Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,161,533 – 1,161,653 |
Length | 120 |
Max. P | 0.548278 |
Location | 1,161,533 – 1,161,653 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.58 |
Mean single sequence MFE | -55.86 |
Consensus MFE | -43.80 |
Energy contribution | -46.00 |
Covariance contribution | 2.20 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.45 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.548278 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1161533 120 + 22407834 CAGCUUGGCUUCGAUCUGGGACAGCAGCUCCGGUGCCUUGGGCAGACCCUCGAGGCGCUUCUGGGUCUGAUCGGACGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUGAGGGCGGCCACGCUGGCCGACAA ((((..((((((((((..((((..(((....(((((((((((......))))))))))).))).))))))))))).)))...(((((((((((...))))))))))).))))........ ( -60.50) >DroSec_CAF1 55029 120 + 1 CAGCUUGGCCUCGAUCUGGGACAGCAGCUCCGGUGCCUUGGGCAGACUCUCGAGGCGCUUCUGUGUCUGGUCGGCCGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUGAGGGCGGCCACGCUGGCCGACAA (((.(((....))).)))(((((.(((....(((((((((((......))))))))))).)))))))).(((((((((....(((((((((((...))))))))))).)).))))))).. ( -61.70) >DroSim_CAF1 50127 120 + 1 CAGCUUGGCCUCGAUCUGGGACAGCAGCUCCGGUGCCUUGGGCAGACCCUCGAGGCGCUUCUGUGUCUGGUCGGCCGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUGAGGGCGGCGACGCUGGCCGACAA ..(.((((((.(((((..(((((.(((....(((((((((((......))))))))))).)))))))))))))(((((((((.((.......))..)))))))))......))))))).. ( -58.50) >DroEre_CAF1 48914 120 + 1 CAGCUUGGCGUCGAUCUGGGCCAGCAGCUCCGGUGCCUUGGGCAGAGCCUCGACGGUCUUCUGGGUCUGGUCGGCUGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUCAGGGAGGCCACACUGGCCGACAG (((((.((((((((((.((.((((.((..(((.((....((((...)))))).))).)).)))).)).))))))).)))....)))))...(((.....)))((((.....))))..... ( -49.20) >DroYak_CAF1 50333 120 + 1 CAGCUUGGCCUCGAUCUGGGCCAGCAACUGCGGUGCCUUGGGAAGAUCCUCGAAGCUCUUCUGGGUCUGGUCGGCUGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUCAGGGAGGCCACACUGGCCGACAG ..(((.(((((......))))))))..((((....(((((((.((((((..(((....))).))))))((..(((.(((....))).)))..))))))))).((((.....))))).))) ( -49.40) >consensus CAGCUUGGCCUCGAUCUGGGACAGCAGCUCCGGUGCCUUGGGCAGACCCUCGAGGCGCUUCUGGGUCUGGUCGGCCGCCUUCUGGCUGCUCUCCUUGAGGGCGGCCACGCUGGCCGACAA ((((.(((((.(..((.((((.(((((((..((((((..((.(((((((..(((....))).))))))).)))).))))....))))))).)))).))..).))))).))))........ (-43.80 = -46.00 + 2.20)
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