Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,736,638 – 10,736,758 |
Length | 120 |
Max. P | 0.589079 |
Location | 10,736,638 – 10,736,758 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.42 |
Mean single sequence MFE | -49.12 |
Consensus MFE | -42.02 |
Energy contribution | -42.70 |
Covariance contribution | 0.68 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.26 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.589079 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10736638 120 - 22407834 CUGCUGUUUCCGGAACUGGAAUCGCCGCCACAGCGGUGAUGCGUCCCGAGCUGGUGAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGUCUGGUGGUAUCCG ..(((((..((((((.((((((((((((....)))))))).((((((.....)).))))...))))...)))))).....)))))((..(((((((((......)))..))))))..)). ( -44.60) >DroSec_CAF1 5979 120 - 1 CUGCUGUGUCCGGUACAGGAAUCGCCGCCACGGCGGUUAUGCGUCCCGAGCUGGUGAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGUCUGGUGGUGUCCG ..((((((.((((.((...((((((((...))))))))....)).))..((((((((((.....)))))..))))))).))))))(((((((((((((......)))..)))))))))). ( -51.70) >DroSim_CAF1 5987 120 - 1 CUGCUGUGUCCGGAACAGGAAUCGCCGCCACGGCGGUUAUGCGUCCCGAGCUGGUGAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGUCUGGUGGUGUCCG ..((((((.(((((.....((((((((...)))))))).....)))...((((((((((.....)))))..))))))).))))))(((((((((((((......)))..)))))))))). ( -52.70) >DroEre_CAF1 5983 120 - 1 CUGCAGUAUCCGGAACUGGGAUCGCCGCCACGGCGGUGAUGCGUCCGGAACUGGUGAUGAAGUCAAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGCCUGGUGGUAUCCG ..((....((((((....(.((((((((....)))))))).).))))))(((((.(((((......)))))))))).......))((..(((((((((......)))..))))))..)). ( -49.80) >DroYak_CAF1 6087 120 - 1 CUGCUGUGUCUGGAACCGGGAUCGCGGCCACGGCGGUGAUGCGUCCGGAACUGGUAAUGAAGUCAAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGUCUGGUGGUAUCCG ..((((((.((....((((((((((.((....)).)))))...))))).(((((.(((((......)))))))))))).))))))((..(((((((((......)))..))))))..)). ( -46.80) >consensus CUGCUGUGUCCGGAACAGGAAUCGCCGCCACGGCGGUGAUGCGUCCCGAGCUGGUGAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUGGUCAUGGCGGGCAUCAUUGCCAUAUACGGUCUGGUGGUAUCCG ..((((((.(((((....(.((((((((....)))))))).).)))...(((((.(((((......)))))))))))).))))))(((.(((((((((......)))..)))))).))). (-42.02 = -42.70 + 0.68)
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