Locus 3742

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,888,656 – 10,888,776
Length 120
Max. P 0.589485
window5892

overview

Window 2

Location 10,888,656 – 10,888,776
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.44
Mean single sequence MFE -43.62
Consensus MFE -30.47
Energy contribution -30.25
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.589485
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10888656 120 - 22407834
GUCCAGAUCGGCAAAGGGCUUUGGUCGUUUAAUCAAUCCGGGCGUGGUACUCCAUCCGGAACUGCAUCAAAAGAUGGCCGACUUUGAGGCCAUGACCAUCGAGCGAUCUGAUUUGGAUCA
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>DroSec_CAF1 28237 120 - 1
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>DroSim_CAF1 28633 120 - 1
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>DroEre_CAF1 28462 120 - 1
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>DroYak_CAF1 29149 120 - 1
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>DroAna_CAF1 30324 120 - 1
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>consensus
GUCCAGAUCGGCAAAGGGCUUUGGUCGCUUAAUCAAUCCGGGCGUGGUACUCCAUCCGGAACUGAAUCAAAAGAUAGCCGACUUUGAGGCCAUGGCCAUCGAGCGAUCUGAUCUGGAUCA
((((((((((((....(((((((((((.(((.....((((((............)))))).((........)).))).)))))..))))))...)))...((....)).))))))))).. (-30.47 = -30.25 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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