Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,807,349 – 9,807,469 |
Length | 120 |
Max. P | 0.969236 |
Location | 9,807,349 – 9,807,469 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.72 |
Mean single sequence MFE | -31.95 |
Consensus MFE | -27.78 |
Energy contribution | -27.70 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.19 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.64 |
SVM RNA-class probability | 0.969236 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9807349 120 + 22407834 GCCCAGUAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGAAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA ((((((...((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((....((....))...)))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -28.60) >DroVir_CAF1 25081 120 + 1 GCCCAGCAGGGCCAUCGAUGAUAUUAGCACGCAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAAGUACGUCGGCGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA ((((((...((((((.(.((((((((.(..((...))....................(((((((.((((....)))))))))))......).)))))))).)..)))))))))))).... ( -32.10) >DroPse_CAF1 17161 120 + 1 GCCCAAGAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAGGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA (((((...(((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((.(((((....))))))))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -32.40) >DroGri_CAF1 18211 120 + 1 GCCCAGCAGGGCCAUUGAUGAUAUUAGCACGCAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAAGUACGUCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA ((((((...((((((((.((((((((.(..((...))....................(((((((.((((....)))))))))))......).)))))))).)).)))))))))))).... ( -34.00) >DroMoj_CAF1 19627 120 + 1 GCCCAGCAGAGCCAUCGAUGAUAUUAGCACGCAUGGUACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGUCGGCGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAGGGUUCUGGGCAGCA (((((...(((((...(.((((((((.(((((...(((((.(((.((((......)))).))))))))....)))).((((.....))))).)))))))).)....)))))))))).... ( -32.20) >DroPer_CAF1 17637 120 + 1 GCCCAAGAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAGGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA (((((...(((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((.(((((....))))))))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -32.40) >consensus GCCCAGCAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA (((((...((((((((((((......((.......))....................((((((.(((((....)))))))))))...........))))))....))))))))))).... (-27.78 = -27.70 + -0.08)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:51:09 2006