| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,797,891 – 9,798,000 |
| Length | 109 |
| Max. P | 0.917915 |
| Location | 9,797,891 – 9,798,000 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.98 |
| Mean single sequence MFE | -36.62 |
| Consensus MFE | -21.46 |
| Energy contribution | -20.60 |
| Covariance contribution | -0.86 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -2.30 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 1.12 |
| SVM RNA-class probability | 0.917915 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9797891 109 + 22407834 AU--AUUAAG--AGCA----GAACUUACGCCGACGAGCCAAUGGCGGUUUGGGAGCCAGAUAUUGUGUGCCGGAAGUCGUCGUCGAUGUCGAGGACAUUGGCCAGCAGGGAUUUGGA ..--......--....----...((((.((((.(.(.....).))))).))))..((((((.((((..(((((..(((.(((.......))).))).)))))..))))..)))))). ( -30.20) >DroVir_CAF1 7832 109 + 1 AA--AAGAAA--CUCA----AUACUUACGCCGACGAACCGAUGGCGGUUUGAGAGCCUGAUAUUGUAUGACGAAAAUCGUCAUCGAUAUCAAGAACAUUGGCUAGUAAGGAUUUGGA ..--......--.(((----(..(((((((((((((((((....))))))).(..(.((((((((.((((((.....)))))))))))))).)..).)))))..)))))...)))). ( -38.00) >DroGri_CAF1 7164 111 + 1 UCCUUAUAAG--CUGA----AUACUUACGCUGACGAACCGAUGGCGGUUUGUGACCCUGAUAUUGUAUGACGGAAAUCGUCAUCGAUAUCGAGGACAUUGGCUAAUAAGGAUUUGGA (((((((.((--(..(----............((((((((....))))))))..((.((((((((.((((((.....)))))))))))))).))...)..))).)))))))...... ( -42.70) >DroMoj_CAF1 7673 111 + 1 AC--GAGCGAGUAGCG----AUACUUACGCCGAUGAACCGAUAGCGGUUUGUGAGCCUGAUAUUGUAUGACGGAAAUCGUCAUCGAUGUCGAGGACAUUGGCGAGUAACGAUUUGGA ..--...(((((..((----.((((..(((((((((((((....)))))......((((((((((.((((((.....))))))))))))).))).)))))))))))).))))))).. ( -41.00) >DroAna_CAF1 7106 113 + 1 AU--UUCAGG--GACAGCAAAUACUUACGCCGAUGAACCGAUGGCUGUUUGAGAGCCGGAUAUUGUGUGCCGGAAGUCGUCGUCGAUGUCGAGGACAUUGGCCAGCAGGGACUUGGA ..--((((((--..(.((((....))..(((((((..((..(((((.......)))))(((((((((((.(....).)).)).)))))))..)).)))))))..))..)..)))))) ( -32.50) >DroPer_CAF1 7772 110 + 1 AC-CAUUCAG--CAGG----AUACUUACGCCGACGAACCGAUGGCGGUUUGAGAUCCUGAUAUUGUAUGCCGAAAGUCAUCGUCAAUAUCGAGAACAUUGGCGAGCAGAGACUUGGA .(-((.((..--((((----((.(((((((((.((...)).)))))...))))))))))...((((.((((((...((.(((.......)))))...)))))).)))).))..))). ( -35.30) >consensus AC__AAUAAG__CACA____AUACUUACGCCGACGAACCGAUGGCGGUUUGAGAGCCUGAUAUUGUAUGACGGAAAUCGUCAUCGAUAUCGAGGACAUUGGCCAGCAAGGAUUUGGA ............................((((((((((((....))))))).......(((((((.(((.((.....)).)))))))))).......)))))............... (-21.46 = -20.60 + -0.86)
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