Locus 3891

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	11,386,742 – 11,386,873
Length	131
Max. P	0.798861

overview

Window 1

Location	11,386,742 – 11,386,834
Length	92
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.76
Mean single sequence MFE	-26.30
Consensus MFE	-21.10
Energy contribution	-21.13
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.753413
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11386742 92 - 22407834
AAGUUGAUCCGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG------------------CGAUCUUGUCGUA----------
..((((...(((.((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..))))))))..))))(------------------((((...))))).---------- ( -24.50)
>DroSec_CAF1 103733 92 - 1
AAGUUGAUACGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG------------------CGAUCUUGUCGUA----------
..((((.(((((.((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..))))))))))))))(------------------((((...))))).---------- ( -27.60)
>DroSim_CAF1 110677 92 - 1
AAGUUGAUCCGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG------------------CGAUCUUGUCGUA----------
..((((...(((.((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..))))))))..))))(------------------((((...))))).---------- ( -24.50)
>DroEre_CAF1 107251 92 - 1
AAGUUGAUCUGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG------------------CGAUCUUGUCGUA----------
..(((......)))((((((((..........((((((((((((......))))))))))))..(((((........))------------------))).)))))))).---------- ( -23.50)
>DroYak_CAF1 107095 92 - 1
AAGUUGAUCGGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG------------------CGAUCUUGUCGUA----------
..(((......)))((((((((..........((((((((((((......))))))))))))..(((((........))------------------))).)))))))).---------- ( -23.50)
>DroPer_CAF1 127241 120 - 1
AAGUUGAUCUGGGCACGAUAAGGCCAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACGACAACGACGACGAGGAGGAGAUCUUGUCGAGAUCCGAGGCG
..((((((((.(((((((...((((((((..........))))))))..((((.....))))..)))))))...............((((((((......)))))))))))))...))). ( -34.20)
>consensus
AAGUUGAUCCGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG__________________CGAUCUUGUCGUA__________
..(((......)))((((((((..........((((((((((((......))))))))))))..((((.....))))........................))))))))........... (-21.10 = -21.13 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,386,755 – 11,386,873
Length	118
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.74
Mean single sequence MFE	-30.08
Consensus MFE	-24.16
Energy contribution	-25.35
Covariance contribution	1.19
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.64
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.798861
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11386755 118 - 22407834
GCAUAAUAAUAAUUCGAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCCGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG-
..................(((((((......((((.(......).))))((.((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..)))))))))))))).- ( -31.80)
>DroPse_CAF1 128186 119 - 1
GCAUAAUAAAAAUUUGAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCUGGGCACGAUAAGGCCAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACGA
..................(((((((....(..(((.(......).)))..)((((((...((((((((..........))))))))..((((.....))))..)))))).))))))).. ( -34.10)
>DroEre_CAF1 107264 118 - 1
ACAUAAUAGGAAUUUGAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCUGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG-
..................(((((((....(..(((.(......).)))..).((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..)))))..))))))).- ( -29.60)
>DroYak_CAF1 107108 118 - 1
ACAUAAUAAAAAUUUAAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCGGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG-
..................(((((((..((((((.(..........((((.....)))).).))))))....((((((((((((......)))))))))))).........))))))).- ( -30.40)
>DroMoj_CAF1 139369 109 - 1
GCAUAAUAAAAGUUUGAAGUUGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCCGAGCACGAUAAGCCCAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUCUUCGUUC----------
...............(((((((.(((....(((((.(......).)))))))).)))..............((((((((((((......))))))))))))))))....---------- ( -20.50)
>DroPer_CAF1 127281 119 - 1
GCAUAAUAAAAAUUUGAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCUGGGCACGAUAAGGCCAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACGA
..................(((((((....(..(((.(......).)))..)((((((...((((((((..........))))))))..((((.....))))..)))))).))))))).. ( -34.10)
>consensus
GCAUAAUAAAAAUUUGAAGUCGCGCUAAAUUGGGUGAUAAAGUUGAUCUGGACACGAUAAGCCAAUUAUAAAUGCAUUUAAUGGCUAAAUAUUAAAUGUAUAUUCGUGCUGUGCGACG_
..................(((((((....((((((.(......).)))))).((((((((.....)))...((((((((((((......))))))))))))..)))))..))))))).. (-24.16 = -25.35 +   1.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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