Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,860,332 – 10,860,425 |
Length | 93 |
Max. P | 0.999086 |
Location | 10,860,332 – 10,860,425 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 93 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.25 |
Mean single sequence MFE | -40.20 |
Consensus MFE | -37.23 |
Energy contribution | -36.73 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 2.64 |
SVM RNA-class probability | 0.996012 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10860332 93 + 22407834 CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCUGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((...((..((......))..))(((((...))))))))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.80) >DroSec_CAF1 8760 93 + 1 CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCGGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((....((((....).)))..((.((....)).)).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -37.80) >DroSim_CAF1 8936 93 + 1 CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((...((..((......))..))(((((...))))))))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.80) >DroEre_CAF1 8900 93 + 1 CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCAGCAGCUGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((....((((....).)))..(((((....))))).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.90) >DroYak_CAF1 8993 93 + 1 CGCUGCGGCUCUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCUGUGGAGAUCGAUGAGGGUAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((...((((((...(.(((......)))))))))).)))))))).(((((.((.((.(((......)))....)).)).))))).. ( -41.20) >DroAna_CAF1 9293 93 + 1 GGCGGCGUUGCUGCAGCAAAAGACUGAAGCAGCAGCAGCUGCUGCCGCCGCCCAGCCUGUGGAAAUAGACGAGACGAAGAUUGAUCGGCUGCU (((((((.((((.((((....).))).))))(((((....))))))))))))((((((((....)))(((((........))).))))))).. ( -39.70) >consensus CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU .((((((((....((((....).)))..(((((....))))).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. (-37.23 = -36.73 + -0.50)
Location | 10,860,332 – 10,860,425 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 93 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.25 |
Mean single sequence MFE | -44.18 |
Consensus MFE | -39.94 |
Energy contribution | -39.78 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -3.03 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 3.36 |
SVM RNA-class probability | 0.999086 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10860332 93 - 22407834 AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG ..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -44.70) >DroSec_CAF1 8760 93 - 1 AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCCGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG ..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((.......)))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -42.90) >DroSim_CAF1 8936 93 - 1 AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG ..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -46.50) >DroEre_CAF1 8900 93 - 1 AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCAGCUGCUGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG ..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).((((((((.(((((((..((((...))))...)))))))...)))))))). ( -46.50) >DroYak_CAF1 8993 93 - 1 AGCAGCCGGUCGAUCUUACCCUCAUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGAGCCGCAGCG ..((((((((((((.........)))))))......))))).((((((((.((((((((((......))))....))))))...)))))))). ( -44.50) >DroAna_CAF1 9293 93 - 1 AGCAGCCGAUCAAUCUUCGUCUCGUCUAUUUCCACAGGCUGGGCGGCGGCAGCAGCUGCUGCUGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGCAACGCCGCC ..((((((((........)))..((........)).)))))((((((((((((....)))))((((.((((.....)))).)))).))))))) ( -40.00) >consensus AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG ..((((((((((((.........)))))))......))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). (-39.94 = -39.78 + -0.16)
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