Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,545,600 – 10,545,703 |
Length | 103 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 10,545,600 – 10,545,703 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.83 |
Mean single sequence MFE | -46.02 |
Consensus MFE | -35.67 |
Energy contribution | -36.87 |
Covariance contribution | 1.20 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -2.19 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10545600 103 + 22407834 AGGCGGUGCCGGCGGCGGAGCAGCUGCUCCAGUCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACACGGCACAGCUCGCACAGCUCCGCUGCCAGCACGGCCAGCUCGAAU .(((.((((.((((((((((((((((.((((..............)))).(((.....)))..)))))......))))))))))).)))).)))......... ( -50.94) >DroSec_CAF1 33656 103 + 1 AGGCGGUGCCGGCGGAGGAGCAGCUGCUCCAGGCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACACGGCACAGCUCGCACAGCUCCGCUGCCAGCACAGCUAGUUCGAAU .(((.((((.(((((.((((((((((.((((((........))..)))).(((.....)))..)))))......))))).))))).)))).)))......... ( -41.70) >DroSim_CAF1 33367 103 + 1 AGGCGGUGCCGGCGGAGGAGCAGCUGCUCCAGGCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACACGGCACAGCUCGCACAGCUCCGCUGCCAGCACAGCUAGUUCGAAU .(((.((((.(((((.((((((((((.((((((........))..)))).(((.....)))..)))))......))))).))))).)))).)))......... ( -41.70) >DroEre_CAF1 34253 103 + 1 GGGCGGUGCCGGCGGAGGAGCAGCUGCUCCAGGCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACGCGGCACAGCUCCCACAGCUCCGCUGCCAGCACGGCCAGCUCGAAC .(((.((((.(((((.(((((.(((((.((.((..((........))..)).))...)))))...(......).))))).))))).)))).)))......... ( -46.80) >DroYak_CAF1 35353 103 + 1 AGGCGGUGCCGGCGGAGGAGCAGCUGCUCCGGGCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACGCGGCACAGCUCCCAUAGCUCCGCUGCCAGCACGGCUAGCUCGAAU .(((.((((.(((((.(((((.(((((.(((((..((........))..)))))...)))))...(....)...))))).))))).)))).)))......... ( -49.90) >DroAna_CAF1 38741 100 + 1 UGGCGGUGCAGCCGGGGGAACCACA---UCUGGGGCUAAUCCCGGUGGUCCCGGCACCCGUCACAGCUCCCACAGCUCCGCGGCUAGCACAGCCAGCUCCAAU ((((.((((.((((((...(((((.---...((((....)))).)))))))))))..((((...((((.....))))..))))...)))).))))........ ( -45.10) >consensus AGGCGGUGCCGGCGGAGGAGCAGCUGCUCCAGGCACAAAUCCCAAUGGACCCGGCACACGGCACAGCUCCCACAGCUCCGCUGCCAGCACAGCCAGCUCGAAU .(((.((((.(((((.((((((((((.((((((........))..)))).(((.....)))..)))))......))))).))))).)))).)))......... (-35.67 = -36.87 + 1.20)
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