Locus 3729

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	10,860,665 – 10,860,799
Length	134
Max. P	0.962864

overview

Window 4

Location	10,860,665 – 10,860,769
Length	104
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.63
Mean single sequence MFE	-48.00
Consensus MFE	-23.03
Energy contribution	-23.37
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-3.35
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939526
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10860665 104 + 22407834
CUUUAUGCCUGGACU---UGCUGGUUUCCCGGGUGCCGCUCUGUACGGUGCUCCAGGUUAUCCUGCAGCGGGUGGAUUCCCACCGGCCCAAAAUUAUCCGGGCAUGC
...((((((((((..---(((.((...((.(((..(((.......)))..).)).))....)).)))((.(((((....))))).)).........)))))))))). ( -47.70)
>DroPse_CAF1 9196 104 + 1
CUUCAUGCCAGGCCU---UGCCGGCUUUCCGGGAGCCGCUCUGUACGGAGCGCCAGGCUAUCCCGGUGCGGGUGGCUUUCCCCCGCACCAAAGCUAUCCAGGAAUGC
......(((.(((..---.)))))).((((((((((((((((....)))))....)))..))))((((((((.((....))))))))))...........))))... ( -47.80)
>DroEre_CAF1 9233 104 + 1
CUUCAUGCCUGGACU---GGCUGGGUUUCCGGGUGCCGCUCUGUACGGUGCUCCAGGUUAUCCUGCAGCGGGUGGUUUUCCACCGACCCAAAACUAUCCGGGCAUGC
...((((((((((..---(..((((((...(((..(((.......)))..)))((((....)))).....(((((....)))))))))))...)..)))))))))). ( -49.10)
>DroWil_CAF1 11084 107 + 1
CUUUAUGCCUGGUUUGCCUGCCAAUUUUCCUGGUGCAGCACUAUACGGUGCGCCAGGAUAUCCCAGCGCUGUGGGUUUCCCACCAGCGCAAAGUUAUCCUGGCAUGC
...((((((.((...((..........((((((((((.(.......).)))))))))).......((((((((((...)))).))))))...))...)).)))))). ( -47.80)
>DroYak_CAF1 9326 104 + 1
CUUCAUGCCUGGACU---AGCUGGCUUUCCGGGGGCCGCUCUGUACGGUGCUCCAGGUUAUCCUGCAGCAGGUGGUUUCCCACAGACCCAAAACUAUCCGGGCAUGC
...((((((((((.(---((.(((.(((..((..((((((........((((.((((....)))).))))))))))..))...))).)))...))))))))))))). ( -45.00)
>DroPer_CAF1 9289 104 + 1
CUUCAUGCCGGGCCU---AGCCGGCUUUCCGGGAGCCGCUCUGUACGGAGCGCCAGGCUAUCCCGGUGCGGGUGGCUUUCCCCCGCACCAAAGCUAUCCAGGAAUGC
...(((.(((((..(---(((((((((.....)))))(((((....)))))....))))).)))((((((((.((....))))))))))...........)).))). ( -50.60)
>consensus
CUUCAUGCCUGGACU___UGCCGGCUUUCCGGGUGCCGCUCUGUACGGUGCGCCAGGUUAUCCCGCAGCGGGUGGUUUCCCACCGACCCAAAACUAUCCGGGCAUGC
...((((((.(((.......((((....))))(..(((.......)))..))))...............(((((((((............))))))))).)))))). (-23.03 = -23.37 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	10,860,665 – 10,860,769
Length	104
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.63
Mean single sequence MFE	-48.05
Consensus MFE	-30.27
Energy contribution	-30.13
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-3.28
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	1.55
SVM RNA-class probability	0.962864
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10860665 104 - 22407834
GCAUGCCCGGAUAAUUUUGGGCCGGUGGGAAUCCACCCGCUGCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCGGCACCCGGGAAACCAGCA---AGUCCAGGCAUAAAG
..(((((.((((......(((..(((((....))))).(((.((((....)))).))).((((.....))))..)))((....))....---.)))).))))).... ( -45.40)
>DroPse_CAF1 9196 104 - 1
GCAUUCCUGGAUAGCUUUGGUGCGGGGGAAAGCCACCCGCACCGGGAUAGCCUGGCGCUCCGUACAGAGCGGCUCCCGGAAAGCCGGCA---AGGCCUGGCAUGAAG
...((((.(((..(((((((((((((((....)).))))))))))...)))..(.(((((......))))).)))).)))).((((((.---..))).)))...... ( -48.20)
>DroEre_CAF1 9233 104 - 1
GCAUGCCCGGAUAGUUUUGGGUCGGUGGAAAACCACCCGCUGCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCGGCACCCGGAAACCCAGCC---AGUCCAGGCAUGAAG
