Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,846,017 – 9,846,115 |
Length | 98 |
Max. P | 0.980781 |
Location | 9,846,017 – 9,846,115 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.99 |
Mean single sequence MFE | -38.33 |
Consensus MFE | -26.86 |
Energy contribution | -27.12 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -4.55 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 1.87 |
SVM RNA-class probability | 0.980781 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9846017 98 + 22407834 GUUUGAC---------GUACACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG---G-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA ..(((((---------((.(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))---(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -42.90) >DroPse_CAF1 57792 101 + 1 ACAUGGUUUUCCUCUUUCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAACUAGAUUGCUCAUACGCCAUGU----------UAU---GUGUCGGCGAGUCACACGUCAA ((((((....))........(((((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)))))----------.))---))...((((.......)))).. ( -32.50) >DroEre_CAF1 57315 98 + 1 AUUUGAC---------GUCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG---G-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA ..(((((---------((.(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))---(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -42.10) >DroYak_CAF1 57582 101 + 1 AUUUGAC---------GUCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUGGUGG-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA ..(((((---------((((((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).))))..(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -44.50) >DroAna_CAF1 61189 100 + 1 CUUUGAC---------ACCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAGCCGGAUUGCUCAUAUGCC--GUG---GUUGACUACGGAGUGAUUGCAAAUCACACGUCAA ..(((((---------..........(((((((((((((((((......)))).)...))))))))))))((--(((---(....)))))).(((((.....)))))..))))) ( -35.50) >DroPer_CAF1 58318 101 + 1 ACAUGGUUUUCCUCUUUCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAACUAGAUUGCUCAUACGCCAUGU----------UAU---GUGUCGGCGAGUCACACGUCAA ((((((....))........(((((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)))))----------.))---))...((((.......)))).. ( -32.50) >consensus AUUUGAC_________GCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG___G_UGAUUAC___GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA ...((((............(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))...............((((.((....)))))))))). (-26.86 = -27.12 + 0.25)
Location | 9,846,017 – 9,846,115 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.99 |
Mean single sequence MFE | -42.08 |
Consensus MFE | -31.27 |
Energy contribution | -32.77 |
Covariance contribution | 1.50 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -5.44 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 1.58 |
SVM RNA-class probability | 0.965181 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9846017 98 - 22407834 UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-C---CACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGUAC---------GUCAAAC (((((((((((((.((......---)))))))-)---(((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))).))---------))))).. ( -47.40) >DroPse_CAF1 57792 101 - 1 UUGACGUGUGACUCGCCGACAC---AUA----------ACAUGGCGUAUGAGCAAUCUAGUUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGAAAGAGGAAAACCAUGU ...((((((..(((.((.....---...----------((((((((((((((((((...((.(((......))))))))))))))))))))))).))...)))..)...))))) ( -36.30) >DroEre_CAF1 57315 98 - 1 UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-C---CACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC---------GUCAAAU (((((((.(((((.((......---)))))))-(---(((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))))))---------))))).. ( -48.80) >DroYak_CAF1 57582 101 - 1 UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-CCACCACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC---------GUCAAAU (((((((((((((.((......---)))))))-)..((((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))))))---------))))).. ( -51.60) >DroAna_CAF1 61189 100 - 1 UUGACGUGUGAUUUGCAAUCACUCCGUAGUCAAC---CAC--GGCAUAUGAGCAAUCCGGCUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGU---------GUCAAAG ((((((.(((((.....))))).).........(---(((--(((.((((((((((...(.((((......))))))))))))))).)))..))))..---------))))).. ( -32.10) >DroPer_CAF1 58318 101 - 1 UUGACGUGUGACUCGCCGACAC---AUA----------ACAUGGCGUAUGAGCAAUCUAGUUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGAAAGAGGAAAACCAUGU ...((((((..(((.((.....---...----------((((((((((((((((((...((.(((......))))))))))))))))))))))).))...)))..)...))))) ( -36.30) >consensus UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC___GCAAUCA_C___CACGUGGCGUAUGAGCAAUCCAGCUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC_________GUCAAAU .((((((((.........))))...............(((((((((((((((((((...(.((((......))))))))))))))))))))))))............))))... (-31.27 = -32.77 + 1.50)
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