Locus 3561

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,388,624 – 10,388,804
Length 180
Max. P 0.999962
window5627 window5628 window5629 window5630 window5631

overview

Window 7

Location 10,388,624 – 10,388,734
Length 110
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.04
Mean single sequence MFE -23.85
Consensus MFE -18.80
Energy contribution -19.00
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.596250
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10388624 110 - 22407834
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-AUACGCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC-AAAUAA
..((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))......(((.......)))))))))).(..(((-(((..(....)..))))))..).......-...... ( -22.30)
>DroSec_CAF1 3546 111 - 1
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGUUGUACCCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC-AAAUAA
..((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))......(((.......)))))))))).(..(((((((((....)))))).)))..).......-...... ( -25.10)
>DroSim_CAF1 3429 111 - 1
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGUUGUACCCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC-AAAUAA
..((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))......(((.......)))))))))).(..(((((((((....)))))).)))..).......-...... ( -25.10)
>DroEre_CAF1 3608 110 - 1
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGACAAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-GUACCCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC-AAAUAA
.(((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))))............................(((-(((((....)))))))).)))))).....-...... ( -26.10)
>DroYak_CAF1 3650 110 - 1
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-AUACCCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC-AAAUAA
..((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))......(((.......)))))))))).(..(((-(((((....))))))))..).........-...... ( -26.10)
>DroAna_CAF1 3197 105 - 1
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAU-AUAUCCACAUACAUUUAAACGGAAUUAAUUCGUGCAUAGCUUCGUUGUACA------UAUAUAUUUAUAUCUACCGAAAUCC
.(((((.((((((.((......))...))-)))).))))).........(((.........(((((.........)))))(------((((....)))))...)))...... ( -18.40)
>consensus
CAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU_GUACCCACGGGUAUAUACACACAUUCAAC_AAAUAA
..((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))..................................(((((....))))))))))))............... (-18.80 = -19.00 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 10,388,655 – 10,388,771
Length 116
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.58
Mean single sequence MFE -28.50
Consensus MFE -25.50
Energy contribution -25.50
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.03
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 3.51
SVM RNA-class probability 0.999319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10388655 116 + 22407834
GUAU-ACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUCCUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGUAUAUACGAAUGCUCGUAAACAA
((.(-((((((.((((((((((((............(((...((((...))))...))))))))(((((((((((....)))))))))))...))))))).)...))).))).)).. ( -28.00)
>DroSec_CAF1 3577 117 + 1
GUACAACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUCCUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAA
................(((((....((((.......(((((((..((...(((....)))..))..)))))))..((((((((((....))))))))))..))))..)))))..... ( -28.90)
>DroSim_CAF1 3460 117 + 1
GUACAACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUCCUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAA
................(((((....((((.......(((((((..((...(((....)))..))..)))))))..((((((((((....))))))))))..))))..)))))..... ( -28.90)
>DroEre_CAF1 3639 116 + 1
GUAC-ACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUUGUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGUAUGUACAAAUGCUCGUAAACAA
((..-(((((.((.((((((................(((((((..((...(((....)))..))..)))))))..((((((((....)))))))).)))))))).))).))..)).. ( -27.90)
>DroYak_CAF1 3681 116 + 1
GUAU-ACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUCCUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAA
((.(-(((((.((.((((((((....))).......(((((((((((...(((....)))..)))((((((((((....))))))))))))))))))))))))).))).))).)).. ( -29.40)
>DroAna_CAF1 3223 116 + 1
GUACAACGAAGCUAUGCACGAAUUAAUUCCGUUUAAAUGUAUGUGGAUAU-AUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAA
.....((((.((((((((...........(((..((((((((....))))-))))..)))....(((((((((((....)))))))))))..)))))).......))))))...... ( -27.91)
>consensus
GUAC_ACAGCCUUAUGUACGAAUUAAUUCCUCUUAAAUGUAUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAA
................(((((....((((.......(((((((..((...(((....)))..))..)))))))..((((((((((....))))))))))..))))..)))))..... (-25.50 = -25.50 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 10,388,655 – 10,388,771
Length 116
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.58
Mean single sequence MFE -27.08
Consensus MFE -26.25
Energy contribution -25.37
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 4.46
SVM RNA-class probability 0.999901
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10388655 116 - 22407834
UUGUUUACGAGCAUUCGUAUAUACAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-AUAC
