Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,384,474 – 10,384,591 |
Length | 117 |
Max. P | 0.931500 |
Location | 10,384,474 – 10,384,591 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.70 |
Mean single sequence MFE | -46.97 |
Consensus MFE | -39.24 |
Energy contribution | -39.05 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -2.60 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 1.21 |
SVM RNA-class probability | 0.931500 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10384474 117 + 22407834 CUCUUGGUUGUCCUGCUCAUCGCGGUGCCGACCAUCAUUGGUGCUUACGUGAUGAAGAGGCGCGGCUGCUUUGGCGUCUUUAGACGUCAUGACAGCGGUGCUAGCAGUGCUCUCUAU ....(((..(..((((((((((((..((..((((....))))))...))))))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).))))).))))..)...))). ( -52.30) >DroSec_CAF1 2974 117 + 1 CUCCUGGUUGUCCUGCUUAUCGCGGUGCCGACCAUCAUUGGUGCCUACGUAAUGAAGAGGCGCGGCUGCUUUGGCGUCUUUAGGCGUCAUGACAGCGGUGCUAGCAGUGCUCUCUAU ....(((..(..((((((((..(((..((((......))))..))...)..))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).))))).))))..)...))). ( -45.20) >DroSim_CAF1 1400 117 + 1 CUCCUGGUUGUCCUGCUUAUCGCGGUGCCGACCAUCAUUGGUGCCUACGUGAUGAAGAGGCGCGGCUGCUUUGGCGUCUUUAGACGUCAUGACAGCGGUGCUAGCAGUGCUCUCUAU ....(((..(..(((((((((((((..((((......))))..))...)))))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).))))).))))..)...))). ( -50.60) >DroEre_CAF1 1458 117 + 1 CUCCUAGUUGUUCUACUCAUCGCUGUGCCAACCAUCAUUGGCGCCUACGUGAUGAAGAGGCGCGGCUGCUUUGGUGUCUUCAGACGCCAUGACAGCGGUGCUAGCAGUGCUCUAUAU ....(((..((.((..(((((((.(((((((......)))))))....)))))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).)))))...)).)).)))... ( -46.00) >DroYak_CAF1 1386 117 + 1 CUCCUGGUUGUUCUGCUCAUCGCUGUGCCUACUGUCGUUGGCGCCUACGUGAUGAAAAGGCGCGGCUGCUUUGGCGUCUUCAGACGCCAUGACAGCGGCGCUAGCAGUGCUCUCUAU ....(((..((.(((((((((((.(((((.((....)).)))))....)))))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).))))).)))).))...))). ( -55.40) >DroAna_CAF1 1438 117 + 1 CUGCUUGUUGUCCUUCUGAUUGUUAUCCCAACCGUAGUGGCCGCCUACGCAAUUAAAAAACGCGGCUGCUUUGGUCGGUUCCGUCGCAGUGACAGUGUCGCUAACCGAGCCCUCUAC ..(((((..........(((.(.....((.((((.((..(((((.................)))))..)).)))).))..).)))..((((((...))))))...)))))....... ( -32.33) >consensus CUCCUGGUUGUCCUGCUCAUCGCGGUGCCGACCAUCAUUGGCGCCUACGUGAUGAAGAGGCGCGGCUGCUUUGGCGUCUUCAGACGCCAUGACAGCGGUGCUAGCAGUGCUCUCUAU .........(..(((((((((((.(((((((......)))))))....)))))))...(((((.((((...(((((((....)))))))...)))).))))).))))..)....... (-39.24 = -39.05 + -0.19)
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