Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,713,220 – 10,713,321 |
Length | 101 |
Max. P | 0.923696 |
Location | 10,713,220 – 10,713,321 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.55 |
Mean single sequence MFE | -29.94 |
Consensus MFE | -17.33 |
Energy contribution | -18.33 |
Covariance contribution | 1.00 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.80 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 1.16 |
SVM RNA-class probability | 0.923696 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10713220 101 - 22407834 CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU ..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30) >DroPse_CAF1 51461 106 - 1 UGGUGUUUAUGUG-UUUUAUAAAAAUUUCAUCCGAUGGCCGGGCUCUCAAAUCAGAGAUGAUAAUUGGCUCGGGGCACAUCGGCAGCUGAGUCCUGGCCAUCGGCCU .(((.((((((..-...)))))).........((((((((((..((((......))))........(((((((.((......))..)))))))))))))))))))). ( -38.90) >DroSec_CAF1 44226 101 - 1 CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU ..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30) >DroSim_CAF1 45138 101 - 1 CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU ..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30) >DroYak_CAF1 43590 101 - 1 CGCCUCUUGUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAUCUGAGC---GCGC---UUCCU ........((((((((................(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---))))---..... ( -28.45) >DroPer_CAF1 52705 106 - 1 UGGUGUUUAUGUG-UUUUAUAAAAAUUUCAUCCGAUGGCUGGGCUUUCAAAUCAGAGAUGAUAAUUGGCUCGGGGCACAUCGGCAGCUGUGUCCUGCCCAUCGGCCU .(((.((((((..-...)))))).........(((((((.(((((.....((((....))))....)))))((((((((.(....).))))))))).))))))))). ( -33.40) >consensus CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC___GCUC___AUCCU ((((..(((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))...)))).................. (-17.33 = -18.33 + 1.00)
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