Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,122,458 – 10,122,555 |
Length | 97 |
Max. P | 0.907655 |
Location | 10,122,458 – 10,122,555 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 66.89 |
Mean single sequence MFE | -46.55 |
Consensus MFE | -19.41 |
Energy contribution | -20.97 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.66 |
Mean z-score | -1.94 |
Structure conservation index | 0.42 |
SVM decision value | 1.05 |
SVM RNA-class probability | 0.907655 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10122458 97 + 22407834 -----CCUCCGGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGGCCGAAGCGGCUGCGGUGGUGGUUUCUCCAUCGGCACUGGCCGCUGUGGUUACCUCUGCGGCAGCUG -----((((.....))))((((.((((((..((((((((.((((((((.(.((((((.....)))))).).).))))))).))))))))..)))))).)))) ( -49.10) >DroPse_CAF1 43399 102 + 1 UGGAGGUUGUAGAUGCAACCGUUGUCGUGUCAGAGGUGGCAGAGGCAGCGGUUGUCUCAGCGCCAGCGCCAGCGGCUGCCGUAGUCUCUUCGGCGGCCACUG (((..((((.((..((((((((((((.(((((....)))))..)))))))))))))))))).)))....(((.((((((((.((...)).)))))))).))) ( -50.80) >DroSec_CAF1 48987 94 + 1 --------CCAGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGCCUGAAGCAGCUGCGGUGGUGGUUUCUCCAUCGGCACUGGCCGCUGUGGUUGCCUCUGCGGCAGCUG --------.........((((((((((((((((((...(((((.(((.....))).)))))..))))))))).)))))))))(((((((.....))))))). ( -45.70) >DroEre_CAF1 47212 102 + 1 CAGUGCUUCCAGAUGCGGCGGUGGUCGUAUCGGUGCCUGCAGUGGCGGCGGUGGUGCUUUCUGCGGCGCCACCGGCAAUUGUGCUCGAUUCUGCGUCAGCUG (((.((..((.((((((((....)))))))))).)))))((((((((.((((((((((......)))))))))).)......((........)))))).))) ( -46.90) >DroYak_CAF1 49691 102 + 1 AGUUGCUUCCGGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGCUGGCUGAAGCGGCGGCGGUGGUGGUUUCUUCAGCGGCACUGGCCGCAGUGGUCGUGUCCGUGUCAGUUG ....(((.((((((..(((.((((((((((((((((..(((((.((.......)).))))).)))))))))).))))))....)))..))))).)..))).. ( -44.50) >DroPer_CAF1 43370 96 + 1 UGGAGGUUGUAGAUGCAACCGUUGUUGUGUCAGAGGUGGCAGAGGCAGUGGUUGUCUCAGCGC------CAGCGGCUGCCGUAGUCUCUUCGGCGGCCACUG ....(((.((.((.((((((((((((.(((((....)))))..)))))))))))).)).))))------)((.((((((((.((...)).)))))))).)). ( -42.30) >consensus _GG_GCUUCCAGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGGCUGAAGCGGCAGCGGUGGUGGUUUCUCCAGCGGCACCGGCCGCUGUGGUCGCUUCUGCGGCAGCUG ..................((((.((((((..((((((((..(((((..(((((.((((......)))).))))))))))..))))))))..)))))).)))) (-19.41 = -20.97 + 1.56)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:53:28 2006