Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,840,358 – 10,840,478 |
Length | 120 |
Max. P | 0.651809 |
Location | 10,840,358 – 10,840,478 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.44 |
Mean single sequence MFE | -50.13 |
Consensus MFE | -41.44 |
Energy contribution | -42.47 |
Covariance contribution | 1.03 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.92 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.651809 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10840358 120 - 22407834 UGGCGGUGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGUGCGGCACGAUUCUCACAGCAGGGCUCCAGCUCGGCCAAAAAAUCGGUCGUCGCCAUUGCAAGCUCACCGUUUGGUCU .(((((((.(((((.((....))))))).((((((((..(((.(((((.(((((......((.((((....)))).)).....)))))))))))))..)))))))).)))))))...... ( -48.70) >DroVir_CAF1 97355 120 - 1 GGGCGGUGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGUGCGGCACGUUUCUCACAGUCGAGCAGCGGCUCGUCUAAGAAAUCUGUCGUCGCAAUUGCAAGCUCACCGUUUGGUCU ((((((((.(((((.((....))))))).((((((((..(((.((((((.((((((...((.(((((....))))).)).)))))).)))))))))..)))))))).))))))))..... ( -53.80) >DroPse_CAF1 75792 120 - 1 GGGUGGGGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGGGCGGCACGUUUCUCGCAGCAGGGCUCCGGCUCGGCUAAGAAAUUUGUCGUCGCCAUUGCAAGUUCGCCUUUUGGUCU .....((((((((......)))...(((.((((((((..((((.(((((.((((((...(((.((((....)))).))).)))))).)))))))))..)))))))).))).....))))) ( -49.90) >DroWil_CAF1 115792 120 - 1 UGGCGGUGCCGUUGACGAUGACUCAGCGCGUUUGCAACAGCGUGCGGCACGAUUCUCUCAGCAGGGCUCUGGUUCGGCUAAGAAAUCGGUCGUUGCGAUUGCAAGCUCACCGUUUGGUCU .(((((((.((((((.......)))))).((((((((..(((.(((((.(((((.(((.(((.((((....)))).))).))))))))))))))))..)))))))).)))))))...... ( -49.30) >DroMoj_CAF1 103822 120 - 1 UGGCGGUGCUGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGUGCGGCACGUUUCUCACAGACGAGCGGUGGCUCGGCUAAGAAAUCUGUCGUCGCAAUUGUAAGCUCACCGUUUGGUCU .(((((((((((..........)))))(.((((((((..(((.((((((.((((((...((.(((((....))))).)).)))))).)))))))))..)))))))).)))))))...... ( -49.20) >DroPer_CAF1 75618 120 - 1 GGGUGGGGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGGGCGGCACGUUUCUCGCAGCAGGGCUCCGGCUCGGCUAAGAAAUUUGUCGUCGCCAUUGCAAGUUCGCCUUUUGGUCU .....((((((((......)))...(((.((((((((..((((.(((((.((((((...(((.((((....)))).))).)))))).)))))))))..)))))))).))).....))))) ( -49.90) >consensus GGGCGGUGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGUGCGGCACGUUUCUCACAGCAGGGCUCCGGCUCGGCUAAGAAAUCUGUCGUCGCCAUUGCAAGCUCACCGUUUGGUCU .(((((((.(((((.((....))))))).((((((((..(((.((((((.((((((...(((.((((....)))).))).)))))).)))))))))..)))))))).)))))))...... (-41.44 = -42.47 + 1.03)
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