Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,118,825 – 10,118,925 |
Length | 100 |
Max. P | 0.758613 |
Location | 10,118,825 – 10,118,925 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.80 |
Mean single sequence MFE | -22.62 |
Consensus MFE | -14.62 |
Energy contribution | -16.15 |
Covariance contribution | 1.53 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.758613 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10118825 100 + 22407834 UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGUCCAUCUUAGAUUUCU----CCAUUCAA---ACAA---- ...(((((........)))))..((((((.((((((((((((((((((((...))))).)))...)))))).)))))).))))))...----........---....---- ( -21.80) >DroSec_CAF1 45412 100 + 1 UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGUCCAUCUUAGAUUUCU----CCAUUCAA---ACAA---- ...(((((........)))))..((((((.((((((((((((((((((((...))))).)))...)))))).)))))).))))))...----........---....---- ( -21.80) >DroSim_CAF1 48637 100 + 1 UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGUUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGUCCAUCUUAGAUUUCU----CCAUUCAA---ACAA---- ...(((((........)))))..((((((.(.((((((((((((((((((...))))).)))...)))))).)))).).))))))...----........---....---- ( -17.30) >DroEre_CAF1 43717 100 + 1 UAUGUCAACAUUGCCGUUGACUGAAUCUACGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCUUUGUGUAUUAAGCCCAUCUUAGAUUGCU----CCGUACAA---ACAG---- ...((((((......))))))..((((((.((((((((.(((((.(((((...))))).)))))......)))))))).))))))...----........---....---- ( -29.60) >DroYak_CAF1 46307 103 + 1 UACGUCAACAUGGCCAUUGACUGACUCUGCGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCUUUCUGCAUUAAGCCCAUCUUAGAUUGCU----CCACACAAAACACAA---- ...(((((........)))))....((((.((((((((........((((...))))((.....))....)))))))).)))).....----...............---- ( -21.10) >DroAna_CAF1 49001 106 + 1 UACAUCAAUAUUGACUUUGACUUAAUCAGGGCUAAGUUAAUAAAUCUGGU-UUGUUUGC-UUGUUUAUUUUCCCAAUCUAAGAUAGGUUAGACGAGCCGA---AAAACCCC ........(((((((((...(((....)))...))))))))).....(((-((.((.((-(((((((.....((.(((...))).)).))))))))).))---.))))).. ( -24.10) >consensus UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGCCCAUCUUAGAUUGCU____CCAUUCAA___ACAA____ ...(((((........)))))..((((((.((((((((((((...((((.....)))).......)))))).)))))).)))))).......................... (-14.62 = -16.15 + 1.53)
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