Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,697,482 – 10,697,589 |
Length | 107 |
Max. P | 0.848043 |
Location | 10,697,482 – 10,697,589 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.46 |
Mean single sequence MFE | -41.95 |
Consensus MFE | -36.46 |
Energy contribution | -36.50 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.848043 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10697482 107 + 22407834 GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGCUGCUCCUAGCACUGCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((..(((.(((((.(((((((((((((.....))))...)))).)))..)).))))...((.(((....)))))).)))..)))))))) ( -45.60) >DroSec_CAF1 28771 107 + 1 GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGUUUCUCCCAGCACUCCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((..(((.(((.(((((((.....))))))).(((.......)))....))........((.(((....)))))).)))..)))))))) ( -39.60) >DroSim_CAF1 29705 107 + 1 GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGUUGCUCCUAGCACUCCAUUCGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((..(((.(((.(((((((.((.((((.....))))))...(((.....))).)))))))))(((....)))..).)))..)))))))) ( -43.60) >DroEre_CAF1 29515 107 + 1 GCUCCGUGAGCUGCGGCUGUAUUUCCGGCAGAGUGGACGGUGUCUACUCCAGAUCCAGUUGCUCCUAGCACUCCAUGGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((...(((((..((((((((...)))))))).((.((..(((((.((...........)))))))..)).))))).))...)))))))) ( -40.90) >DroYak_CAF1 27751 107 + 1 GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUAGAUCCGGCAGAGUGGACGGCAUCUGCUCCAGAUCCAGCUGCUCCUAGCACUCCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGACUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((((.(((((.((..(((..((.(((((...))))))).((((((..............)))))))))..))))).)))).)))))))) ( -40.04) >consensus GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGUUGCUCCUAGCACUCCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC ((((...)))).((((((((..((((.((.(((..(..((.((((.....))))))..)..)))...))........((.(((....)))))).)))..)))))))) (-36.46 = -36.50 + 0.04)
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