Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,390,619 – 10,390,736 |
Length | 117 |
Max. P | 0.987377 |
Location | 10,390,619 – 10,390,736 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.03 |
Mean single sequence MFE | -29.97 |
Consensus MFE | -26.78 |
Energy contribution | -27.00 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.95 |
SVM RNA-class probability | 0.983794 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10390619 117 + 22407834 AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG ......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00) >DroSec_CAF1 5530 117 + 1 AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG ......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00) >DroSim_CAF1 5450 117 + 1 AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG ......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00) >DroEre_CAF1 5931 117 + 1 AAUCCCCCAGCCGUGUUCAACUCUCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG ......(((((((((..............((.......))........(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -29.30) >DroYak_CAF1 6042 117 + 1 AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG ......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00) >DroAna_CAF1 4656 114 + 1 AAUACCCCAGCCGUGUUCAACUCGCCGCAGCCCCACAA------CCACGCAGUACAAGCUCAGCACAGUGCAUUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACUCAUCGCUCAACCAUACG ......(((((((((..(((..(((.((.((.......------....))(((....)))..))...)))..)))..)))))))))...(.(((((.((.....)).)).))).)..... ( -26.50) >consensus AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU___CGCUCAACCACACG ......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((...........)).))).)..... (-26.78 = -27.00 + 0.22)
Location | 10,390,619 – 10,390,736 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.03 |
Mean single sequence MFE | -45.08 |
Consensus MFE | -43.11 |
Energy contribution | -44.08 |
Covariance contribution | 0.97 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 2.08 |
SVM RNA-class probability | 0.987377 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10390619 117 - 22407834 CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30) >DroSec_CAF1 5530 117 - 1 CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30) >DroSim_CAF1 5450 117 - 1 CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30) >DroEre_CAF1 5931 117 - 1 CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGAGAGUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((.....---......))))).))).((((((((((..((..((.((.(((.(.(((..(((((((....))))).))..)))).))).)).))))..))))))))))..... ( -44.30) >DroYak_CAF1 6042 117 - 1 CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30) >DroAna_CAF1 4656 114 - 1 CGUAUGGUUGAGCGAUGAGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAAUGCACUGUGCUGAGCUUGUACUGCGUGG------UUGUGGGGCUGCGGCGAGUUGAACACGGCUGGGGUAUU (((.(((((..((.....))...))))).))).((((((((((..((((......(((((((((....(..((...------.))..))))).))))).))))..))))))))))..... ( -45.00) >consensus CGUGUGGUUGAGCG___AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU (((.(((((..((.....))...))))).))).((((((((((..((((......(((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))).))))..))))))))))..... (-43.11 = -44.08 + 0.97)
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