Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,291,728 – 11,291,848 |
Length | 120 |
Max. P | 0.646887 |
Location | 11,291,728 – 11,291,848 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.00 |
Mean single sequence MFE | -49.52 |
Consensus MFE | -40.61 |
Energy contribution | -42.67 |
Covariance contribution | 2.06 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.00 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.646887 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11291728 120 + 22407834 GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUACGCU (((((((((((((.((...)).))))))).))))))((((......)))).......((((....((((((((((((....)))))))))((((..((....))..))))..))).)))) ( -52.10) >DroSec_CAF1 11199 120 + 1 ACAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU .((((((((((((.((...)).))))))).))))).((((......)))).......((((...(((((((((((((....)))))))))((((..((....))..))))..)))))))) ( -49.00) >DroSim_CAF1 11140 120 + 1 GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU (((((((((((((.((...)).))))))).))))))((((......)))).......((((...(((((((((((((....)))))))))((((..((....))..))))..)))))))) ( -53.20) >DroEre_CAF1 13581 120 + 1 GCAGUGUCAGGUGAAGAUACAGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGGCCGGCGACCAGGGCCUCAGAUUUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU (((((((((((((.........))))))).))))))((((......)))).......((((((((((.((...(((..((((((...))))))..)))))))))))..((....)))))) ( -45.90) >DroYak_CAF1 11068 120 + 1 GCAGUGUCAGGUGAAGAUACAGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGGCCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCCGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU (((((((((((((.........))))))).))))))((((......))))...........((((((((((((((((....))))))))).(((..((....))..)))...)))).))) ( -52.10) >DroAna_CAF1 10006 110 + 1 GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGUCCC--------GGUCCCGCGACCGGAUCUGGGUGCCUUUGG--AGCCACCAUUGCACC (((((((((((((.((...)).))))))).))))))((((((((((((.(....((....))...--------.).))))))).))).))..(((((...(((--.....)))..))))) ( -44.80) >consensus GCAGUGUCAGGUGAAGAUACUGUAUCUGAUCGCUGCGACCGUUGCGGGUCAUAAACAAGCGGACCGGCGACCAGGUCCUCGGAUCUGGUCUGGUUCCCUCCUGGCCACCAUUGCUGCGCU (((((((((((((.........))))))).))))))((((......))))........(((...(((((((((((((....))))))))).(((..((....))..)))...))))))). (-40.61 = -42.67 + 2.06)
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