Locus 3506

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	10,249,852 – 10,249,963
Length	111
Max. P	0.917080

overview

Window 6

Location	10,249,852 – 10,249,963
Length	111
Sequences	4
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.18
Mean single sequence MFE	-27.60
Consensus MFE	-19.81
Energy contribution	-20.00
Covariance contribution	0.19
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.26
SVM RNA-class probability	0.659099
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10249852 111 + 22407834
UACACACGAUUUGUAUGCGGAUGAAAACUGUAAACUUCUACUGGUAUACAUA----UGUGUAAGAUGUAAGCCACAUACAUACAUAUGCACAUACAGCCACACAAAUGUGGGUCG
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>DroSec_CAF1 3879 111 + 1
UACACACGAUUUGUAUGCUGAUGAAAACUGUAAACUUCUACUGGUAUACAUA----UAUGUAAGAUGUAAGCCACAUACAUACAUAUGCACAUACAGUCACACAAAUGUGGGUCG
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>DroSim_CAF1 2306 115 + 1
UACACACGAUUUGUAUGCUGAUGAAAACUGUAAACUUCUACUGGUAUACAUAUGUAUAUGUAAGAUGUAAGCCACAUACAUACAUAUGCACAUACAGUCACACAAAUGUGGGUCG
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>DroYak_CAF1 2283 109 + 1
UACACACGAUUUGUAUACUGGUGAAAACUGUAAACUUCUACUGGUAUACAUA------UGUAAGAUGUAAGCUACAUACAAGCAUAUGUACAUACAUUCAAACGAAUGUGGGUCG
......((((((((((((..(((((..........))).))..))))(((((------(((...(((((...)))))....)))))))))))(((((((....)))))))))))) ( -26.50)
>consensus
UACACACGAUUUGUAUGCUGAUGAAAACUGUAAACUUCUACUGGUAUACAUA____UAUGUAAGAUGUAAGCCACAUACAUACAUAUGCACAUACAGUCACACAAAUGUGGGUCG
....(((.((((((..(((((((.....((((.(((......))).))))......((((((.(((((.....)))).).))))))....))).))))...)))))))))..... (-19.81 = -20.00 +   0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	10,249,852 – 10,249,963
Length	111
Sequences	4
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.18
Mean single sequence MFE	-31.25
Consensus MFE	-24.34
Energy contribution	-25.52
Covariance contribution	1.19
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.20
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.11
SVM RNA-class probability	0.917080
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10249852 111 - 22407834
CGACCCACAUUUGUGUGGCUGUAUGUGCAUAUGUAUGUAUGUGGCUUACAUCUUACACA----UAUGUAUACCAGUAGAAGUUUACAGUUUUCAUCCGCAUACAAAUCGUGUGUA
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>DroSec_CAF1 3879 111 - 1
CGACCCACAUUUGUGUGACUGUAUGUGCAUAUGUAUGUAUGUGGCUUACAUCUUACAUA----UAUGUAUACCAGUAGAAGUUUACAGUUUUCAUCAGCAUACAAAUCGUGUGUA
..((.((((((((((((.(((.(((.(((((((((((((.(((.....)))..))))))----)))))......((((....)))).))...))))))))))))))).))).)). ( -32.60)
>DroSim_CAF1 2306 115 - 1
CGACCCACAUUUGUGUGACUGUAUGUGCAUAUGUAUGUAUGUGGCUUACAUCUUACAUAUACAUAUGUAUACCAGUAGAAGUUUACAGUUUUCAUCAGCAUACAAAUCGUGUGUA
..((.((((((((((((.(((.(((.(((((((((((((((((............)))))))))))))))....((((....)))).))...))))))))))))))).))).)). ( -35.40)
>DroYak_CAF1 2283 109 - 1
CGACCCACAUUCGUUUGAAUGUAUGUACAUAUGCUUGUAUGUAGCUUACAUCUUACA------UAUGUAUACCAGUAGAAGUUUACAGUUUUCACCAGUAUACAAAUCGUGUGUA
......((((((....))))))...((((((((...((((((((........)))))------)))((((((..((.((((........))))))..))))))....)))))))) ( -24.70)
>consensus
CGACCCACAUUUGUGUGACUGUAUGUGCAUAUGUAUGUAUGUGGCUUACAUCUUACAUA____UAUGUAUACCAGUAGAAGUUUACAGUUUUCAUCAGCAUACAAAUCGUGUGUA
..((.((((((((((((((((..((((((((..((((((.(((.....)))..))))))....)))))))).)))).((((........)))).....))))))))).))).)). (-24.34 = -25.52 +   1.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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