Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,798,181 – 9,798,289 |
Length | 108 |
Max. P | 0.659294 |
Location | 9,798,181 – 9,798,289 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.47 |
Mean single sequence MFE | -35.17 |
Consensus MFE | -30.98 |
Energy contribution | -31.07 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.51 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.659294 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9798181 108 - 22407834 CAUCAUGUUCAUGGUCGCCUCGUCGGUGGUGCUGACAGUAGUGGUGCUCAACUACCACCAUCGCACAGCGGACAUUCACGAGAUGCCACCGUGGGUGAGUCCC----CCAUC ..((((..(((((((.(((((((..(((.(((((...(..((((((.........))))))..).)))))..)))..)))))..)).))))))))))).....----..... ( -37.30) >DroVir_CAF1 8118 104 - 1 UAUCAUGUUCAUGGUUGCGUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUACUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAUGUUAG----A---- ...((((..((((((.(((((((((((.((((....(((.((((((......)))))).))))))).))))))........))))).))))))..))))....----.---- ( -37.20) >DroGri_CAF1 7556 108 - 1 UAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUCACGGUUGUGGUGCUUAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACAUGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUGCC----AAGAA .....((..((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((.....))))).)))...)))).))))))........))))).))))))..))......----..... ( -35.20) >DroWil_CAF1 11538 108 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCAUCUGUGGUGUUAACGGUUGUGGUACUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUACC----CCAAA .....((..((((((.(((((((((((.(((....((((.((((((......)))))).))))))).))))))........))))).))))))..))......----..... ( -33.00) >DroMoj_CAF1 7966 104 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUGCUUAACUAUCAUCAUCGUACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCCCCGUGGGUAAGUCAC----A---- .....((..(((((..(((((.((((((.((((.(((((.((((((......)))))).)))))..))))....)))).)))))))..)))))..))......----.---- ( -32.10) >DroAna_CAF1 7404 112 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUCGCAUCGUCGGUGGUGCUGACUGUUGUGGUGCUCAACUAUCACCAUCGCACGGCGGAUAUCCACGAAAUGCCCCCGUGGGUGAGUCACUAACCAAUC ...........((((.((.((((((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))).)))))).((((((((.........)))))))).)).))))....... ( -36.20) >consensus CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUGCUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUCAC____A_A__ .....((..((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((.....))))).)))...)))).))))))........))))).))))))..))............... (-30.98 = -31.07 + 0.09)
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