Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,250,413 – 10,250,533 |
Length | 120 |
Max. P | 0.998994 |
Location | 10,250,413 – 10,250,533 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.50 |
Mean single sequence MFE | -28.84 |
Consensus MFE | -29.00 |
Energy contribution | -28.84 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.15 |
Structure conservation index | 1.01 |
SVM decision value | 3.32 |
SVM RNA-class probability | 0.998994 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10250413 120 - 22407834 CUACUGCAAUCUGGUCACAUCGAUUUAAGUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUACAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) ( -29.30) >DroSec_CAF1 4442 120 - 1 CUACUGCAAUCUGGUCACACCGAUUUAAGUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUACAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) ( -29.20) >DroSim_CAF1 2873 120 - 1 CUACUGCAAUCUGGUCACACCGAUUUAAGUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUACAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) ( -29.20) >DroEre_CAF1 2872 120 - 1 CUACUGCAAUCUGGUCACACCGAUUUAAAUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUACAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) ( -29.20) >DroYak_CAF1 2839 120 - 1 CUACUGCAGUCUGGUCACACCGAUUUAAAUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUAUAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) ( -27.30) >consensus CUACUGCAAUCUGGUCACACCGAUUUAAGUAACUUUGUUGUGAUCGAAUAUUCCAAUAGAUUUUCGUAUAUUGUAUUGUAUCCAUGUACAAUUAUUCUCAUGCGAAAGUGCCGCAGAUAG (((((((....((((((((.(((...........))).)))))))).............((((((((((.....(((((((....))))))).......))))))))))...)))).))) (-29.00 = -28.84 + -0.16)
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