Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,256,321 – 11,256,434 |
Length | 113 |
Max. P | 0.586312 |
Location | 11,256,321 – 11,256,434 |
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Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.36 |
Mean single sequence MFE | -49.48 |
Consensus MFE | -32.03 |
Energy contribution | -31.98 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -1.60 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.586312 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11256321 113 - 22407834 GACAGACGGGACUGUCGCGCGGAUAGUGUCGGUCCAGGUGCUGCCGGAAUACCCGCUGCUCCAGUGGGGUCUCACACAGCGGACAUGGCAGCAUGUAGUUGCUGUUU-----CCGGCU-- ...((((.((((((.(((.......))).))))))..)).))(((((((..(((((((...))))))).......((((((.(((((....)))))...))))))))-----))))).-- ( -49.70) >DroGri_CAF1 118469 112 - 1 GACAGACGGGACUGUCACGUGGAUAAUGCCGAUCCAGAUGCUGACGGAAGACACGCUGCUCCAGCGGCGUCUCGCAAAGCGGACAGGGUAACAUAUAAUUGCUAU------UGUUGCU-- ...........(((((.(((((((.......))))...(((...(....)..(((((((....)))))))...)))..))))))))(((((((............------)))))))-- ( -34.30) >DroWil_CAF1 122298 114 - 1 GACAGACGGGACUGUCGCGGGGAUAAUGACGAUCUAGAUGCUGCCGGAAGACACGUUGCUCCAGUGGUGUUUCACAGAGUGGGCAGGGCAGCAUAUAGUUGCUGCUG-----U-UGCUAG (((((......)))))..((.((((.(..(((.(((.(((((((((.....)...((((.(((.(.(((...)))..).))))))))))))))).))))))..).))-----)-).)).. ( -36.60) >DroMoj_CAF1 109932 118 - 1 GGCAGACGGGACUGUCGCGCGGAUAGUGCCUGUCCAGGUGCUGGCGGAAGACGCGCUGCUCCAGCGGCGUCUCGCACAGCGGGCAGGGCAGCAUGUAGUUGCUGCCAGCGUUGCUGCU-- ((((((((...(((((.(((...(((..(((....)))..)))(((..((((((((((...)))).)))))))))...))))))))(((((((......)))))))..)))..)))))-- ( -60.60) >DroAna_CAF1 82472 113 - 1 GACACACGGGACUGUCGCGCGGGUAGUGGCGGUCCAGGUGCUGCCGGAAAACCCGCUGCUCCAGCGGGGUUUCGCACAGCGGACAUGGCAACAUGUAGUUGCUGCCU-----CCGGCU-- ..(((...((((((((((.......))))))))))..)))..((((((...(((((((...))))))).....(((((((..(((((....))))).)))).))).)-----))))).-- ( -61.00) >DroPer_CAF1 113136 112 - 1 GACACACGGGACUGUCGCGCGGGUAGUGCCGGUCCAGGUGCUGCCUGAAGACGCGCUGCUCCAGCGGCGUCUCGCACAACGGACAGGGCAGCAUAUAGUUGCUGCUG-----C-UGCU-- ......((((((.(((...(((((((..((......))..)))))))..)))..(((((....)))))))))))......((.((((((((((......))))))).-----)-))))-- ( -54.70) >consensus GACAGACGGGACUGUCGCGCGGAUAGUGCCGGUCCAGGUGCUGCCGGAAGACACGCUGCUCCAGCGGCGUCUCGCACAGCGGACAGGGCAGCAUAUAGUUGCUGCUG_____CCUGCU__ ......(((.((((((.....)))))).)))((((....((((...((.(((((((((...)))).)))))))...))))))))..(((((((......))))))).............. (-32.03 = -31.98 + -0.05)
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