Locus 354

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,109,440 – 1,109,557
Length 117
Max. P 0.915932
window560 window561

overview

Window 0

Location 1,109,440 – 1,109,557
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.85
Mean single sequence MFE -46.20
Consensus MFE -22.16
Energy contribution -25.88
Covariance contribution 3.73
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.794090
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1109440 117 + 22407834
GUGGGUGCGAGUGAGCUUCCGCUCCCGGAUGCCCGGCGACCGAAACGAA---AGCCUCAUUCCGCUCUGCGAGUUCGGGAAUCUGGAGCGGAAGAUCAUAUGCAUGCAGGACAACCACCA
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>DroPse_CAF1 38750 120 + 1
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>DroSec_CAF1 27986 117 + 1
GUGGGUGCGAGUGAGCUUCCGCUCCCGGCUGCCCGGCGACCGAAACGAA---GCCCUCAUUCCGCUCUGCGAGUUCGGGAACCUGGAGCGGAAGAUCAUAUGCAUGCAGGACAACCACCA
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>DroEre_CAF1 30774 120 + 1
GUGGGUGCGAGUGAGCUUCCGCUCCCGGCUACCCGGCGACAGGAACGAUUACACCUUCGUUCCGCUCUGCGAGUUCGGGAACCUGAGGCGGAAGGUCAUCUGCAUGCAGGACAACCACCA
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>DroYak_CAF1 29051 120 + 1
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>DroPer_CAF1 38668 120 + 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 1,109,440 – 1,109,557
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.85
Mean single sequence MFE -47.10
Consensus MFE -29.22
Energy contribution -31.00
Covariance contribution 1.78
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.915932
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1109440 117 - 22407834
UGGUGGUUGUCCUGCAUGCAUAUGAUCUUCCGCUCCAGAUUCCCGAACUCGCAGAGCGGAAUGAGGCU---UUCGUUUCGGUCGCCGGGCAUCCGGGAGCGGAAGCUCACUCGCACCCAC
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>DroPse_CAF1 38750 120 - 1
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>DroSec_CAF1 27986 117 - 1
UGGUGGUUGUCCUGCAUGCAUAUGAUCUUCCGCUCCAGGUUCCCGAACUCGCAGAGCGGAAUGAGGGC---UUCGUUUCGGUCGCCGGGCAGCCGGGAGCGGAAGCUCACUCGCACCCAC
..((((.((.....))(((...(((.((((((((((.((((((((.....((.((.(((((((((...---))))))))).)))))))).)))).)))))))))).)))...))).)))) ( -52.40)
>DroEre_CAF1 30774 120 - 1
UGGUGGUUGUCCUGCAUGCAGAUGACCUUCCGCCUCAGGUUCCCGAACUCGCAGAGCGGAACGAAGGUGUAAUCGUUCCUGUCGCCGGGUAGCCGGGAGCGGAAGCUCACUCGCACCCAC
..((((.(((.(((....))).(((.((((((((((.((((((((.....((.((..(((((((........)))))))..)))))))).))))))).))))))).)))...))).)))) ( -49.40)
>DroYak_CAF1 29051 120 - 1
UGGUGGUUGUCCUGCAGGCAGAUGAUCUUCCGCUCCAGGUUCCCGAACUCGCAGAGUGGAAUGAAUGUGUAAUCGUUCCGGUCGCCGGGAAGCCGGGAGCGGAAGCUCACUCGCACCCAC
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>DroPer_CAF1 38668 120 - 1
UGGUGAAUGAACUGCUUGCUUAUGCAGUCCUGUUCCAAGUUCGAGAACUCGCACAGUGGAAUCAACUGGAAUUCGUUUCCCUGGUUGGGCAGCUUCGAGCGAAAGCUGAUCCUCACAAUC
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>consensus
UGGUGGUUGUCCUGCAUGCAUAUGAUCUUCCGCUCCAGGUUCCCGAACUCGCAGAGCGGAAUGAAGGUG_AUUCGUUUCGGUCGCCGGGCAGCCGGGAGCGGAAGCUCACUCGCACCCAC
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