Locus 3573

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,425,510 – 10,425,733
Length 223
Max. P 0.774399
window5648 window5649

overview

Window 8

Location 10,425,510 – 10,425,613
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.03
Mean single sequence MFE -40.38
Consensus MFE -26.84
Energy contribution -28.12
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -0.95
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10425510 103 + 22407834
U------------A---GAUUGUACUUUAUACU--UAAUAGCCACCCCUGCCCGGUGGUGGUGCUCCACGGAUCAUGCUGGGCGGCGGUCCGCGCAUCGGUGGCGGAGCACCGCGUCCCA
.------------.---(((.((..........--.....((((((.......))))))((((((((.((((((..(((....)))))))))(((....)))..)))))))))))))... ( -39.00)
>DroGri_CAF1 2366 114 + 1
UUACUACAAAGAUAGAUGAGUG--CUGA-UAAUUUUAGUAGCCACCCCGUCCCGGCGGUGGUGCGCCACGCAUCAU---UGGUGGCGGUCCUCUCAUGGGUGGCGGUGCACCGCGUCCCA
...............(((((((--((((-.....))))))((((((((((....))))(((((((...))))))).---.))))))......)))))(((..((((....))))..))). ( -46.00)
>DroEre_CAF1 1772 103 + 1
U------------A---AAUUUUACUUUAUACU--UAAUAACCACCCCUGCCUGGUGGUGGUGCUCCACGGAUCAUGCUGGGCGGCGGACCGCGCAUCGGUGGGGGAGCACCACGUCCCA
.------------.---................--.....((((((.......))))))((((((((.(..(((((((...((((....)))))))).)))..)))))))))........ ( -36.60)
>DroYak_CAF1 1727 103 + 1
U------------A---GUUUGUACUUUAUAUU--UAAUAGCCACCCCUGCCCGGUGGUGGUGCUCCACGGAUCAUGCUGGGCGGCGGACCGCGCAUCGGAGGGGGAGCACCGCGUCCCA
.------------.---(..(((..........--.....((((((.......))))))((((((((.....((.((.((.((((....)))).)).))))...)))))))))))..).. ( -38.00)
>DroMoj_CAF1 2097 115 + 1
UUACUAUGAAGAUAAGCGAAUGGGCUGUUUAAU--UAAUAUCCACCUCGUCCCGGUGGUGGUGCGCCGCGCAUCAU---UGGUGGUGGUCCUCGCAUGGGUGGUGGUGCACCCCGCCCAA
...............((((.((((.((((....--.))))))))..))))...(((((.((((((((((.((((..---..((((......))))...)))))))))))))))))))... ( -44.50)
>DroAna_CAF1 1673 103 + 1
U------------G---GAAAAAAGUAUAAAAU--UAAUAUCCUCCCCUGCCCGGUGGCGGUGCCCCGCGAAUCAUGCUCGGCGGCGGUCCGCGCAUCGGUGGAGGUGCACCGCGUCCAA
(------------(---((..............--......(((((.....((((((((((.(((((((((.......)).)))).))))))).)))))).))))).((...)).)))). ( -38.20)
>consensus
U____________A___GAUUGUACUUUAUAAU__UAAUAGCCACCCCUGCCCGGUGGUGGUGCUCCACGGAUCAUGCUGGGCGGCGGUCCGCGCAUCGGUGGCGGAGCACCGCGUCCCA
..........................................((((.......))))((((((((((....(((((((...((((....)))))))).)))...))))))))))...... (-26.84 = -28.12 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 10,425,613 – 10,425,733
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.28
Mean single sequence MFE -57.15
Consensus MFE -37.68
Energy contribution -37.85
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.774399
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10425613 120 - 22407834
UGGGCGGACCCGCCCAACAGCACAUGGCUCCGAUGGGACGAGGAGUGCCACGAGCACCGAUGAUGGGUGCACCGCCACCGGGCAUGAUUCCCGGCGGCAUGCCCUCGAUGCCAGGAAACA
((((((....))))))........((((..(((.(((.((.((....)).)).(((((.......)))))...(((.(((((.......))))).)))...))))))..))))(....). ( -56.10)
>DroVir_CAF1 2933 120 - 1
UGGGUGGUCCCGCUCAACAGCACAUGGCGCCGAUGGGUCGAGGUGUGCCCAGAGCCCCAAUGAUGGGUGCACCGCCGCCAGGCAUGAUUCCCGGCGGCAUUCCUGCUAUGCCAGGCAGUC
((((((....))))))...((...((((((((..((((((.((((..((((............))))..))))(((....))).)))))).))))((((....))))..)))).)).... ( -54.90)
>DroGri_CAF1 2480 120 - 1
UGGGCGGACCCGCUCAACAGCACAUGGCGCCCAUGGGGCGAGGUGUGCCGAGAGCGCCGAUGAUGGGCGCACCUCCGCCGGGCAUGAUUCCCGGUGGAAUUCCUUCUAUGCCCGGCGGUC
((((((....)))))).(.((((((..(((((...)))))..)))))).)...(((((.......)))))....(((((((((((((((((....))))))......))))))))))).. ( -65.70)
>DroYak_CAF1 1830 120 - 1
UGGGCGGACCCGCCCAACAACACAUGGCUCCAAUGGGACGAGGAGUGCCCCGAGCUCCGAUGAUGGGUGCCCCGCCACCAGGCAUGAUUCCCGGCGGCAUGCCCUCGAUGCCAGGAAAUA
((((((....))))))........(((((((....)))(((((.((((((((.((.((.......)).))...(((....)))........))).)))))..)))))..))))....... ( -50.60)
>DroMoj_CAF1 2212 120 - 1
UAGGCGGUCCUGCCCAGCAGCAUAUGGCCCCCAUGGGCCGUGGAGUACCUCGAGCUCCUAUGAUGGGUGCUCCACCACCGGGCAUGAUACCUGGGGGUAUUCCUGCUAUGCCGGGCAGCC
..(((.((((.((..((((....(((((((....)))))))(((((((((.((((.(((.....))).)))).....(((((.......))))))))))))))))))..)).)))).))) ( -59.70)
>DroAna_CAF1 1776 120 - 1
UGGGCGGACCAGCACCGUCGCACAUGGCGCCGAUGGGUCGUGGAGUACCCAGAGCUCCGAUGAUGGGUGCCCCGCCACCGGGCAUGAUCCCCGGAGGCAUGCCUGCGAUGCCUGGUAACC
.((....(((((...(((((((((((.(.(((..(((((((((.(((((((...(......).))))))).))(((....)))))))))).))).).))))..))))))).)))))..)) ( -55.90)
>consensus
UGGGCGGACCCGCCCAACAGCACAUGGCGCCGAUGGGACGAGGAGUGCCCAGAGCUCCGAUGAUGGGUGCACCGCCACCGGGCAUGAUUCCCGGCGGCAUGCCUGCGAUGCCAGGCAACC
((((((....))))))...((...((((......(((....((.((((((....(......)..)))))).))(((.(((((.......))))).)))...))).....)))).)).... (-37.68 = -37.85 +   0.17)

alignment

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Postscript

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