Locus 3558

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	10,372,533 – 10,372,736
Length	203
Max. P	0.860996

overview

Window 1

Location	10,372,533 – 10,372,628
Length	95
Sequences	6
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.77
Mean single sequence MFE	-42.20
Consensus MFE	-35.85
Energy contribution	-37.52
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.665693
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10372533 95 + 22407834
CUGCACGACUGCGACGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
........(((.((((((.((((....(((((....)))))....)))).))))))))).(((((((.(((((......))))))).)))))... ( -44.50)
>DroSec_CAF1 3933 95 + 1
CUGCACGACUGCGACGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
........(((.((((((.((((....(((((....)))))....)))).))))))))).(((((((.(((((......))))))).)))))... ( -44.50)
>DroSim_CAF1 3939 95 + 1
CUGCACGACUGCGACGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
........(((.((((((.((((....(((((....)))))....)))).))))))))).(((((((.(((((......))))))).)))))... ( -44.50)
>DroEre_CAF1 4035 95 + 1
CUGCACGACUGAGAUGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUAUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
........(((((.((((.((((....(((((....)))))....)))).))))))))).(((((((.(((((......))))))).)))))... ( -43.50)
>DroYak_CAF1 4024 95 + 1
CUGCACGACUGAGACGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAAUCGCUAUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
((((.((.......))))))((((...(((((....)))))..(((....)))..)))).(((((((.(((((......))))))).)))))... ( -37.40)
>DroAna_CAF1 4561 93 + 1
--GCACGGCUGCGCGGGCAUCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAAUCACUGUUGGGUGCCGGCGAGGGAGGCGGUACGCCCCUGUUGGGAUC
--...((((..(((.(((((((.....(((((....)))))..((((.....))))))))))).))).(((.((((...)))))))))))..... ( -38.80)
>consensus
CUGCACGACUGCGACGGCAGCUGAUUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUC
........(((.((((((.((((....(((((....)))))....)))).))))))))).(((((((.(((((......))))))).)))))... (-35.85 = -37.52 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,372,557 – 10,372,668
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.03
Mean single sequence MFE	-48.37
Consensus MFE	-40.39
Energy contribution	-41.87
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.21
SVM RNA-class probability	0.637624
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10372557 111 + 22407834
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCGCCA
...........(((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((......))))))).)))))...(.....)...)))))))))))).))).....)))))))). ( -51.80)
>DroSec_CAF1 3957 111 + 1
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCGCCA
...........(((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((......))))))).)))))...(.....)...)))))))))))).))).....)))))))). ( -51.80)
>DroSim_CAF1 3963 110 + 1
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCG-GA
...(((((....)))))...((((((((((((.((((((((((.(((((......))))))).)))))...(.....)...))))))))))))(((....))))))..-.. ( -47.90)
>DroEre_CAF1 4059 111 + 1
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUAUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGAUAGCUUUAGCUUGCCGCCA
...........((((((((.((.(..(((((.((..((.((((((((((..((...(((......))).))..))).))))))).))..)))))))..).)))))))))). ( -48.40)
>DroYak_CAF1 4048 111 + 1
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAAUCGCUAUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGAUAACUUCAGCUUGCCGCCA
...........((((((((.((..............(((((((.(((((......))))))).)))))((((((((.........)))))))).......)))))))))). ( -46.20)
>DroAna_CAF1 4583 111 + 1
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAAUCACUGUUGGGUGCCGGCGAGGGAGGCGGUACGCCCCUGUUGGGAUCAUCGUAUUUCUCCAACGGCGACAGCUUAAGCUUGCCGGAA
...(((((....)))))........((((....))))((((((((..((((.((.((((...(((((((..........)).))))))))))).))))...)))))))).. ( -44.10)
>consensus
UUGGCCACACAGGUGGCAAAGCAGUCGCUGUUCGGAGCCGGAGAGGGCGGUGGCACGCCCCUAUUGGCAUCGUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCGCCA
...........(((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((......))))))).)))))...(.....)...)))))))))))).))).....)))))))). (-40.39 = -41.87 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,372,557 – 10,372,668
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.03
Mean single sequence MFE	-44.68
Consensus MFE	-39.31
Energy contribution	-39.28