.(((.((((......))))...))).....(((((..(.((((((((((((..(((((((....))))).))..)))))......(((.......)))))))))).)..)))-)).. ( -25.30)
>DroSec_CAF1 3577 117 - 1
UUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGUUGUAC
((((.((((((.((((...(((((((((((((......)))))))))))))....(((((....)))))...................))))...)))))).))))........... ( -26.90)
>DroSim_CAF1 3460 117 - 1
UUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGUUGUAC
((((.((((((.((((...(((((((((((((......)))))))))))))....(((((....)))))...................))))...)))))).))))........... ( -26.90)
>DroEre_CAF1 3639 116 - 1
UUGUUUACGAGCAUUUGUACAUACAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGACAAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-GUAC
((((.((((((.((((((.(((((((((((((......)))))))))))))....(((((....))))).................))))))...)))))).))))......-.... ( -28.60)
>DroYak_CAF1 3681 116 - 1
UUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU-AUAC
..((.(((.(((....((((.((((..(((((((((....)))))))))))))(((((((....))))).(((..............)))......)))))).....)))))-).)) ( -27.34)
>DroAna_CAF1 3223 116 - 1
UUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAU-AUAUCCACAUACAUUUAAACGGAAUUAAUUCGUGCAUAGCUUCGUUGUAC
..((..((((((((((...(((((((((((((......)))))))))))))..))))((((((...-((.(((..............)))))...))))))....)).))))...)) ( -27.44)
>consensus
UUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAUACAUUUAAGAGGAAUUAAUUCGUACAUAAGGCUGU_GUAC
((((.((((((.((((...(((((((((((((......)))))))))))))....(((((....)))))...................))))...)))))).))))........... (-26.25 = -25.37 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 10,388,694 – 10,388,804
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.64
Mean single sequence MFE -30.76
Consensus MFE -30.26
Energy contribution -30.26
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.59
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 4.93
SVM RNA-class probability 0.999962
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10388694 110 + 22407834
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGUAUAUACGAAUGCUCGUAAACAAAGUAACUACUUAUGUACAAACGAGUAAAUGGGU
.........((((((.....(((((((((((((((....)))))))))))..(((((((((((....)))))....((((....)))).))))))...)))))))))).. ( -28.50)
>DroSec_CAF1 3617 110 + 1
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAAUGUAACUACUUAUGUACAAGCGAGUAAAUGGGU
.........(((((..((((....(((((((((((....)))))))))))....))))......(((((((.....((((((....))))))....)))))))))))).. ( -30.20)
>DroSim_CAF1 3500 110 + 1
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAAAGUAACUACUUAUGUACAAGCGAGUAAAUGGGU
.........(((((..((((....(((((((((((....)))))))))))....))))......(((((((..(((((((....)))).)))....)))))))))))).. ( -32.30)
>DroEre_CAF1 3678 110 + 1
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGUAUGUACAAAUGCUCGUAAACAAAGUAACUACUUAUGUACAAGCGAGUAAAUGGGU
.........(((((..((((....(((((((((((....)))))))))))....))))......(((((((..(((((((....)))).)))....)))))))))))).. ( -30.50)
>DroYak_CAF1 3720 110 + 1
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAAAGUAACUACUUAUGUAUAAGCGAGUAAAUGGGU
.........(((((..((((....(((((((((((....)))))))))))....))))......(((((((..(((((((....)))).)))....)))))))))))).. ( -32.30)
>consensus
AUGUGGAUACCAUUUUCAUGAUUCUGCAUACAUACACAUGUAUGUAUGUAUAUGCAUGUACGAAUGCUCGUAAACAAAGUAACUACUUAUGUACAAGCGAGUAAAUGGGU
.........(((((..((((....(((((((((((....)))))))))))....))))......(((((((..(((((((....)))).)))....)))))))))))).. (-30.26 = -30.26 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 10,388,694 – 10,388,804
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.64
Mean single sequence MFE -30.92
Consensus MFE -31.40
Energy contribution -30.88
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -4.56
Structure conservation index 1.02
SVM decision value 4.33
SVM RNA-class probability 0.999873
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10388694 110 - 22407834
ACCCAUUUACUCGUUUGUACAUAAGUAGUUACUUUGUUUACGAGCAUUCGUAUAUACAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((.(((((....(((.((((....)))))))..))))).((((...(((((((((((((......)))))))))))))..)))).....))))))......... ( -28.80)
>DroSec_CAF1 3617 110 - 1
ACCCAUUUACUCGCUUGUACAUAAGUAGUUACAUUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((....(((((((.((((((....)).)))).)))))))((((...(((((((((((((......)))))))))))))..)))).....))))))......... ( -32.80)
>DroSim_CAF1 3500 110 - 1
ACCCAUUUACUCGCUUGUACAUAAGUAGUUACUUUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((....(((((((.((((((....)).)))).)))))))((((...(((((((((((((......)))))))))))))..)))).....))))))......... ( -32.80)
>DroEre_CAF1 3678 110 - 1
ACCCAUUUACUCGCUUGUACAUAAGUAGUUACUUUGUUUACGAGCAUUUGUACAUACAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((....(((((((.((((((....)).)))).))))))).((((..(((((((((((((......))))))))))))))))).......))))))......... ( -31.50)
>DroYak_CAF1 3720 110 - 1
ACCCAUUUACUCGCUUAUACAUAAGUAGUUACUUUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((....((((..(((.((((....)))))))....))))((((...(((((((((((((......)))))))))))))..)))).....))))))......... ( -28.70)
>consensus
ACCCAUUUACUCGCUUGUACAUAAGUAGUUACUUUGUUUACGAGCAUUCGUACAUGCAUAUACAUACAUACAUGUGUAUGUAUGCAGAAUCAUGAAAAUGGUAUCCACAU
..((((((....(((((((.((((((....)).)))).)))))))((((...(((((((((((((......)))))))))))))..)))).....))))))......... (-31.40 = -30.88 +  -0.52)

alignment

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