Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,088,248 – 10,088,339 |
Length | 91 |
Max. P | 0.915400 |
Location | 10,088,248 – 10,088,339 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 5 |
Columns | 93 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.46 |
Mean single sequence MFE | -22.48 |
Consensus MFE | -20.28 |
Energy contribution | -20.20 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.10 |
SVM RNA-class probability | 0.915400 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10088248 91 + 22407834 AUCCG--AGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCAGGAUUAUCUGCACAAUAGCCCAUAAGCUGUGUGCCAAAUAAUCUUAAAGUU .((((--..(((..((((....)))).....)))..)))).((((((((..(((((.((((......)))))))))...))))))))...... ( -24.40) >DroSec_CAF1 14886 91 + 1 AUCCG--AGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCAGGAUUAUCUGCACAAUAGCCCAUAAGCUGUGUGCCAAAUAAUCUUAAAGUU .((((--..(((..((((....)))).....)))..)))).((((((((..(((((.((((......)))))))))...))))))))...... ( -24.40) >DroSim_CAF1 15432 90 + 1 AUCCG--AGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCAGGAUUAUCUGCACAAU-GCCCAUAAGCUGUGUGCCAAAUAAUCUUAAAGUU .((((--..(((..((((....)))).....)))..)))).((((((((..(((((..-((......))..)))))...))))))))...... ( -21.90) >DroEre_CAF1 13698 91 + 1 AUCCG--AGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCAGGAUUAUCUGCACAAUGGCCUCUAAGCUGUGUGCCAAAUAAUCUUAAAGUU .((((--..(((..((((....)))).....)))..)))).((((((((..(((((.((((......)))))))))...))))))))...... ( -23.10) >DroYak_CAF1 14895 93 + 1 AUACGCAUGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCUGGAUUAUCCGCGCAAUGGCCUCUAAGCUGUGUGUCAAAUAAUCUUCAAGUG ...(((..((((...((.((.((....)).)).))..)))).(((((((..(((((.((((......)))))))))...)))))))....))) ( -18.60) >consensus AUCCG__AGUCCUUAAUGCAUGUAUUUAUCUGGAUCUGGGCAGGAUUAUCUGCACAAUAGCCCAUAAGCUGUGUGCCAAAUAAUCUUAAAGUU ........((((...((.((.((....)).)).))..))))((((((((..(((((.((((......)))))))))...))))))))...... (-20.28 = -20.20 + -0.08)
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