Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,392,022 – 10,392,133 |
Length | 111 |
Max. P | 0.623739 |
Location | 10,392,022 – 10,392,133 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.79 |
Mean single sequence MFE | -46.28 |
Consensus MFE | -39.00 |
Energy contribution | -39.87 |
Covariance contribution | 0.86 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.623739 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10392022 111 - 22407834 GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGAUGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG---GCUAUGAUAGCUGCUGCCG ((..(((((((((..((((((((.....)))))..((((...((((......)))).)))).)))..)))))(((.((((.....))))...---))).......))))..)). ( -46.70) >DroSec_CAF1 6933 111 - 1 GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGACGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG---GCUGUGAUAGCUGCUGCCG ((..(((((((((((((((((((.....)))))..((((...((((......)))).)))).)))))))))).(((((((((.....)))))---).))).....))))..)). ( -49.80) >DroSim_CAF1 6849 111 - 1 GGUGGCAGGCCAUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGACGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG---GCUGUGAUAGCUGCUGCGG .(..(((((((((((((((((((.....)))))..((((...((((......)))).)))).)))))))))).(((((((((.....)))))---).))).....))))..).. ( -46.90) >DroEre_CAF1 7328 111 - 1 GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGAAGAUGGCGGCACAAGUUGCGCUGGCUG---GCUGUGGUAGCUGCUGCCA ((..((((((((..((..(((.(((((((((.((......)).))...((((((.(.((((....)))).)))))))..)))).))))))..---))..))))..))))..)). ( -46.70) >DroYak_CAF1 7439 111 - 1 GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUAGUGCUGAUGGUCUGCGAAGAUGGCGGCACAAGUUGCGCUGGCUG---GCUGUGAUAGCUGCUGCCG ((..(((((((((.....(((((.....)))))......))))))...((((((.(.((((....)))).)))))))..((..((((....)---)).)..))...)))..)). ( -44.60) >DroAna_CAF1 6020 114 - 1 GGCGGCAGGACGCUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGCUGCUAAUCGUCUGAGACGCUGGUGGCACUAGUUGCGCCGGCUGUUGCCCAUGAUAGCUGCUACCA (((((((.(((..((((.(((((.....)))))...))))..))).)))))))...((((...))))..((((((((((....((..(((....)))..)).))).))))))). ( -43.00) >consensus GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGACGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG___GCUGUGAUAGCUGCUGCCG ((..((((((((.((((.(((((.....)))))...))))))))).((((((((.(.(((......))).)))))))))(((((((.(((.....)))))).)))))))..)). (-39.00 = -39.87 + 0.86)
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