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.38
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.660191
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10372557 111 - 22407834
UGGCGGCAAGCUGAAGCUGUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAACAGCGACUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
(((((((((((.(..(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))..).)).)))))..(.....))))). ( -48.30)
>DroSec_CAF1 3957 111 - 1
UGGCGGCAAGCUGAAGCUGUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAACAGCGACUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
(((((((((((.(..(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))..).)).)))))..(.....))))). ( -48.30)
>DroSim_CAF1 3963 110 - 1
UC-CGGCAAGCUGAAGCUGUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAACAGCGACUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
..-.(((((((.(..(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))..).)).))))).((.....)).... ( -44.70)
>DroEre_CAF1 4059 111 - 1
UGGCGGCAAGCUAAAGCUAUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAAUAGCGACUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
(((((((((((....(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))....)).)))))..(.....))))). ( -46.10)
>DroYak_CAF1 4048 111 - 1
UGGCGGCAAGCUGAAGUUAUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAAUAGCGAUUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
(((((((((((....(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))....)).)))))..(.....))))). ( -43.70)
>DroAna_CAF1 4583 111 - 1
UUCCGGCAAGCUUAAGCUGUCGCCGUUGGAGAAAUACGAUGAUCCCAACAGGGGCGUACCGCCUCCCUCGCCGGCACCCAACAGUGAUUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
....(((..((..((((.(((((.(((((.........(((.((((....)))))))...(((.........)))..))))).))))).)))).))(((....)))))).. ( -37.00)
>consensus
UGGCGGCAAGCUGAAGCUGUCGCCGCUGGAGAAGUACGACGAUGCCAAUAGGGGCGUGCCACCGCCCUCUCCGGCUCCGAACAGCGACUGCUUUGCCACCUGUGUGGCCAA
....(((((((....(((((((..((((((((.(((......)))......(((((......)))))))))))))..)).)))))....)).))))).((.....)).... (-39.31 = -39.28 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,372,628 – 10,372,736
Length	108
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.63
Mean single sequence MFE	-44.97
Consensus MFE	-19.58
Energy contribution	-22.75
Covariance contribution	3.17
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860996
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10372628 108 + 22407834
GUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCGCCAUGUGGCGGGAAGUUCUCGCCGUUGGGAGCGCGAAAGCGGCCCGACGACAGGCUGCAGUACAUCACAUC
...(((((....(((((((((.((((((......(((((....))))))))))).)))))((((((..(((....))).)))))).....)))).)))))........ ( -53.10)
>DroPse_CAF1 10663 108 + 1
GUCAAUCUUUUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUUCCAGCGUUGGGCUGGAAAGCAUCACUAGACUGCGCAUUUAAGCGAGAAGAUUGCAAACUGCAGUACAUCACAUC
(.((((((((((..((.(((.(((((...((((((((((.....))))))))))......)).))))))......))))))))))))).................... ( -37.20)
>DroSim_CAF1 4034 107 + 1
GUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCG-GAUGUGGCGGGAAGUUCUCGCCGUUGGGAGCGCGAAAACGGCCCGACGACAGGCUGCAGUACAUCACAUC
...(((((((.((((((((((.((((((....(((((-....))))).)))))).)))))))))))).........(((((........))))).)))))........ ( -44.50)
>DroEre_CAF1 4130 108 + 1
GUCGUACUUCUCCAGCGGCGAUAGCUUUAGCUUGCCGCCAUGUGGCGGGAAGUUAUCCCCGUUCGGAGCGCGAAAGCGGCCGGACGACAGGCUGCAGUACAUCACAUC
...(((((....((((((.((((((((...((((((((...))))))))))))))))))(((((((..(((....))).)))))))....)))).)))))........ ( -49.60)
>DroYak_CAF1 4119 108 + 1
GUCGUACUUCUCCAGCGGCGAUAACUUCAGCUUGCCGCCAUGUGGCGGGAAGUUCUCGCCGUUAGGAGCGCGAAAGCGACCCGACGACAGGCUGCAGUACAUCACAUC
(((((....((((((((((((.((((((......(((((....))))))))))).)))))))).))))(((....))).....))))).................... ( -48.20)
>DroPer_CAF1 10516 108 + 1
GUCAAUCUUUUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUUCCAGCGUUGGGCUGGAAAGCAUCACUAGACUGCGCAUUUAAGCGAGAAGAUUGCAAACUGCAGUACAUCACAUC
(.((((((((((..((.(((.(((((...((((((((((.....))))))))))......)).))))))......))))))))))))).................... ( -37.20)
>consensus
GUCGUACUUCUCCAGCGGCGACAGCUUCAGCUUGCCGCCAUGUGGCGGGAAGUUAUCGCCGUUCGGAGCGCGAAAGCGACCCGACGACAGGCUGCAGUACAUCACAUC
(((((....(((((((((.((.((((((....((((((...)))))).)))))).)).))))).))))(((....))).....))))).................... (-19.58 = -22.75 +   3.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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