Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,772,702 – 9,772,822 |
Length | 120 |
Max. P | 0.609577 |
Location | 9,772,702 – 9,772,822 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.06 |
Mean single sequence MFE | -48.27 |
Consensus MFE | -27.52 |
Energy contribution | -28.25 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.609577 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9772702 120 - 22407834 AGGACAUCAGUCGCCAUGAGCGUUGGUUUUGGCUAGUGGUCGUGAUCCUGGCCAUCAUCACCUCCAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACGCCAACGGUCACAG ..(((....)))....(((.(((((((..(((((((.(((....)))))))))).(((((((.(((......))).)))))))(((((((......)))))))...))))))).)))... ( -53.80) >DroVir_CAF1 71790 120 - 1 AGGAUAUCAGCCGGAACGAGCGUUGGUUCUGGCUGGGCGUGGUCAUAGCGGCAAUUAUAGCCGCCGUUUCACUGGUGCUGGUCUCGUGGUACUCGAACCGUGAGACACCCACGGUAACUG ......(((((((((((........))))))))))).(((((...(((((((.......)))((((......))))))))((((((((((......))))))))))..)))))....... ( -49.80) >DroGri_CAF1 74963 120 - 1 AGGACAUCAGUCGCAAUGAGCGCCUUUUCUGGCUGGGUGUAGUCAUUGCGGCCAUCAUCGCAGCAAUAACCCUAGUCUUGGUAUCAUGGUAUUCGAAUCGGGAGACGCCAACGGUUACGG .........((((((((((((((((.........))))))..)))))))))).................((.((..(((((..((.((((......))))...))..)))).)..)).)) ( -33.30) >DroEre_CAF1 54170 120 - 1 AGGACAUCAGUCGCCACGAGCGUUGGUUCUGGCUGCUGGUUGUCAUCCUGGCCAUCAUCACCUCCAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACCCCAACGGUGACCG ..(((((((((.((((.((((....)))))))).))))).)))).(((((((((((((((((..(.....)..))))))))))(((.......)))))))))).(((.....)))..... ( -53.30) >DroYak_CAF1 56287 120 - 1 AGGACAUCAGUCGCAACGAGCGAUGGUUCUGGCUGGUGGUUGUGAUCCUGGCCAUCAUUACCUCUAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACCCCAACGGUGACCG .........(((((.....)))))(((((((..(((.((((....(((((((((((((((((...........))))))))))(((.......))))))))))))))))).))).)))). ( -48.10) >DroAna_CAF1 62358 120 - 1 AGGACAUCAGUCACCAGGAGCGCCUGUUCUGGCUAACGGUCGUCAUCCUGGCCAUCAUCACGUCGAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACGCCAACGGUGACGG .........(((((((((((((.(((((......))))).)))..)))).(((((((.((((.....)))).)))))))(((((((((((......)))))))..))))...)))))).. ( -51.30) >consensus AGGACAUCAGUCGCAACGAGCGUUGGUUCUGGCUGGUGGUCGUCAUCCUGGCCAUCAUCACCUCCAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACGCCAACGGUGACCG .((...(((((((....((((....))))))))))).........(((((((((((((((((...........))))))))))(((.......))))))))))....))........... (-27.52 = -28.25 + 0.73)
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