.((((((.((((.(((((((((.(((((....))))).(((.((((....)))).))))))...))))))(((....(....)...)))---.)))).))))))... ( -47.30)
>DroWil_CAF1 11084 107 - 1
GCAUGCCAGGAUAACUUUGCGCUGGUGGGAAACCCACAGCGCUGGGAUAUCCUGGCGCACCGUAUAGUGCUGCACCAGGAAAAUUGGCAGGCAAACCAGGCAUAAAG
((..(((((((((.((..((((((..((....))..))))))..)).)))))))))((((......))))(((.((((.....))))...)))......))...... ( -49.80)
>DroYak_CAF1 9326 104 - 1
GCAUGCCCGGAUAGUUUUGGGUCUGUGGGAAACCACCUGCUGCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCGGCCCCCGGAAAGCCAGCU---AGUCCAGGCAUGAAG
.((((((.((((((((..(((((.((((....)))).((((.((((....)))).))))...........)))))..((....))))))---.)))).))))))... ( -46.90)
>DroPer_CAF1 9289 104 - 1
GCAUUCCUGGAUAGCUUUGGUGCGGGGGAAAGCCACCCGCACCGGGAUAGCCUGGCGCUCCGUACAGAGCGGCUCCCGGAAAGCCGGCU---AGGCCCGGCAUGAAG
.(((.((.((.....(((((((((((((....)).)))))))))))...(((((((((((......))))((((.......)))).)))---)))))))).)))... ( -50.70)
>consensus
GCAUGCCCGGAUAGCUUUGGGCCGGUGGAAAACCACCCGCUCCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCGGCACCCGGAAAGCCAGCA___AGUCCAGGCAUGAAG
.((((((.((...((((((...((((((....))....(((.((((....)))).)))))))..)))))).......((....))..........)).))))))... (-30.27 = -30.13 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	10,860,698 – 10,860,799
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.52
Mean single sequence MFE	-43.63
Consensus MFE	-26.28
Energy contribution	-27.48
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-2.15
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.50
SVM RNA-class probability	0.959665
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10860698 101 - 22407834
GAUUUGGUACGGGGCCAUAUGGCAUCGAGUGCAUGCCCGGAUAAUUUUGGGCCGGUGGGAAUCCACCCGCUGCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCG
......((((((((((....(((((.......)))))((((....))))))))(((((....))))).(((.((((....)))).))).))))))...... ( -43.00)
>DroVir_CAF1 7771 98 - 1
GC---UGUGGCGGUGUAUACGGCAUUGAGUGCAUGCCCGGAUAGGUUUGGCCUGGCGGGAAGCCAGCAGCACUAGGAUAACCAGGUGCGCCGUAGAGCGCA
((---....)).((((.((((((..((...((...((((..((((.....)))).))))..))...))(((((.((....)).)))))))))))..)))). ( -40.60)
>DroPse_CAF1 9229 101 - 1
CGUUGGGUACGGGGGCAUAAGGGAGCGAGUGCAUUCCUGGAUAGCUUUGGUGCGGGGGAAAGCCACCCGCACCGGGAUAGCCUGGCGCUCCGUACAGAGCG
((((..((((((((((...(((((((....)).)))))((.((..(((((((((((((....)).))))))))))).)).))..)).))))))))..)))) ( -49.50)
>DroEre_CAF1 9266 101 - 1
CAUUUGGUACGGGGCCAUAUGGCAUCGAGUGCAUGCCCGGAUAGUUUUGGGUCGGUGGAAAACCACCCGCUGCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCG
......((((((.(((....)))...........(((((((....))))))).(((((....))))).(((.((((....)))).))).))))))...... ( -40.70)
>DroMoj_CAF1 10925 98 - 1
CU---GGUGGUGGUGCAUACGGCAGAGAGUGCAUGCCCGGAUAGCUUUGGCCUGGCGGAAAGCCCGCUGCGCUGGGAUAACCAGGUGCGCCAUACAGUGCA
((---(...(((((((((...((((.(.((...((((.((..........)).))))....)).).)))).((((.....))))))))))))).))).... ( -38.50)
>DroPer_CAF1 9322 101 - 1
CGUUGGGUACGGGGGCAUAAGGGAGCGAGUGCAUUCCUGGAUAGCUUUGGUGCGGGGGAAAGCCACCCGCACCGGGAUAGCCUGGCGCUCCGUACAGAGCG
((((..((((((((((...(((((((....)).)))))((.((..(((((((((((((....)).))))))))))).)).))..)).))))))))..)))) ( -49.50)
>consensus
CAUU_GGUACGGGGGCAUAAGGCAGCGAGUGCAUGCCCGGAUAGCUUUGGCCCGGCGGAAAGCCACCCGCACCAGGAUAACCUGGAGCACCGUACAGAGCG
.........(((((((((.((....)).))))..)))))....((((((...((((((....))....((((((((....))))))))))))..)))))). (-26.28 = -27.48 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:59:38 2006