Locus 374

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,164,552 – 1,164,712
Length 160
Max. P 0.849974
window587 window588

overview

Window 7

Location 1,164,552 – 1,164,672
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.61
Mean single sequence MFE -54.38
Consensus MFE -44.28
Energy contribution -44.37
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.828776
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1164552 120 - 22407834
UGCCGGCCGCCGUGAGAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGGUGGCCAGCGACUGGUAGGUGUGCUCAUUUCUUCCCGGCACCGGGCGCAGCAUCGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....(((((((..(((..((((((((....))))))))..))))))))))((((.((((....(((((..........(((....))))))))((((((....))))))..)))))))). ( -57.00)
>DroSec_CAF1 58146 120 - 1
UGCCGGCCGCCAUGAGAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGGUGGCCAGUGACUGGUAGGUGUGCUCAUUUCUUCCCGGCACCGGGCGCAGCAUCGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....((((((((..((..((((((((....))))))))..))))))))))((((.((((....(((((..........(((....))))))))((((((....))))))..)))))))). ( -55.40)
>DroSim_CAF1 58819 120 - 1
UGCCGGCCGCCGUGAGAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGCUGGCCAGCGACUGGUAGGUGUGCUCAUUUCUUCCCGGCACCGGGCGCAGCAUCGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....(((((..(..((..((((((((....))))))))..))..))))))((((.((((....(((((..........(((....))))))))((((((....))))))..)))))))). ( -53.80)
>DroEre_CAF1 51997 120 - 1
UGCCGGCCGCCGUGAAAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGGUGGCCAGCGACUGGUAGGUGUGCUCGUUUCUUCCCGGAACGGGACGCAGCAUUGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....((((((((.......(((((((....))))))).....))))))))((((.((((...((((.((((((((.....)))))))))))).((((((....))))))..)))))))). ( -59.70)
>DroYak_CAF1 53477 120 - 1
UGCCGGCCGCCGUGAGAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGGUGGCCAACGACUGGUAGGUGUGCUCAUUCCUUCCCGGAACGGGACGCAGCAUCGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....(((((((..(((..((((((((....))))))))..))))))))))..((.((((...((((.(((.((((.....)))).))))))).((((((....))))))..))))))... ( -55.20)
>DroAna_CAF1 58269 120 - 1
UUCCGGCGGCUGUGAGAUUGUCCAGCAAGUGCUGGAUUCCCUUGAUGGCCAGCGAUAGGUAGGUGUGAUCAUUUCUUCCUGGAACUGGACGCAGCAUCGACAGCGAUGCAUCCAGGGCUA
((((.(((((((((((...(((((((....)))))))...))).)))))).))...(((.(((.((....)).))).)))))))(((((....((((((....)))))).)))))..... ( -45.20)
>consensus
UGCCGGCCGCCGUGAGAUUGUCCAGCAGAUGCUGGAUGCCCUUGGUGGCCAGCGACUGGUAGGUGUGCUCAUUUCUUCCCGGAACCGGACGCAGCAUCGAUAGCGAUGCAUCCAGCGCUA
....((((((((.......(((((((....))))))).....))))))))((((.((((...((((.(.....((.....))....).)))).((((((....))))))..)))))))). (-44.28 = -44.37 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 1,164,592 – 1,164,712
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.94
Mean single sequence MFE -43.27
Consensus MFE -36.71
Energy contribution -37.10
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849974
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1164592 120 + 22407834
GGGAAGAAAUGAGCACACCUACCAGUCGCUGGCCACCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUCUCACGGCGGCCGGCAAAUUGGAGCACGUUGCUCUGCUCUCCUAUUCGACGACGGC
((((.((...((((((..((.(((((.(((((((.((..(((..((((((....))))))....)))..)).)))))))..)))))))...).)))))...))))))............. ( -46.20)
>DroSec_CAF1 58186 120 + 1
GGGAAGAAAUGAGCACACCUACCAGUCACUGGCCACCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUCUCAUGGCGGCCGGCAAAAUGGAGCACGUUGCUCUGCUCUCCUACUCGACGACUGC
(((.((....((((..............((((((.(((.(((..((((((....))))))....))).))).))))))......(((((.....)))))))))..)).)))......... ( -44.10)
>DroSim_CAF1 58859 120 + 1
GGGAAGAAAUGAGCACACCUACCAGUCGCUGGCCAGCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUCUCACGGCGGCCGGCAAAAUGGAGCACGUUGCUCUGCUCUCCUACUCCACGACGGC
.(((......((((.............(((((((.((..(((..((((((....))))))....)))...))))))))).....(((((.....)))))))))......)))........ ( -45.40)
>DroEre_CAF1 52037 120 + 1
GGGAAGAAACGAGCACACCUACCAGUCGCUGGCCACCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUUUCACGGCGGCCGGCAAAAUGGAGCACGUUGCUCUGCUUUCCUACUCCACAACGGC
((((((....((((((..((.(((...(((((((.((..(((..((((((....))))))....)))..)).)))))))....)))))...).)))))..)))))).............. ( -44.40)
>DroYak_CAF1 53517 120 + 1
GGGAAGGAAUGAGCACACCUACCAGUCGUUGGCCACCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUCUCACGGCGGCCGGCAAAAUGGAGCAUGUUGCUCUGCUUUCCUACUCCACAACGGC
(((((((...(((((((.((.(((...(((((((.((..(((..((((((....))))))....)))..)).)))))))....)))))..)).)))))..)))))))............. ( -48.30)
>DroAna_CAF1 58309 120 + 1
AGGAAGAAAUGAUCACACCUACCUAUCGCUGGCCAUCAAGGGAAUCCAGCACUUGCUGGACAAUCUCACAGCCGCCGGAAAACUGGAGCACCUUGCUCUGCUUUCGUACACAACCACAGC
.(((((......................(((((......((((.((((((....))))))...))))......)))))......(((((.....))))).)))))............... ( -31.20)
>consensus
GGGAAGAAAUGAGCACACCUACCAGUCGCUGGCCACCAAGGGCAUCCAGCAUCUGCUGGACAAUCUCACGGCGGCCGGCAAAAUGGAGCACGUUGCUCUGCUCUCCUACUCCACGACGGC
((((......((((.............(((((((.((..(((..((((((....))))))....)))..)).))))))).....(((((.....)))))))))))))............. (-36.71 = -37.10 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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