........)))))))))))))))).))..))).....)))))).. ( -40.50)
>consensus
UAUCGA_CCUGCCAUCGUCCGAAAUUCGGGCUUAGCUGCACGAAAUAUGAGCGAAAGUAUCUAUGAGAUACG_AUGCCGGAGAUAGCUCUGAUUUCUGCUCCUUGGCUUAUUUCGAUAAU
((((((....((((..(((((.....))))).................((((....(((((.....)))))......(((((....)))))......))))..)))).....)))))).. (-24.97 = -25.75 +   0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	11,421,810 – 11,421,928
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.29
Mean single sequence MFE	-34.52
Consensus MFE	-18.09
Energy contribution	-19.21
Covariance contribution	1.11
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.520042
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11421810 118 - 22407834
AUUAUCGAAAUAAGCCAAGGAGCAGAAAUCAGAGCUAUCUCCGGCAU-CGUAUCUCAUAGAUACUUUUGCUCAUAUUUCGUGCAGCUAAGCCCAAAAUUCGGACGAUGGCAGG-UCGAUA
..((((((.....((((..((((((((....(((((......))).)-)(((((.....))))))))))))).....((((((......))((.......))))))))))...-)))))) ( -33.00)
>DroPse_CAF1 169302 118 - 1
AUUAUCGACAUAAGCCAGGGAUCUCCCCCACU--CCCACUCCCCCAUCCGUAUCUCAUAGAUACUUUCGCUCAUAUUUUGUGCGGCUAAGCUGGGGCCUGGCACAAUGGCUGGCUCGAUA
..(((((((...((((((((......)))...--.(((...(((((...(((((.....)))))..((((.((.....)).))))......)))))..))).....))))).).)))))) ( -38.70)
>DroSec_CAF1 139411 118 - 1
AUUAUCGAAAUAAGCCACGGAGCAGAAAUCAGAGCUAUCUCCGGCAU-CGUAUCUCAUAGAUACUUUUACUCAUAUUUCGUGCAGCUAAGUCCGAAAUUCGGACGAUGGCAGG-UCGAUA
..((((((.....(((((...((((((((..(((((......)))..-.(((((.....)))))......))..))))).)))......(((((.....)))))).))))...-)))))) ( -33.50)
>DroEre_CAF1 147021 118 - 1
AUUAUCGACAUAAGCCAAGGAGCAGAAAUCAGAGCUAUCUCUGGCAU-CGUAUCUCAUAGAUACUUUCGCUCAUAUUUCGUGUAGCUAAGCCCGAAUUCCAAACGAUGGCAGG-CCGAUA
..(((((.(....((((..((((.((..((((((....))))))..)-)(((((.....)))))....))))....((((.((......)).))))..........))))..)-.))))) ( -31.00)
>DroYak_CAF1 144119 118 - 1
AUAAUCGAAGUAAGCCAAGGAGCAGAAAUCAGAGCUAUCUCUGGCAU-CGUAUCUCAUAGAUACUUUCGCUCAUAUUUCGUGUAGCUAAGCCCGAAUUUCGGACGAUGGCAGG-UCGAUA
...(((((.....((((..((((.((..((((((....))))))..)-)(((((.....)))))....)))).....((((...((...))(((.....)))))))))))...-))))). ( -34.80)
>DroAna_CAF1 124817 117 - 1
AUUAUCAAUAUAAGCCAGGCAGCCCGAGAACGGCCUAUCUCGGGUAU-CGUAUCUCAUAGAUACUUUCGCUCAUAUUUCGUGCAGCUAAGCC-GGCCCUCAGACAGCGGCAGG-UCGAUA
..((((.......(((.(((.((((((((........))))))))..-.(((((.....)))))....((((((.....))).)))...)))-))).....(((........)-)))))) ( -36.10)
>consensus
AUUAUCGAAAUAAGCCAAGGAGCAGAAAUCAGAGCUAUCUCCGGCAU_CGUAUCUCAUAGAUACUUUCGCUCAUAUUUCGUGCAGCUAAGCCCGAAAUUCGGACGAUGGCAGG_UCGAUA
..((((((.....((((.((((................))))(((....(((((.....)))))....((((((.....))).)))...)))..............))))....)))))) (-18.09 = -19.21 +   1.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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