Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,117,583 – 11,117,703 |
Length | 120 |
Max. P | 0.633898 |
Location | 11,117,583 – 11,117,703 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.54 |
Mean single sequence MFE | -44.60 |
Consensus MFE | -16.31 |
Energy contribution | -15.28 |
Covariance contribution | -1.02 |
Combinations/Pair | 1.46 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.37 |
SVM decision value | 0.21 |
SVM RNA-class probability | 0.633898 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 11117583 120 + 22407834 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAAUCCCUCUCCGGUAAUGCAGAGAUCAUGUGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..)))...(((((..((......))...))))).......((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -45.60) >DroVir_CAF1 15012 117 + 1 CUGGGGCAGCACCUUGAGCAUGUACUGAUGGUGCGCUUGUUGCAUAUACUGUAAUCCCUCGCCGGUAAUGCACAAAUCAUUGGCGGACAGCAGCAUUGAAAUGUUCUUGCUGC---UCUU ..(((((((((....((((((....(((((.(((....((((((.....))))))...((((((((.((......)).))))))))...))).)))))..)))))).))))))---))). ( -40.80) >DroPse_CAF1 11674 116 + 1 GUGGGGCAGCAGCUGACGCAUAUACUGGGGUUGAUUGUGCUGUAGAUGCAGCAGUCCCUCGCCAGUAAUACACAGAUCGUGCGUGGCAAGCAUGGGAGAUAUGCUCUUGCUGC---GCU- ..((.(((((((((.((((((.((((((.(..(((..((((((....)))))))))...).))))))...........))))))))).((((((.....))))))..))))))---.))- ( -44.60) >DroSec_CAF1 10565 120 + 1 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCUCCGGUAAUGCAGAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAGAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..)))...(((((..((......))...))))).......((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -48.20) >DroSim_CAF1 10800 120 + 1 CUGUGGCAGUAGUUGGCGCAUAUAUUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCUCCGGUAAUACAGAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUUUUGCUACCAGGCUU (((..((((.(((..(((((.....))).))..)))))))..))).(((((.((.....)).))))).............((.(((.(((((((.((.....)).)))))))))).)).. ( -43.80) >DroPer_CAF1 11742 116 + 1 GUGGGGCAGCAGCUGACGCAUAUACUGGGGUUGAUUGUGCUGUAGAUGCAGCAGUCCCUCGCCAGUAAUACACAGAUCGUGCGUGGCAAGCAUGGGAGAUAUGCUCUUGCUGC---GCU- ..((.(((((((((.((((((.((((((.(..(((..((((((....)))))))))...).))))))...........))))))))).((((((.....))))))..))))))---.))- ( -44.60) >consensus CUGGGGCAGCAGCUGGCGCAUAUACUGCGGCUGAUUCUGUUGCAGAUACUGCAGUCCCUCGCCGGUAAUACACAGAUCAUGCGUGGCUAGCAAAUGGGAAAGCUUCUUGCUAC___GCUU ....(((.((.(((.((((((((..((..((((.....(((((((...))))))).......))))....))...)).))))))))).((((((.((.....)).))))))))...))). (-16.31 = -15.28 + -1.02)
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