Locus 3846

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 11,258,779 – 11,258,881
Length 102
Max. P 0.500000
window6058

overview

Window 8

Location 11,258,779 – 11,258,881
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.59
Mean single sequence MFE -50.58
Consensus MFE -32.03
Energy contribution -30.37
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.63
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 11258779 102 - 22407834
UCCAGCAGGGAUUGCCCAGGCGCGUUGCUGUUUGGCAGCUGAACGCCCAAGUCCUUGGGUU---GACCAAGAGCAGCUGCAGUGGCCGCCACGGCAGCCGCCUCA
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>DroPse_CAF1 157849 102 - 1
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>DroSec_CAF1 90612 102 - 1
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>DroEre_CAF1 92633 102 - 1
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>DroAna_CAF1 84719 105 - 1
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>DroPer_CAF1 115743 102 - 1
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>consensus
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alignment

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