Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,284,870 – 11,285,027 |
Length | 157 |
Max. P | 0.779734 |
Location | 11,284,870 – 11,284,987 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.55 |
Mean single sequence MFE | -35.95 |
Consensus MFE | -25.50 |
Energy contribution | -25.34 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.55 |
SVM RNA-class probability | 0.779734 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11284870 117 - 22407834 CCCUGACCAUUGCCGGGAUCAUUGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCACGCCGGUGAACAUAACAGGUAAGCCUUAAGCUGUAGUC .((((....(..(((((.....((((((...((((((((((((((.........)))))))))...)))))..))))))).))))..)......))))..(((.....)))...... ( -39.80) >DroVir_CAF1 6585 112 - 1 CCCUCACCAUAGCGGGCAUAAUAGCGCUUAAGAAGCUCUUUUCACAUGAUCACAGCGAAGAGACCAGCUUCCAAGUGCAUGCCGGCGAGCACAACAGGUAAAUCUGA-----UUCCC ...........((.(((((....((((((..((((((((((((.(.((....))).)))))))...))))).))))))))))).))........((((....)))).-----..... ( -32.80) >DroGri_CAF1 4816 112 - 1 CGUUAACCAUUGCCGGGAUAAUAGCGCUGAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAAGAGUCCAGCUUUCAGGUGCAUGCCGGCGACCACAACAGGUAAUUAUCU-----CUGUC .........(((((((.((....(((((...((((((((..((((.........))))..))...))))))..))))))).))))))).....(((((........)-----)))). ( -34.40) >DroYak_CAF1 4158 108 - 1 CAUUGACCAUUGCCGGGAUCAUUGCGCUCAAGAAACUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCAUGCCGGUGAACAUAACAGGUAAGUCUUCA--------- ....(((..(..((((.(....((((((.(((....(((((((((.........)))))))))....)))...))))))).))))..)((.......))..)))....--------- ( -31.50) >DroMoj_CAF1 8751 112 - 1 CCCUGACCAUUGCGGGCAUAAUAGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGAUCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCACGCCGGCGAGCACAACAGGUAACUCUGA-----CCCUC .((((....((((.(((......(((((...((((((((((((((.........)))))))))...)))))..)))))..))).))))......)))).........-----..... ( -39.40) >DroAna_CAF1 4097 105 - 1 CCCUGACCAUAGCAGGGAUCAUUGCACUAAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGUUUUCAGGUGCACGCCGGUGAUCACAACAGGUGAGUG---A--------- (((((.......))))).((((((((((...((((((((((((((.........)))))))))...)))))..))))).((((.((.......)).))))))))---)--------- ( -37.80) >consensus CCCUGACCAUUGCCGGGAUAAUAGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCACGCCGGCGAACACAACAGGUAAGUCUGA________UC ......((......)).......(((((...((((((((((((((.........))))))))...))))))..))))).((((.............))))................. (-25.50 = -25.34 + -0.16)
Location | 11,284,907 – 11,285,027 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.67 |
Mean single sequence MFE | -45.73 |
Consensus MFE | -31.69 |
Energy contribution | -31.50 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.53 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.38 |
SVM RNA-class probability | 0.714337 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11284907 120 - 22407834 GCCGCGAUCGCCGGCAAGGCUCUGGUCAUCAGCAAGGUGGCCCUGACCAUUGCCGGGAUCAUUGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCAC .....((((.(((((((((.((.(((((((.....)))))))..)))).)))))))))))..((((((...((((((((((((((.........)))))))))...)))))..)))))). ( -58.60) >DroVir_CAF1 6617 120 - 1 GCCGCUAUUGCCGGCAAGGCGCUGGUAAUCAGUAAAGUGGCCCUCACCAUAGCGGGCAUAAUAGCGCUUAAGAAGCUCUUUUCACAUGAUCACAGCGAAGAGACCAGCUUCCAAGUGCAU .((((((((((((((.....))))))))).......((((......)))))))))........((((((..((((((((((((.(.((....))).)))))))...))))).)))))).. ( -43.10) >DroGri_CAF1 4848 120 - 1 GCAGCUAUAGCUGGCAAGGCACUGGUCAUCAGCAAAGUGGCGUUAACCAUUGCCGGGAUAAUAGCGCUGAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAAGAGUCCAGCUUUCAGGUGCAU (((.((..(((((((...((..((((((((.(((..((((......)))))))...)))....(((..((((.....)))).)))..)))))..)).....).))))))...)).))).. ( -39.80) >DroWil_CAF1 14037 120 - 1 GCAGCAAUUGCUGGUAAAGCAUUGGUAAUCAGCAAGGUUGCUCUAACCAUAGCUGGAAUUAUAGCUCUGAAGAAACUCUUUUCGCAUGAUCACAGCGAAGAGACAAGCUUUCAGGUCCAU (((((..((((((((...((....)).)))))))).))))).........(((((......)))))((((((....(((((((((.((....)))))))))))....).)))))...... ( -35.60) >DroMoj_CAF1 8783 120 - 1 GCCGCUAUUGCCGGCAAGGCGCUUGUGAUUAGCAAGGUCGCCCUGACCAUUGCGGGCAUAAUAGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGAUCACAGCGAGGAGACCAGCUUCCAGGUGCAC (((((....).))))...(((((((......((((((((.....)))).))))((((........))))..((((((((((((((.........)))))))))...)))))))))))).. ( -50.20) >DroAna_CAF1 4122 120 - 1 GCGGCGAUUGCCGGCAAGGCGCUGGUCAUCAGCAAGGUGGCCCUGACCAUAGCAGGGAUCAUUGCACUAAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAGGAGACCAGUUUUCAGGUGCAC ...(((((.((((((.....)))))).))).))..((((((((((.......))))).)))))(((((...((((((((((((((.........)))))))))...)))))..))))).. ( -47.10) >consensus GCCGCUAUUGCCGGCAAGGCGCUGGUCAUCAGCAAGGUGGCCCUGACCAUAGCCGGGAUAAUAGCGCUCAAGAAGCUCUUCUCGCACGACCACAGCGAAGAGACCAGCUUCCAGGUGCAC ...((....(((.....)))...(((((((.....))))))).........))..........(((((...((((((((((((((.........))))))))...))))))..))))).. (-31.69 = -31.50 + -0.19)
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