Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,050,025 – 10,050,145 |
Length | 120 |
Max. P | 0.831380 |
Location | 10,050,025 – 10,050,145 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.33 |
Mean single sequence MFE | -50.14 |
Consensus MFE | -39.22 |
Energy contribution | -39.54 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.72 |
SVM RNA-class probability | 0.831380 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10050025 120 - 22407834 GUUAGCAGGUUUGGAUGGCGUUCCUGCAGAACUAUGGAGGCGGCAUGGAAUUUGGCCAGCAUUUCCAGUGUCAGCUCGGUGUGUGCCAUGUCCAGCUGCUUCACGCGAUCCGCAUUGACG (((((...((..((((.((((((.....))))....((((((((.((((...((((..((((..(((((....))).)).))))))))..))))))))))))..)).)))))).))))). ( -46.90) >DroSec_CAF1 45745 108 - 1 ------------GGAUGGCACUCCUGCAGGACUAUGGAGGCGGCAUGGAACUUGGCCAGCAUUUCCAGAGUCAGCUUAGUGUGUGCCAUGUCCAGCUGCUUCACGCGGUCCGCAUUGACG ------------(((......)))(((.((((..((((((((((.((((...((((..(((((....(((....))))))))..))))..)))))))))))).))..)))))))...... ( -44.20) >DroSim_CAF1 48139 120 - 1 GUUAGCAGGUUGGGAUGGCGCUCCUGCAGGACUAUGGAGGCGGCAUGGAACUUGGCCAGCAUUUCCAGUGUCAGCUUGGUGUGUGCCAUGUCCAGCUGCUUCACGCGGUCCGCAUUGACG (((((((((..(.(....).).))))).((((..((((((((((.((((...((((..((((..(((((....)).))).))))))))..)))))))))))).))..))))....)))). ( -53.20) >DroEre_CAF1 46612 120 - 1 GUUAGCAGGUUCGGGUGGCGUUCUUGCAGGACAAUGGCGGCGGCAUGGAACUUGGCCAGCAUUUCCAGGGUCAGCUUGGUGUGCGCCAUGUCCAGCUGCUUCACCCGGUCCGCAUUGACG (((((..((..((((((((((..(((.....)))..)))(((((.((((...((((..((((..(((((.....))))).))))))))..))))))))).)))))))..))...))))). ( -53.80) >DroYak_CAF1 46450 120 - 1 GUGAGCAGCUCCGGGUGGCGUUCCUGCAGGAUAAUGGAGGCGGCAUGGAACUUGGCCAGCAUUUCCAGAGUCAGCUUGGUGUGCGCCAGGUCCAGCUGCUUCACGCGAUCCGCAUUGACG ....((((...(((((.(((((((....))).....((((((((.((((.((((((..((((..(((.((....))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))..))).). ( -52.60) >consensus GUUAGCAGGUUCGGAUGGCGUUCCUGCAGGACUAUGGAGGCGGCAUGGAACUUGGCCAGCAUUUCCAGAGUCAGCUUGGUGUGUGCCAUGUCCAGCUGCUUCACGCGGUCCGCAUUGACG ............((((.(((.(((....))).....((((((((.((((...((((..((((..((((.(....))))).))))))))..)))))))))))).))).))))......... (-39.22 = -39.54 + 0.32)
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